Leonardo, Donatelo, Rafael y Miguel Angel son las tortugas mutantes que han sido entrenados en el arte de ninjutsu por su rata sensei, el Maestro Splinter. Al salir de su guarida en el alcantarillado, los 4 hermanos deben enfrentarse al maravilloso mundo de la ciudad de Nueva York, frente a los villanos más peligrosos y la pizza más deliciosa que cualquier cosa que hubiera podido imaginar. A través de batallas con Shredder, Kraang y varios super-poderosos mutantes, las tortugas tendran que aprender a confiar en sí mismos y entre sí a medida que crecen para convertirse en los héroes que están destinados a ser.