Cuando Will y Sue son bombardeados por los recortes presupuestarios, Finn y Rachel tratan de encontrar nuevos reclutas para New Directions, mientras tanto al equipo de fútbol se agrega la nueva entrenadora de fútbol americano Shannon Beiste, que temporalmente deja a Finn fuera del equipo por Sam, Quinn sustituye a Santana como jefa de las Cheerios, Tina y Mike empiezan a salir, Charice es la estudiante de intercambio de Filipinas.

Cuando New Directions quiere llevar a cabo canciones de Britney Spears en la Fiesta de la Asamblea, Will se resiste a aceptar. Al mismo tiempo, Brittany, Santana, Rachel, y Artie van a la consulta del dentista y nuevo novio de Emma, Carl, para tener sus dientes limpios, la experiencia de Britney Spears les hace fantasías mientras están bajo anestesia. Artie se une al equipo de fútbol.

Al ver el rostro de Jesús en su sándwich de queso a la parrilla, Finn tiene una crisis existencial, debido a esto, los chicos hablan de religión y la importancia para ellos. Kurt también se enfrenta a una crisis cuando su padre Burt tiene un ataque al corazón y queda en estado de coma. Sue tiene sus propias creencias y habla con su hermana Jean acerca de Dios también.

Will Schuester propone un desafío de duetos en el que los ganadores ganarán una comida gratis. Esto causa algunos problemas sentimentales entre los miembros del club.

Después de que Will se entera del nuevo amor de Emma por The Rocky Horror Picture Show, impulsivamente decide que el club Glee interprete la música, sin embargo, hay un problema tras otro, incluyendo a Sue quien va encubierta para exponer al club ante los límites en la televisión.

Will Schuester presenta la segunda competición anual de chicos contra chicas. Entretanto, Puck finalmente sale del centro de detención de menores.

Will se enferma y es reemplazado por la profesora suplente Holly Holliday (estrella invitada Gwyneth Paltrow). Mientras tanto, Sue se hace cargo como directora cuando Figgins también se enferma, y dobla su poder en la secundaria.

La caza nazis y madre de Sue, Doris Sylvester (Carol Burnett) hace una visita debido a la boda de Sue con ella misma, Finn y Kurt se preparan para el matrimonio de sus padres, y la administración tiene una postura en contra de Karofsky, quien conduce a Kurt dejar la secundaria McKinley.

New Directions, los Warblers y los rebeldes se enfrentan en las locales, resultando un empate entre New Directions y los Warblers. El romance entre Carl y Emma se desarrolla, llevándolos al matrimonio, dejando en consternación a Will.

El personal educativo hace el típico intercambio de regalos de Santa, pero Sue altera el resultado a su favor. Mientras tanto, Finn decide aclarar su mente con las vacaciones de invierno que se avecinan. Artie descubre que Brittany todavía mantiene la creencia en Santa Claus.

Está planeada una gran actuación en el descanso del partido de fútbol americano en el instituto McKinley. Los animadores de Sue tienen problemas en el estatal.

Will Schuester asigna al club Glee realizar canciones de amor en honor del Día de San Valentín. El club también establece una cabina de besos para la ocasión. Mientras tanto, Blaine (Darren Criss) y la Academia Dalton realizan «When I Get You Alone» en una tienda de ropa Gap.

Rachel intenta volver al nivel social alto de la secundaria McKinley, con la ayuda de Brittany. Sam forma una banda tributo con los chicos del club (a excepción de Finn), interpretando dos canciones de Justin Bieber.

El señor Schuester hace que el club cante una canción sobre el consumo de alcohol entre menores, pero el mensaje podría perder impacto cuando llegan a clase con resaca.

Cuando el espíritu libre y profesora sustituta Holly Holliday llega para ser la profesora de educación sexual, se une con el señor Schuester para enseñar a los niños de New Directions los hechos de la vida. Mientras tanto, Emma dirige el Club de celibato, y ella y el Dr. Carl resuelven algunos problemas en su vida personal.

Comienza con los Warblers practicando para las regionales, y deciden que Kurt y Blaine serán los que canten, luego su mascota Pavarotti muere. Quinn planea un plan para recuperar a Finn, se planean canciones originales para las regionales, Algunos cantan canciones de mal gusto en una práctica de originales. Blaine y Kurt hablan acerca de la competencia y Blaine confiesa que le gusta, terminan besándose. Las regionales comienzan y Aural Intensity comienza con una canción cristiana (por el jurado), los Warblers presentan sus canciones a capella, New Directions presenta sus dos canciones originales, el jurado luego de una discusión sobre religión, homosexualidad, etc., deciden darle la victoria a New Directions, lo que enfurece a Sue y golpea a la mujer que da los resultados. Kurt y Blaine entierran a Pavarotti y luego se van de la mano. Termina con Will enviando saludos al club por parte de Holly, y Will le entrega un reconocimiento a Rachel

El señor Schuester quiere conseguir dinero para enviar a los chicos al nacional. Sandy forma el Club del Saboteador con la mirada puesta en el Glee Club.

Finn le rompe la nariz a Rachel de forma accidental durante un ensayo de baile. La campaña para convertirse en reina del baile se caldea entre las chicas.

El director Figgins le pide a los miembros del club Glee que canten en la fiesta de graduación del colegio McKinley [pese a las objeciones de la coordinadora del baile (Sue)]. Mientras tanto, en el concurso para elegir al rey y a la reina del baile se calientan los ánimos.

Piden al grupo Nuevas Iniciativas que actúe en el baile tras la cancelación de Air Supply. Los estudiantes intentan conseguir pareja para el baile de graduación.

Nuevas Iniciativas sigue su lista de estrategias establecidas para las nacionales con un poco de ayuda de Jessie St. James (estrella invitada Jonathan Groff). Mientras tanto, la muerte de Jean Sylvester (Robin Trocki) da un giro en las vidas de los estudiantes del colegio McKinley, especialmente a la de su hermana Sue Sylvester.

Nuevas Iniciativas va a Nueva York para participar en el concurso nacional de coros, donde se enfrentan de nuevo a Vocal Adrenaline y al resto de coros ganadores del país.