Scrubs es una divertida comedia en la que se relatan las surrealistas experiencias de un joven médico, J.D. Dorian (Zach Braff) durante sus prácticas en un hospital, el Sagrado Corazón, plagado de empleados y pacientes a cada cual más especial. Dorian, a quien sus compañeros llaman por las siglas J.D., acaba de aterrizar en el hospital donde deberá llevar a cabo sus primeras prácticas como médico residente. Pero este no es un hospital normal, ya que por sus instalaciones abundan personajes de toda clase totalmente imprevisibles en sus actuaciones. A Dorian le acompañan otros dos novatos: su compañero de facultad Chris Turk (Donald Faison), que también está realizando un periodo de prácticas perteneciente al equipo quirúrgico del hospital, y la impulsiva y muy atractiva doctora Elliott Reid (Sarah Chalke). Siempre alerta frente al equipo de novatos está el paternal jefe de medicina, el doctor Bob Kelso (Ken Jenkins) el mordaz y mundano doctor Phil Cox (John C. McGinley) y la comprensiva enfermera Carla Espinosa (Judy Reyes).

Bienvenido a Stars Hollow, Connecticut, una ciudad encantadora, pequeña y un poco fuera del centro conocida por sus jardines verdes, casas de madera y suficientes personajes extravagantes para llenar cada paseo en carruaje, desfile y picnic en millas. Es aquí donde conocemos a la testaruda Lorelai Gilmore, de 32 años, quien se labra una vida cómoda, cálida y llena de cafeína para ella y su igualmente obstinada hija adolescente, Rory. Pero cuando la atención de Rory pasa de los sueños de la escuela privada y Harvard a los pensamientos de los niños y la autosuficiencia de los adolescentes, la madre soltera Lorelai comienza a notar más de su propia juventud rebelde, hace solo 16 años, en Rory.

Jimmy Chance de repente se hace cargo de la custodia de un bebé que no sabía que tenía y tendrá que criarlo con la ayuda de su extravagante familia, que incluye a su madre, su padre y su primo. En casa con su nueva hija, la familia Jimmy no está nada entusiasmada con la niña. Sus padres, que le tuvieron a él cuando tenían 15 años, no saben nada de ser padres y no tienen interés en intentarlo de nuevo. Y el primo sólo está preocupado en como el bebé va a afectar a su vida social. Si Jimmy tuviese coraje para pedirle una cita, podría ayudarle Sabrina, una chica a la que conoció en un supermercado. Pero Jimmy está decidido a cuidar de ese bebé, pero criarla será todo un reto para él y para su familia.

La doctora Temperance Brennan (Emily Deschanel), antropóloga forense del Instituto Jeffersonian y escritora de novelas, y el agente especial del F.B.I. Seeley Booth (David Boreanaz), se unen para tratar de resolver los asesinatos en los que apenas quedan los restos óseos de los cadáveres.