Jack y su equipo investigan la historia de un padre, Greg Prichard, y su hija Kyla, desaparecidos una mañana mientras Greg se dirigía a su trabajo y Kyla al colegio, pero ninguno de los dos llegaron nunca a sus respectivos destinos. Mientras que el equipo trata de descubrir pistas para el caso, la mujer de Greg, Sarah, se ve obligada a afrontar el hecho de que desconoce gran parte del pasado de su marido: No existen datos sobre su existencia antes de 1990 y abundan las irregularidades financieras. Sus empleados identifican a una misteriosa mujer con quien Greg parece haber tenido una aventura, y su mejor amigo revela que la noche antes de la desaparición, Greg le ofreció venderle sus negocios. Mientras Sarah trata de afrontar estas sorprendentes revelaciones, empieza a temer que no volverá a ver a su hija y a su marido nunca más.

Jack y su equipo buscan a una tenaz reportera de televisión, Delia Rivers, tras su desaparición en medio de una importante y peligrosa investigación periodística: Estaba vigilando al dueño de un club nocturno, Freddy Cattan, sospechoso además de traficar de drogas, cuando desapareció. Pronto, el equipo descubre que Delia también estaba trabajando en el caso de un asesino que esperaba para ser ejecutado, pero que la periodista considera inocente.

Samantha recibe un disparo de Mashburn y es herida de gravedad. Jack negocia con el secuestrador y le ofrece dejar libre a Samantha, que está muy grave, y en su lugar, convertirse él en rehén.

Un autobús lleno de estudiantes desaparece durante una excursión. El equipo de Jack Malone, que se hace cargo del caso, sospecha que los hermanos Doug y Richard han secuestrado el autobús y confiscado todos los teléfonos móviles de los viajeros, impidiendo que éstos puedan contar lo que les está ocurriendo. Gracias a la astucia de un estudiante llamado Trish, que consigue ocultar un teléfono móvil de alta tecnología que capta imágenes, la Oficina de Desaparecidos del FBI consigue averiguar el lugar en el que permanecen retenidos los escolares. Una vez allí, los agentes encuentran a Johnny Atkins, un joven que culpabiliza a Doug y Richard de lo ocurrido, pero el fallecimiento de dos personas y la aparición de nuevas fotos dan un giro a la historia. En el plano personal, Samantha trata de recuperarse de las secuelas físicas y psicológicas que le dejó el tiroteo que sufrió buscando apoyo en Martin. Jack intenta recuperar a su esposa y sus hijas.

Jack y su equipo buscan a la mujer y los dos hijos de un millonario. Los tres iban en un yate que fue encontrado a la deriva con su capitán asesinado. El marido y padre de los desaparecidos, Ben Palmer, recibe una llamada en clave de los secuestradores que le dan solamente a 8 horas para descubrir qué es lo que quieren a cambio de su familia. Mientras, Jack y su equipo preparan el traslado de éste a Chicago y Vivian está ansiosa por saber algo sobre su posible promoción.

Vivian y el equipo buscan a una adolescente ciega y su instructor, desaparecidos durante una jornada de acampada, mientras Jack escucha de su mujer que quiere el divorcio y la custodia exclusiva de sus hijos. Por si esto fuera poco, cuando Vivian localiza a Samantha y Martín para iniciar el nuevo caso, en realidad, los dos están juntos en casa de Samantha, que desconocen la situación familiar en la que se encuentra Jack. Respecto al caso, Vivian y su equipo sospechan del hermano del instructor de la chica y de un camarero, ya que ambos acosaban a la joven.

Los investigadores de la Oficina de Desaparecidos tratan de determinar si una niñera, desaparecida junto al niño del que cuidaba, es víctima o sospechosa de dicha desaparición. Los padres del niño informan al equipo de Malone de que sospechan que la niñera, June, ha desaparecido con su hijo tras despedirla por haber robado en su casa. Poco tiempo después, un interlocutor anónimo llama a la familia pidiendo un rescate a cambio de devolver sanos y salvos a June y al niño.

Como parte de la batalla por la custodia de su hijo, Jack soporta una larga y brutal declaración jurada por parte del abogado de divorcio de su esposa, durante la cual su esposa, María, llega inesperadamente. El implacable abogado de María utiliza los traumas de la infancia de Jack, su pasado romance con Samantha y su dedicación a su trabajo en su contra.

Los agentes de la Oficina de Desaparecidos se enfrentan a un caso que, en principio, parecía muy sencillo. Pero lo que parece ser la desaparición de un estudiante universitario, se vuelve más complicada cuando el equipo descubre que la víctima es un impostor con múltiples identidades.

El equipo busca a una persona que actuaba como asesor en juicios y a la vez que trata de reducir la lista de sospechosos de dicha desaparición. Kim Marcus, una juez que trabaja en una caso de asesinato, ayuda al equipo ya que el consultor había tratado un tema profesional con ella antes de desaparecer. Mientras, Samantha y Jack le piden a Brian que pase más tiempo con su hijo Finn.

El novio de la hija de Jack desaparece poco después de él se traslade de Chicago a Nueva York para estar con ella. Samantha lucha con un problema en casa, y Danny y Elena se preparan para su boda.

Un buzo veterano desaparece y su novia es secuestrada. Mientras tanto, la hija de Jack quiere volver a Chicago, Sam tiene que elegir entre Jack y Brian, y el plan de Danny y Elena de casarse esa noche.