Un dispositivo de control climático es robado de un planeta y SG-1 es acusado del robo. Deben encontrarlo y restaurarlo antes de que el planeta se congele. Luego, el clima en la Tierra comienza a cambiar de manera inesperada y el equipo cree que el dispositivo ha sido robado por agentes renegados del NID. ¿Lo encontrarán a tiempo y cómo lograron viajar fuera del mundo el NID?

Después de quedar inconsciente durante una expedición, las vacaciones concedidas posteriormente a Carter son interrumpidas por un ser misterioso con un mensaje y un creciente afecto hacia ella.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

Bra'tac y Teal'c se encuentran con un enemigo fuertemente armado con un escudo que lo protege de las armas Goa'uld y que ha eliminado a dos guardias personales Goa'uld. A duras penas logran derrotarlo y lo llevan de vuelta al SGC para su estudio, pero esta nueva amenaza plantea un problema mayor para los Tau'ri.

En el nuevo sitio Alpha, Sam Carter y Selmak (el simbionte que lleva Jacob Carter, su padre) están trabajando en un nuevo arma para derrotar a los superdrones de Anubis cuando el planeta es atacado por una flota de naves Goa'uld. Carter escapa con el prototipo del arma antes de que se active la autodestrucción de la base, pero se encuentra siendo perseguida por un superdrone.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

El vicepresidente Kinsey informa al Dr. Weir sobre el programa Stargate antes de su reunión con el presidente. Los equipos SG 1, 3 y 5 se van a otro mundo para intentar extraer un dispositivo de almacenamiento de los Antiguos recién descubierto. Al llegar al lugar del dispositivo, el SG-1 es atacado por naves Goa'uld. Sin otra forma de evitar que Anubis se apodere del conocimiento, Jack se somete al peligroso dispositivo.

Como el nuevo jefe del SGC, el General O'Neill empieza a sentir el peso de su responsabilidad y comienza a tener dudas sobre toda la idea, cuestionando su propia competencia.

Cuando el Stargate es teletransportado fuera de la SGC en medio de la noche, Teal'c queda atrapado en otro mundo. El Dr. Jackson y la Coronel Carter intentan recuperar la puerta.

El General Hammond regresa al SGC para llevar al Dr. Jackson con él en un viaje a Atlantis a bordo del Prometheus. En medio de su viaje, el Prometheus recibe una señal de socorro y Hammond decide investigar. Las cosas se complican cuando un Guerrero Kull toma el control del Prometheus, dejando a Hammond y a su tripulación, excepto Daniel Jackson, atrás en un Alkesh dañado.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.

Leader of the Hak'tyl and their representative on the Jaffa High Council, Ka'lel has fallen in with those who work against a democratic Jaffa nation. Things worsen when she incapacitates and turns a well-spoken brother Jaffa who promoted democracy. Bra'tac comes to Hayes and SG-1 for help in finding a now missing Teal'c and uncovering the shadowy dealings in the Jaffa High Council. On Earth, Mitchell gets an old friend of his into a hospital where alien-based technology is used; hopefully, the advances they have made will be able to cure what ails him.

While investigating the source of an addictive corn-like crop, SG-1 becomes involved in a firefight. They are forced to fall back to the gate, but as Daniel is dialing both the Stargate and the DHD are beamed away.

Sam logra activar un dispositivo antiguo que encontraron en el sitio de Glastonbury y ella y Mitchell son trasladados a una fase que los hace invisibles para todos. Daniel pronto descubre qué está sucediendo, pero la solución propuesta por el Dr. Lee envía a Daniel al mismo plano que Sam y Mitchell. Allí, él es capaz de traducir información que explica que Merlín había creado un arma contra los Ori y proporciona una dirección de la puerta donde se puede encontrar. Mientras tanto, Teal'c viaja a un planeta Jaffa que ha enviado una llamada de socorro. Los dos eventos están relacionados.

A mysterious creature targets members of Stargate Command one by one.

Cuando todo un pueblo puede sufrir la ira fatal de un Prior de los Ori por no convertirse, el General Landry ordena a Carter probar un dispositivo experimental basado en la tecnología de Merlin para transportar todo su pueblo. La prueba funciona, pero antes de que puedan activarlo a gran escala, una fuerza Ori toma el pueblo, hiere a Sam y mata a los aldeanos cerca de la Puerta Estelar ante los ojos de Vala. Su esposo, Tomin, la captura pero afirma no amarla. Se le ordena, como castigo por ser engañado por ella, reeducarla. Sam y Cam logran activar la parte funcional del dispositivo, por lo que su edificio queda oculto de los Ori, quienes amenazan a los líderes del pueblo y descubren y arrestan a Teal'c. Incluso después de que los aldeanos restantes se someten, el Prior decide destruir a todos ya que no pudo encontrar a Sam, lo que hace que Tomin dude de su fe, informe a Vala y enfrente al Prior. Los aldeanos quieren sacrificar a Teal'c, pero un líder los detiene. Después de ver al Prior destruir el pueblo, Tomin envía a Vala abajo, donde ella ve si Carter logró, justo a tiempo, hacer funcionar el dispositivo...

Teal'c and Bra'tac are among the numerous victims -though only wounded- of several bomb attacks killing 32 men at a summit in the Jaffa settlement Dar Eshkalon. As soon as physically able, Teal'c swears to avenge them personally, suspecting the honor-less, ambitious warrior Arkad; General Landry refuses to sanction a killing mission without solid proof, but cannot stop Teal'c from going it alone. Bra'tac explains Arkad's sinister past to Daniel, including the possibility of murdering Teal'c's mother. Information from the resistance on another planet indicates Arkad is in league with the Ori and plans to attack Earth. Arkad comes to meet General Landry, offering to help defend Earth against the Ori, denying any part in the bombings, while defending Origin, incriminating a Jaffa sect. SG-1 is now ordered to find and stop at all cost Teal'c, who is using torture. But Teal'c, committed to killing Arkad, reaches his place, but is wounded, captured, and made to duel Arkad after it is confirmed he had killed Teal'c's parents.

Vala apuesta, gana un carguero, pero es descubierta haciendo trampa; luego aparece Adria, echa a todos y afirma que tiene una nueva flota Ori y una Puerta Estelar intergaláctica operativa. Vala le cuenta a su aterradora hija cómo ayudó a Daniel, después de un sueño, leyendo el misterio del símbolo clava thessara, que condujo a la dirección de un solo planeta, donde debe estar el tesoro de Athena; después de una desastrosa visita allí, el equipo se niega a seguir la siguiente interpretación, temiendo que sea solo una trampa preparada por Adria, por lo que Vala es declarada un riesgo de seguridad, restringida y confinada en el Área 51, pero escapa a través de la Puerta Estelar. Adria la lleva consigo al enterarse de que el equipo aún planea visitar la dirección, en nave estelar. Al llegar, quedan atrapados por el SG-1, que sin embargo se encuentra rodeado por las tropas del señor Ba'al. Ba'al utiliza los anillos para teletransportar a Adria a una jaula electromagnética en su nave estelar. De regreso en la Tierra, el general Landry se preocupa por el daño que los dos puedan hacer juntos y quiere recuperar a Adria. Daniel y Sam muestran ahora a Vala que ha sido implantada con tecnología Galaran con falsos recuerdos de toda su aventura hasta el encuentro con Adria. Aunque ella afirma que eso es imposible, Ba'al está seguro de que puede tomar el control de las leales tropas Ori de Adria a través de ella, implantando un simbionte. El equipo encuentra a los Jaffa y clones de Ba'al muertos por veneno de simbionte, excepto un Jaffa que secretamente usó tretonina. El equipo se teletransporta desde la nave estelar Odyssey camuflada hacia la de Ba'al, lo dispara y captura a Adria, pero de regreso en la Tierra, se descubre que está bajo el control de su simbionte. En lugar