Seis meses después del final del primer libro, Korra ha dominado Aire Control, Mako trabaja como policía, Bolin va mal en el pro-control con los nuevos Hurones de Fuego, y Asami trata de mantener a flote Industrias Futuro. Junto con Tenzin, los amigos de Korra y la familia de Tenzin van a la Tribu Agua del Sur. Después de que el tío de Korra, el jefe Unalaq, fácilmente repele el ataque de un espíritu enojado, Korra lo elige a él en lugar de Tenzin como su maestro espiritual.

Korra, Mako, Bolin, Tonraq, Unalaq y sus hijos Desna y Eska viajan al Polo sur, donde Korra abre un portal en el mundo de los espíritus para lanzar las luces meridionales.

Las tropas de Unalaq toman el Sur en un intento de equilibrar el mundo de los espíritus con el de los humanos, pero el descontento creciente lleva a que una inevitable guerra civil empiece a formarse. Mientras, Tenzin discute con sus hermanos sobre sus vidas.

Los padres de Korra son arrestados por Unalaq que los acusa de querer asesinarlo, en el juicio la madre de Korra es liberada pero su padre y el resto de los rebeldes son sentenciados a prisión de por vida. Korra descubre que su tío lo planeó todo y que también fue quien causó que su padre fuera desterrado, con la ayuda de sus amigos y Varrick, Korra logra salvar a su padre y a los rebeldes, junto a ellos, deberá volver a Ciudad República para pedir ayuda para vencer a su tío Unalaq.

En ciudad república, las tensiones entre la gente de la tribu del agua sur y norte se complican mientras que se bombardea un centro cultural de la tribu del agua del sur. Mako, en la fuerza de policía, intenta rastrear a los culpables mientras que Varrick produce las películas anti-norte de la propaganda que protagoniza Bolin. Korra no puede persuadir al presidente Raiko de enviar a las tropas en apoyo de la rebelión del sur. Mako y Korra dan final a su relación después de que Korra le reclamara por haberle contado de su plan a Raiko. Mientras que Korra se dirige a la nación del fuego para buscar la ayuda del señor del fuego, ella es perseguida por su prima Eska que venía acompañada de su hermano Desna, y finalmente Korra fue tragada por un enojado espíritu oscuro.

Bolin aumenta su fama como una estrella, sin embargo, eso no ayuda a que se gane el afecto de su co-protagonista Ginger. Mako y Asami investigan el robo de un cargamento de sus meca-tanques a los rebeldes del sur, y se alistan junto a las Tríadas Triple Amenaza para una operación encubierta. Pero son traicionados y, después de haber luchado su camino de regreso a la ciudad, Asami encontrará su bodega vacía, había sido robada. En su desesperación, Asami vende una participación de control de la industria del futuro a Varrick, justo antes Mako lo identifica como el instigador de los diversos atentados y robos. En la Nación del Fuego, El Avatar Korra se encuentra desmayada en una playa, después de haber perdido la memoria.

Korra despierta herida en una isla desconocida en la nación del fuego, tras haber perdido la memoria después de haber sido atacada por un espíritu oscuro. Korra es llevada por los maestros fuego con la anciana de la isla, quien descubre que su espíritu ha sido contaminado, y la introduce en un pozo místico para curarla. Allí, Korra se encuentra con sus vidas pasadas, quienes le indican que busque a Raava. Korra inicia un viaje espiritual donde conoce a Wan, el primer Avatar. En este viaje, Korra revive la vida de Wan, un exiliado de su villa, quien recibió el fuego control del Gran León Tortuga, para protegerse de los espíritus que habitaban el mundo 10,000 años antes de Korra. Wan se interesa por los espíritus, y empieza a comprenderlos y protegerlos, pero eventualmente decide viajar por el mundo, en búsqueda de otros humanos. Korra revive como Wan, en su viaje, interfiere en una pelea entre los grandes espíritus, acabando con el balance del mundo al liberar a Vaatu, espíritu del caos, de Raava, el espíritu de la luz.

Korra, sabiendo quién es Raava, revive el resto de la historia de como Wan se hizo capaz de controlar los demás elementos. Al haber liberado a Vatu, los espíritus del mundo empiezan a contaminarse de caos y maldad, lo que causa que Raava, la luz y el equilibrio, pierda poder. Wan se responsabiliza por sus acciones al oír que se acerca la fecha de la Conversión Armónica, la gran batalla entre los espíritus. Para arreglar las cosas, Wan solicita al Gran León Tortuga del aire le permita el elemento del aire. Este accede, con la condición de que sea Rava quien cargue el poder hasta que Wan logre dominarlo. Wan, por su parte, se compromete a regresar el equilibrio al mundo. Raava le explica a Wan que la Conversión Armónica es la lucha que ocurre cada 10,000 años, en que los grandes espíritus luchan por la conservación o destrucción del mundo, siendo la derrota de Raava el fin de toda vida por diez mil años. Rava y Wan buscan a los demás Leones Tortuga, para adquirir los elementos restantes y prepararse para la confrontación final en el mundo de los espíritus. Antes de esta batalla, Wan descubre que sus amigos siguieron su ejemplo, y usaron el poder del fuego para independizarse de los Leones Tortuga y sus villas. Esto acaba con el equilibrio del mundo, haciendo que espíritus y hombres luchen entre sí. Wan es incapaz de detener la lucha, lo que fortalece a Vatu. En la batalla final, Rava y Wan unen fuerzas en el cuerpo de Wan y así poder derrotar a Vaatu, a pesar del riesgo que esto representa para sus vidas. Ante la derrota, Wan usa la energía de la puerta al mundo de los espíritus para derrotar a Vaatu, fundiéndose definitivamente con Raava, encerrando a Vaatu en el mundo de los espíritus, y creando al primer Avatar. Los espíritus regresan a su mundo, mientras Wan enseña al hombre a respetar la vida y se vuelve un puente entre los mundos. Sin embargo, Wan es incapaz de evitar los conflictos entre los hombres, y muere sin lograr la paz entre e

Korra llega al templo del aire donde se encontraban Tenzin, Kya, Bumi y la familia de Tenzin. Korra le cuenta a Tenzin lo sucedido y también cree que su tío Unalaq planea liberar a Vaatu, el espíritu del caos y la oscuridad que el Avatar Wan encerro en el mundo de los espíritus, como el portal del sur esta custodiado por las tropas de Unalaq, Korra planea entrar en el mundo de los espíritus y cerrar el portal. Mientras tanto, Unalaq y sus hijos, Eska y Desna, van al mundo de los espíritus e intentan abrir el portal del norte, Desna es herido gravemente y Eska lo lleva al mundo físico para curarlo, pero Unalaq se queda intentando abrir el portal sin tener éxito. En el templo del aire, Tenzin intenta ayudar a Korra a entrar en el mundo de los espíritus, pero no logra hacerlo, su conexión con los espíritus no era lo suficientemente fuerte. Jinora demuestra tener una gran conexión con ellos y llegan a un antiguo círculo de meditación de los maestros aire pero son atacados por espíritus oscuros. Korra utiliza las técnicas que aprendió en el polo sur y por primera vez fue capaz de lograr calmaros. Tenzin sigue tratando de entrar en el mundo de los espíritus pero Kya le dice que no puede, sin embargo, Jinora si, y que debe ser ella quien ayude a Korra. Tenzin se niega, pero tras una conversación con su hija, acepta. Korra y Jinora logran entrar al mundo de los espíritus.

Después entrar existosamente en el mundo de los espíritus con Jinora, Korra debe aprender cómo manejar las relaciones conflictivas entre los espíritus, así como lo hizo el Avatar Wan hace 10,000 años. Luego de que las dos se separan, Korra, luego de transformarse en una versión más joven de sí misma, es instruida por Iroh, el tío del Señor del fuego Zuko en la serie anterior, respecto a como mantener la paz. Mientras tanto, Jinora encuentra la biblioteca de Wa Shi Tong, en donde descubre dónde están ubicados los portales y cómo cerrarlos. Después que Korra regresó a su edad original, cuando está a punto de marcharse, es atrapada por Unalaq. En un intento por salvar a Jinora, Korra es engañada por Unalaq para conseguir que abra el portal del norte. Tras una batalla, Korra es rescatada por el gran espíritu fénix y sale del mundo de los espíritus, sin Jinora, quien queda como prisionera de Unalaq en el mundo espiritual.

Bolin visita a Mako en prisión, y éste intenta advertirle a Bolin que Varrick está tramando algo malo. Sin embargo, Bolin no le cree y se retira a la premier del final de su serie “Nuk Tuk”, evento al cual también asiste el Presidente Raiko. Durante la presentación, Bolin le confiesa a Asami que no está completamente feliz con su nuevo estilo de vida, del cual no puede disfrutar si su hermano y el resto del Equipo Avatar estaban alejados. Sin embargo, se da cuenta de lo que parece ser un intento de secuestrar al Presidente Raiko, orquestado por la Tribu Agua del Norte, así que frustra los intentos de los secuestradores. Al interrogar a uno de ellos, éste admite que fue Varrick quien los contrató a todos. Tras ser expuesto, Varrick es arrestado y Mako liberado. Korra llega, advirtiéndole al Presidente Raiko sobre la Convergencia Armónica y sobre los planes de su tío Unalaq para dominar el mundo. Sin embargo, el Presidente Raiko se niega a enviar sus tropas, y en lugar de ello las mantiene en Ciudad República con el fin de defenderla. Sin ejército alguno, Korra le pide ayuda a Varrick, quien accede a entregarle su barco naval personal. En el Polo Sur, Tonraq intenta hacer frente ante Unalaq, pero es derrotado y capturado.

Korra y sus amigos viajan hacia el Polo Sur. Sin embargo, descubren que la resistencia de los habitantes del Sur ha sido eliminada y Tonraq capturado. La situación se les complicaba, el cuerpo de JInora se debilitaba lentamente sin su espíritu. Con tan solo unas horas para que la Convergencia Armónica inicie, Korra y sus amigos no tienen más opción que atacar directamente en la fortaleza que el ejército del Norte ha construido en el Sur. Desafortunadamente, son incapaces de derrotar a la Tribu del Norte y todos son capturados, a excepción de Bumi, quien se las arregla para infiltrarse en el campamento e inadvertidamente desencadena una serie de eventos que destruyen la fortaleza entera, luego libera a Korra y a sus amigos quienes van en busca de Unalaq, este revela que no solamente planea liberar a Vaatu, sino que también se fusionará con éste para convertirse en un Avatar Oscuro que dominará el mundo. A pesar de sus grandes esfuerzos, Korra no alcanza a detener la Convergencia Armónica, y Vaatu se libera de su prisión.

Con Vaatu libre, Korra intenta encerrarle nuevamente en su prisión mientras Mako y Bolin tratan de impedir que Unalaq se fusione con Vaatu. Sin embargo, con la ayuda de Desna y Eska, Unalaq supera a Mako y a Bolin, lucha con Korra y finalmente se fusiona exitosamente con Vaatu. Korra y Unalaq comienzan a luchar estando cada uno en su respectivo Estado Avatar. Mientras tanto, en el mundo de los espíritus, Tenzin y sus hermanos se encuentran con Iroh, quien les da una pista sobre cómo encontrar a Jinora. Así pues, Tenzin se adentra en la Niebla de las Almas Perdidas, un valle cubierto de niebla que lleva a los humanos atrapados allí a la locura tras sucumbir ante sus propias dudas interiores. Kya y Bumi sucumben rápidamente a la niebla y Tenzin por poco lo hace también, pero se encuentra con el espíritu de Aang, quien le dice que debe dejar de intentar ser el reflejo de Aang y simplemente debe ser él mismo. Tras despejar sus dudas internas, Tenzin logra disipar la niebla temporalmente y rescata a Jinora y a sus hermanos. Sin embargo, Jinora se da cuenta de que Vaatu ha sido liberado y se va con el fin de ayudar a Raava. Mako y Bolin logran convencer a Eska y a Desna para que se vuelvan en contra de Unalaq y los liberen. Desafortunadamente, Korra es superada por Unalaq, quien saca a Raava de su cuerpo y la destruye, rompiendo la conexión de Korra con los avatares pasados. Con Raava destruida, Unalaq se transforma en un monstruoso espíritu oscuro gigante y se teletransporta al mundo material.

Tenzin y sus hermanos llegan al portal y encuentran a Korra y a sus amigos heridos e inconscientes. Tras ser sanados por Kya, Korra cree que ha fallado en su misión, y que con Raava destruida, el ciclo se ha roto y ella es la última Avatar. Unalaq aparece en Ciudad República y ataca, acabando con las defensas de la ciudad así como con la estatua de Aang. Durante el ataque, la celda donde Varrick se encuentra prisionero es afectada, lo cual le permite escapar. En el mundo espiritual, Tenzin guía a Korra hacia el Árbol del Tiempo y le dice que medite dentro de él. Mientras lo hace, Korra libera su energía espiritual más interna y su espíritu se transforma en un gran espíritu de luz azul que se teletransporta a Ciudad República para luchar contra Unalaq. Tras recordar lo que Raava le dijo al Avatar Wan sobre la luz y la oscuridad, que una no puede existir sin la otra, Korra intenta extraer el fragmento de Raava que se encuentra oculto en el interior de Vaatu. En ese momento, el espíritu de Jinora aparece e ilumina el fragmento de la renacida Raava al interior de Vaatu, antes de regresar a su propio cuerpo. Ahora, sabiendo dónde atacar, Korra saca a Raava del interior de Vaatu y lo purifica, destruyendo a Unalaq en el proceso. Tenzin, Kya, Bumi, Mako y Bolin permanecen en el mundo de los espíritus para proteger el cuerpo de Korra de los espíritus oscuros, luego Eska y Desna se les unen. Están a punto de ser superados, cuando el espíritu de Korra y Raava regresan, acabando con todos los espíritus oscuros. Sin embargo, en vez de cerrar los portales espirituales, Korra decide que permanezcan abiertos, pensando que los espíritus y los humanos están destinados a coexistir y que el Avatar Wan cometió un error al cerrar los portales. Más tarde, Korra le revela a Mako que ha recuperado el recuerdo de su rompimiento, y ambos deciden terminar con su relación sentimental para bien. Finalmente, El Avatar Korra declara que el mundo ha cambiado para siempre y