Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

En la negociación de rescate del conde Dooku, Anakin y Obi-Wan son tomados prisioneros. Los Jedi y los Sith forman una improbable alianza en un intento de escapar, con Jar Jar Binks como su única esperanza.

Padmé y Jar Jar son capturados mientras buscaban un laboratorio secreto separatista de armas biológicas. Anakin, Obi-Wan y Ahsoka van a intentar salvar a sus amigos y poner fin a la liberación de un virus mortal.

El virus de la sombra azul es liberado, infectando a Ahsoka, Padmé, el capitán Rex y muchos clones más. Anakin y Obi-Wan tienen sólo 48 horas para encontrar el antídoto en un planeta misterioso.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.

Los gusanos controlacerebros, controlando un grupo de clones, toman la nave de suplementos de la República. Ahora Barriss y Ashoka deberán detener a los clones para no desatar una plaga a nivel galáctico.

Los Jedi y sus clones tienen que defender la duquesa Satine de los intentos de asesinato, Anakin descubre que Obi-Wan y la duquesa tienen una historia juntos.

Cuando el Senador Onaconda Farr muere en cirnscuntancias sospechosas, Padmé Amidala investiga que fue lo que pasó en realidad.

Un soldado clon novato lucha, junto al capitán Rex y a Anakin Skywalker, por detener un peligro que amenaza a la República entera.

En la segunda Batalla de Ryloth, Bail Organa y Jar Jar Binks van a Toydaria, y piden ayuda al rey Kattunko para poder enviar suministros al planeta, que se muere de hambre.

Ahsoka Tano tiene pesadillas premonitorias con la cazarecompensas Aurra Sing, que está contratada por Ziro el Hutt que quiere matar a la senadora Padmé Amidala.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatisata. Padmé viaja a Raxus a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas estan negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado…

Los senadores Padmé Amidala, Bail Organa y Farr Onaconda luchan contra un nuevo proyecto de ley en el Senado para comprar nuevos clones de la República. Pero alguien no le gusta su oposición y trata de persuadirlos a salir de ella.

Los Jedis se encuentran ahora en el planeta Mon Calamari para ayudar a mantener la paz en una guerra civil entre los agresivos y con forma de calamar Quarren y sus pacíficos vecinos, los Mon Calamari. El rey de los Mon Calamari es encontrado misteriosamente asesinado, dejando su joven hijo, el príncipe Lee-Char, para guiar a su gente solo. Pero la raza Quarren no acepta el nuevo governante como rey de Mon Calamari. La senadora Padmé Amidala y su guardaespaldas Jedis Anakin Skywalker intentarán resolver el problema.

Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari. Desprevenidos, el joven príncipe y sus protectores Jedi son rápidamente superados y forzados a retirarse en unas cuevas muy por debajo de la ciudad capital, dejando al conde Dooku y sus aliados planear el próximo movimiento.

Un último grito de esperanza. Tras el asesinato de su padre y la caída de su planeta bajo una guerra civil planetaria, el príncipe Lee-Char de Mon Calamari se esconde con la padawan Ahsoka Tano como su única protectora. Con sus ejércitos capturados y sus amigos en prisión, la situación parece sin esperanza para el príncipe. El conde Dooku ordena a su siniestro agente Riff Tamson que utilice los medios necesarios para sacar al príncipe Lee-Char fuera de su escondite, ya que sabe que se mantendrá la esperanza mientras el príncipe esté vivo.

En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.

Mientras que está en una misión humanitaria al planeta Scipio, el antiguo amor de Padmé Amidala llamado Rush Clovis se pone en contacto con ella para pedirle ayuda. Después de haber hecho una postura en contra de la corrupción en su planeta, Clovis se ha convertido en el blanco del cazarecompensas Embo. Junto con Padmé, ahora trata de salir de su planeta y buscar ayuda.

De vuelta a Coruscant, Clovis hace un trato dudoso de convertirse en el líder de su clan que está profundamente sumido en la corrupción. Anakin no confía en Clovis, causando tensiones en su relación con Padmé.

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.