Mientras recolecta artefactos en un planeta distante, Daniel Jackson queda inconsciente después de tocar un objeto similar a un espejo. Despierta en la misma habitación pero no puede encontrar a los demás miembros de SG-1. Suponiendo que se fueron sin él, marca el regreso a casa pero llega a encontrar que está en una realidad diferente. En este mundo, el General Jack O'Neill y Catherine Langford están a cargo del programa Stargate; Hammond es un Coronel que informa a O'Neill; y Sam Carter es una científica civil que trabaja en el proyecto (y también está comprometida con O'Neill). Más importante aún, la Tierra está siendo atacada por los Goa'uld, quienes ya han matado a más de mil millones de personas. Carter cree que de alguna manera, Jackson es de una dimensión paralela. Cuando Jackson descubre el punto de origen del ataque de los Goa'uld, quiere regresar a su propio universo, creyendo que su Tierra será atacada de manera similar.

A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

Samantha Carter se convierte en el hospedador de un Goa'uld cuando intentaba salvar la vida del hospedador anterior.

SG-1 inadvertently help a desperate criminal and are charged and sentenced as accessories to his crime. They are banished to a desolate, brutal penal colony and strike a deal with a powerful female prisoner to help them escape. But is this prisoner hiding something from them?

Exploring a strange and beautiful garden, SG-1 comes across a dome containing a race that are connected to machines. The team are captured by the machines and rendered unconscious, but awake to find themselves reliving pivotal moments of their lives, over and over again. Then they discover it is virtual reality and a mysterious keeper appears to persuade them to try different outcomes for the moments. But can the team escape his clutches, when they don't know what is real and what is not?

O'Neill y el equipo regresan a Cimmeria, el planeta donde destruyeron el Martillo de Thor para ayudar a Teal'c a escapar. Descubren que los Goa'uld han invadido y que muchas personas están muertas. ¿Podrán ayudar a encontrar las armas de Thor para repeler la invasión antes de que todos sean capturados o asesinados?

Teal'c's son Rya'c is kidnapped by Apophis and SG1 tries to rescue him. When Rya'c is recovered he denounces his father and helps to capture the team. They escape, but will they be able to return to Earth and cure Rya'c?

While exploring a new planet, Teal'c is stung by a giant insect whose venom causes a terrifying transformation.

Cuando Teal'c hace que Sam Carter se dé cuenta de lo valioso que es el conocimiento dejado por Tok'ra Jolinar en su cerebro y la oportunidad de una alianza, convencen al General Hammond de que permita a SG-1 intentar una reunión. Llegan a un planeta que está desierto en la superficie, pero son esperados por Tok'ra bien camuflados y armados que los llevan a túneles que crean mediante un misterioso cristal, que también puede deshacerlos después. Ambas partes son bastante sospechosas, el equipo se siente como prisionero, y de hecho, el líder Tok'ra Yosuuf teme que no puedan ser liberados, al menos hasta que todo el sitio sea trasladado. Mientras tanto, los Tau'ri apenas superan su sospecha contra la biología Tok'ra Goa'uld (con simbionte), cuando se les pide que se ofrezcan como "huéspedes", y Carter descubre que Martouf (y su simbionte, Lantash) era el amante de Jolinar, por lo tanto, tiene una conexión especial con ella.

El intento de forjar una alianza con los Tok'ra parece ser un fracaso miserable, ya que el SG-1 está prácticamente encarcelado como un riesgo de seguridad y se considera prácticamente hostil debido a la "fusión", ya que aceptar ser huéspedes de un simbionte es un paso demasiado lejos para cada uno de ellos. Cuando el SG-3 llega e informa a Sam sobre la condición cada vez peor de su padre, el General Jacob Carter, quien está gravemente enfermo, ella se da cuenta de que los poderes curativos del simbionte, confirmados para aplicarse al cáncer, hacen que la oferta de ser huésped sea demasiado buena para rechazarla. Garshaw permite que Sam y Jack regresen y convenzan a ambos generales de permitir el plan, lo cual se logra. Mientras tanto, los Tok'ra deben evacuar rápidamente, destruyendo los túneles a su paso, porque se espera un ataque a gran escala por parte de las tropas de Apophis, mientras Jacob conoce a su posible pareja simbiótica, Selmak, y a su predecesor terminal para ayudarlo a decidir. Jack verifica su fuerte sospecha de que hay un traidor entre los Tok'ra que está comunicándose con los Goa'uld.

SG-11 failed to report regularly while mining trinium, a vital mineral for earth's defense against the Goa'uld. SG-1 finds them missing, and all traces cease at the site of arrow-heads made from trinium. Then they are all sedated by such arrows and brought to the village of Tonané, whose earthly tribal ancestry Daniel identifies by its animal totems. However, they are soon awake and released, their guns even returned, and promised to get their friends back, too, from the wolf spirit T'akaya, and the raven-shaped supreme spirit Xe'ls. The council of elders refuses to allow resuming of the mining, which is disrespectful to nature, but Tonané is delegated to be shown alternatives on earth. Both teams return to SGC, or so it appears; in fact, SG-11 is a series of incarnated spirits, who are soon convinced the earthlings are most untrustworthy.

Los Asgard y tres Señores del Sistema Goa'uld se reúnen en el Comando Stargate para negociar una modificación de tratado, pero la subterfugio y la traición amenazan no solo el éxito de las negociaciones, sino también a la Tierra misma.

Mientras emplean la ayuda de los niños altamente inteligentes de un planeta para un proyecto, el equipo descubre su horroroso destino impuesto cuando llegan a cierta edad.

La SGC recibe la visita de una Tok'ra llamada Anise que trae unos brazaletes utilizados por los soldados de una raza extinta desde hace mucho tiempo, que se supone que aumentan las habilidades de quienes los llevan puestos. O'Neill, Carter y Jackson se ponen los brazaletes y aumenta su fuerza física, pero también les hace tomar decisiones impulsivas. ¿Podrán quitarse los brazaletes antes de que causen su muerte?

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.