El plan de Sayid (Naveen Andrews) fracasa y "los otros" han de volver a la isla rápidamente. Jack (Mathew Fox) será requerido para salvar a Colleen, una de "los otros" que ha resultado herida, pero ignora que es parte de una estratagema de Juliet (Elizabeth Mitchel) para conseguir otros objetivos. "Los otros" saben que Sawyer (Josh Holloway) y Kate (Evangeline Lilly) pretenden escapar, por lo que serán castigados y sufrirán medidas drásticas para evitar que huyan. En la playa, la extraña conducta de Desmond (Henry Ian Cusick) llama la atención de los supervivientes...Desmond está construyendo un misterioso aparato.

Eko, tras haber sobrevivido a la explosión, trata de buscar respuestas luchando con los fantasmas de su pasado. Mientras, Desmond, Locke (Terry O'Quinn), Charlie (Dominic Monaghan) y otros supervivientes vuelven al búnker para tratar de reutilizar el ordenador que les pueda ayudar a localizar a sus amigos y observan que hay más estaciones en las que otras personas les vigilan. Los planes de domesticación que Ben (Michael Emerson) tenía con Jack se van al traste al ponerse al descubierto su grave enfermedad. Pero Jack desconoce que se trata de un plan de Juliet y algunos más que no están de acuerdo con el estilo de gobierno de Ben.

Juliet pide a Jack que intervenga a Ben pero éste dice que no superará la operación. Mientras, la vida de Sawyer está en peligro ya que Dani, uno de los guardianes de Ben, ha decidido que es una amenaza para la comunidad. Kate recuerda una parte de su pasado, lo que la llevará a tomar una importante decisión. Jack, presionado tanto por Kate como por Juliet, elegirá qué hacer respecto a una importante oferta de Ben. Y al mismo tiempo Locke descubre oculto un mensaje que cree que posiblemente les ayude a resolver los secretos de la isla.

La situación límite a la que han sometido "los otros" a Jack, hace que interrumpa la operación de Ben, a cambio de que dejen escapar a sus amigos. Mientras, Kate y Sawyer con la ayuda de Álex (Tania Raymonde), consiguen escapar de sus captores. Juliet recuerda su pasado como médico investigadora en fertilidad y la oferta que la llevó hasta su nuevo "hogar" en la isla.

Charlie consigue llegar hasta la estación submarina de "El Espejo", donde es capturado por dos mujeres que le custodian, éstas rompen el silencio cuando se comunican con Ben. Mikhail será enviado a la subestación para hacer limpieza, aunque hay cierta desconfianza hacia su líder. Mientras Jack y el resto de los supervivientes se dirigen a la torre de radio, Sayid, Jin y Bernard consiguen, sólo a medias, el plan para destruir a "los otros" y son capturados. Al mismo tiempo, Jack recuerda su intento de suicidio en un puente y cómo tuvo que abortarlo a consecuencia de un accidente de trafico.

Mientras Richard guía a "los otros" hacia el templo, Ben va a la torre de radio con Alex y allí espera a Jack y a los demás supervivientes. Ben trata de enfrentar a Jack contra Noemi, aduciendo que no es quien parece. Al mismo tiempo, Sawyer y Juliet, que han rechazado la ayuda de Hurley, traman un plan para rescatar a Sayid, Jin y Bernard, capturados por "los otros" en la playa. Por otro lado, Charlie y Desmond consiguen desbloquear la señal, pero al mismo tiempo, Charlie recibe una comunicación de Penélope -la novia de Desmond- que le asegura que no conoce a ninguna Noemi.

En el episodio número 100 de la serie comienza la hora de la verdad, ya que Daniel Faraday desvela por fin qué es lo que sabe sobre la isla.