Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

Ahsoka Tano desobedece las órdenes de su maestro Anakin Skywalker, y en el intento pierde la mitad de su escuadrón. Afortunadamente Anakin llega a tiempo para ayudar a su Padawan, y darle su merecida lección con respecto al merecido respeto a la autoridad, además de darle una oportunidad para que le haga caso y se arrepienta.

Para sabotear una poderosa arma separatista, Obi-Wan y una pequeña fuerza clon entran en una ciudad ocupada, y descubren que sus residentes se están utilizando como un escudo viviente.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane se infiltra en el templo Jedi para robar un valioso holocrón. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan tendran la misión de detenerlo.

Darth Sidious le pide a Cad Bane que realize la ultima parte de su maléfico plan: debe capturar a los niños sensibles a la Fuerza y llevarlos a Mustafar.

El consejo Jedi le pide a la senadora Padmé Amidala que investigue la posible existencia de un espía separatista en el senado.

Anakin, Ahsoka y Ki-Adi-Mundi dirigen un ataque masivo contra Geonosis con el objetivo de destruir una fábrica de droides.

En Malaster los Jedi Anakin Skywalker y Mace Windu prueban una nueva arma. Pero las consecuencias son fatales cuando la bestia Zillo despierta tras las consecuencias de una gran explosión.

La bestia Zillo ha sido trasladada a Coruscant. Se reabre el debate sobre salvar su vida o extinguir la especie para investigar en ella, pero nadie contaba con el poder de la bestia cuando escapa y causa graves desastres en la ciudad. Los Jedi deberán retenerla, aunque Palpatine tiene otros planes para ella.

El joven Boba Fett se infiltra en el acorazado Jedi donde se encuentra el asesino de su padre, Mace Windu. Con la intención de acabar con su vida y la ayuda de Aurra Sing llevará a cabo una terrible trampa asesina.

Cuando un grupo de cazadores de recompensas lleva a Anakin y Mace en una trampa mortal en Vanqor, le toca a R2-D2 para advertir a los Jedi y la batalla de su camino de vuelta a Coruscant.

Plo Kloon y Ahsoka persiguen a Boba Fett desde el inframundo de Coruscant al planeta Florrum, donde comienza un enfrentamiento culminante.

En la segunda Batalla de Ryloth, Bail Organa y Jar Jar Binks van a Toydaria, y piden ayuda al rey Kattunko para poder enviar suministros al planeta, que se muere de hambre.

Ahsoka Tano tiene pesadillas premonitorias con la cazarecompensas Aurra Sing, que está contratada por Ziro el Hutt que quiere matar a la senadora Padmé Amidala.

En un viaje de compras importantes en Coruscant, C-3PO es secuestrado por el siniestro cazarrecompensas Cad Bane en un complot malvado para liberar a Ziro el Hutt.

Anakin y Obi-Wan, que han sido enviados a localizar a la misteriosa asesina detrás de la muerte de varios Jedis, pronto se encuentran en el camino el monstruoso aprendiz que Ventress ha creado: Savage Opres. Sin embargo, Dooku y Asajj también descubren que este nuevo aprendiz tiene voluntad propia…

Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant. La prisión, sin embargo, tiene más trampas, peligros y riesgos en el almacén peor de lo que habían imaginado y deben trabajar más allá de sus diferencias para poder escapar.

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Los Jedis se encuentran ahora en el planeta Mon Calamari para ayudar a mantener la paz en una guerra civil entre los agresivos y con forma de calamar Quarren y sus pacíficos vecinos, los Mon Calamari. El rey de los Mon Calamari es encontrado misteriosamente asesinado, dejando su joven hijo, el príncipe Lee-Char, para guiar a su gente solo. Pero la raza Quarren no acepta el nuevo governante como rey de Mon Calamari. La senadora Padmé Amidala y su guardaespaldas Jedis Anakin Skywalker intentarán resolver el problema.

Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari. Desprevenidos, el joven príncipe y sus protectores Jedi son rápidamente superados y forzados a retirarse en unas cuevas muy por debajo de la ciudad capital, dejando al conde Dooku y sus aliados planear el próximo movimiento.

Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval. Una vez allí, se entera de que otro preso, el famoso cazarrecompensas Cad Bane, también está involucrado. Mientras tanto, Anakin busca venganza por la muerte de su antiguo maestro.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

Impulsados por el odio puro, Darth Maul y su hermano Savage Opress se disponen a vengarse del Jedi que lo había dejado por muerto en Naboo: Obi-Wan Kenobi. Obi-Wan recibe la ayuda de un aliado poco probable, Asajj Ventress, que quiere parar a Savage de arruinar la Galaxia. En el último momento, Obi-Wan y Ventress escapan de las garras salvajes de Maul y Savage, y los dos hermanos juran venganza.

Maul y Savage Opress siguen causando estragos en la galaxia. Como parte del plan malvado de Maul, el Sith y su hermano reclutan una banda feroz de piratas. Obi-Wan Kenobi lidera la caza de Maul con la maestra Jedi Adi Gallia, lo que resulta en una confrontación con espadas láser que resulta con la muerte de Gallia. Obi-Wan lucha contra Savage y Maul, y le corta el brazo izquierdo a Savage. Los hermanos huyen con su nave y Obi-Wan vuelve a Coruscant, donde el Canciller le informa que los hermanos no tienen importancia en comparación con los separatistas, y ninguna otra acción se debe tomar en su nombre.

En el mundo separatista de Onderon, un grupo de rebeldes piden la ayuda de los Jedi. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan van a entrenar a los rebeldes para luchar, y ven que el ex separatista de la guardia de la muerte, el terrorista Bonteri está entre ellos.

R2-D2 y otros droides de la República reciben una misión para devolver un holocrón encriptado en manos de los separatistas.

Ahsoka Tano y Anakin Skywalker dirigen las fuerzas de la República en el planeta de Cato Neimoidia, donde son informados por Yoda acerca de un atentado en el Templo Jedi. Mace Windu ordena a Anakin y a Ahsoka, junto al droide Russo, investigar el caso.

Ahsoka es culpada del asesinato de Letta, que fue asesinada por una estrangulación mediante la fuerza de un ser desconocido. Mientras huye de la prisión de máxima seguridad de Coruscant, es llevada a un lugar para poder escapar de los clones que la siguen.

Ahsoka se refugia en los niveles inferiores de Coruscant siendo ayudada por su amiga Jedi Barris Offee. Mientras tanto, en el consejo se decide que Anakin y Plo Koon irán a buscar a Ahsoka. Esta le pide ayuda a Asajj Ventress para encontrar al Jedi que está tratando de culparla por crímenes que no hizo.

Ashoka es capturada y la sacan de la orden Jedi. Anakin busca a Ventress y ella le cuenta que puede ser Barris Offee quien culpa a Ashoka. Anakin lucha con Barris y lleva a Barris al juzgado donde están juzgando a Ashoka. Pero al final, Ashoka se marcha del templo Jedi.

El cadete clon Tup tiene un examen médico en los laboratorios estériles de Kamino para encontrar los motivos de su ataque impactante al maestro Jedi. Para que el examen tenga éxito, el cadete Cincos debe entrar en la profundidad de la mente de Tup, donde encuentra una manipulación con códigos secretos en el programa de clonación de la República.

Cincos todavía está tratando de encontrar respuestas acerca de las misteriosas acciones del cadete clon Tup. Con la esperanza de hablar personalmente con el canciller Palpatine, Cincos se encuentra a sí mismo de repente acusado de intentar asesinar al Canciller.

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.

El mundo pacífico de Bardotta se encuentra amenazado por una antigua profecía. Sus líderes espirituales han desaparecido, y el pueblo de Bardotta pregunta a su representante en el Senado que busque ayuda. Y Jar Jar Binks se las arregla para convencer al maestro Jedi Mace Windu que este asunto es de gran importancia.

Con el fin de cumplir una profecía oscura, una entidad misteriosa secuestra a Julia, la reina del planeta Bardotta. Ahora, el Maestro Jedi Mace Windu y su representante en el Senado Jar Jar Binks tienen que darlo todo con el fin de detener al secuestrador. Si fracasan, podrían desatar una fuerza terrible.

El maestro Jedi Sifo-Dyas murió en circunstancias misteriosas hace años. En una misión secreta de los Jedi, accidentalmente encuentran su espada láser, y Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y el Maestro Yoda investigan la muerte de Sifo-Dyas nuevo. Para evitar que descubran la conspiración Sith, Darth Sidious ordena a su siervo Darth Tyranus para borrar todos los rastros.

Yoda se encuentra profundamente inestable cuando oye la voz de su amigo fallecido Qui-Gon Jinn en su mente, porque sabe que ni siquiera un Jedi puede hablar con los del más allá. El consejo Jedi está preocupado por el comportamiento de Yoda y lo quiere examinar más a fondo. Pero con la ayuda de Anakin, Yoda puede escapar del hospital y se dispone a encontrar el origen de la voz por sí mismo.

En Korriban, el planeta natal de los Sith, ha llegado el momento de Yoda para pasar su prueba final. Sólo entonces deberá aprender el secreto mejor guardado de su orden, pero primero le espera un enemigo mucho más poderoso.

El Capitán Rex y Bad Batch deben infiltrarse en una base enemiga en Anaxes. Es el final de las históricas Guerras Clon, ya que las fuerzas de la oscuridad han acumulado un gran poder en su intento de transformar la República en el Imperio Galáctico. Con la República en una racha perdedora, el Capitán Rex teme que los Separatistas estén usando datos robados para ayudar a predecir cada movimiento del Gran Ejército. A medida que se avecina la amenaza de la derrota, Rex se asocia con Clone Force 99 experimental, también conocido como Bad Batch. Juntos, se embarcan en una misión de alto riesgo detrás de las líneas enemigas para descubrir la verdad detrás de las victorias separatistas en "The Bad Batch".

Mientras Jedi Mace Windu y Obi-Wan Kenobi lideran un ataque contra las fuerzas separatistas en Anaxes, Bad Batch y Anakin Skywalker se infiltran en una nave espacial enemiga para asegurar la victoria de la República.

Tras capturar a Maul en Mandalore, el viaje de Ahsoka hacia el Consejo Jedi se interrumpe cuando se declara la Orden 66, poniendo su mundo de cabeza.