La loca persecución de Scrat por su escurridiza bellota desde el principio de los tiempos, tiene consecuencias que cambiarán al mundo: un cataclismo continental que desencadenará la mayor de las aventuras para Manny, Diego y Sid.

En el siglo XXVIII, Valerian y Laureline son un equipo de agentes espaciales encargados de mantener el orden en todos los territorios humanos. Bajo la asignación del Ministro de Defensa, se embarcan en una misión hacia la asombrosa ciudad de Alpha, una metrópolis en constante expansión, donde especies de todo el universo han convergido durante siglos para compartir conocimientos, inteligencia y culturas. Pero hay un misterio en el centro de Alpha, una fuerza oscura amenaza la paz en la Ciudad de los Mil Planetas. Valerian y Laureline deben luchar para identificar la amenaza y salvaguardar el futuro, no sólo el Alfa, sino del universo.

Larry Daley une fuerzas con Teddy Roosevelt, Amelia Earhart y otros personajes, para prevenir que cuatro de los peores villanos de la historia conquisten al mundo.