Los problemas son inevitables en la prisión, con un motín racial inminente. Michael tiene problemas para recuperar un tornillo de las gradas. Veronica recibe una cinta de seguridad que muestra a Lincoln disparando a Terrence Steadman.

Michael obtiene más de las herramientas y personas que necesita, pero alguien muy importante ha tomado nota y ha empezado a preguntarse qué está tramando.

Michael obtiene una pieza de información necesaria para lograr su escape, pero ¿podrá evitar que el Director lo eche?

Verónica, Nick y LJ deben esconderse, mientras Bellick sin saberlo proporciona la motivación de Westmoreland para ayudar en la fuga.

Michael le entrega una dirección a Falzone, permitiendo que el trabajo se reanude en el túnel. Mientras tanto, el vicepresidente recluta la ayuda de un especialista peligroso.

El escape está a punto de llevarse a cabo cuando el equipo se topa con un obstáculo de acero inoxidable, mientras que Veronica llega apenas un momento tarde para obtener toda la información que necesita para demostrar la inocencia de Lincoln.

Con la tubería hacia la enfermería reemplazada y la vida de Lincoln en peligro, Michael debe replantear su plan de escape y salvar la vida de su hermano. Un compañero de prisión puede tener la clave para evitar la ejecución de Lincoln.

El plan de Michael para escapar ha fracasado. Mientras Lincoln está atado a la silla eléctrica, ve un rostro extrañamente familiar en la multitud. ¿Hay alguna última esperanza para salvar la vida de Lincoln, o ha llegado su viaje a su fin?

Los flashbacks proporcionan exposición sobre cómo los reclusos llegaron a la Penitenciaría de Fox River, desde la incriminación de Lincoln por parte de The Company hasta la creación del plan de Michael para salvar la vida de su hermano.

Después de quemarse el hombro, el tatuaje de Michael que mostraba el camino a través del pabellón psiquiátrico ahora está incompleto. Con otro recluso intimidado para delatar los planes de escape, Michael Scofield debe usar su ingenio para encontrar una nueva forma de salir de la prisión de Fox River.

Improvisando un nuevo plan, Michael busca a un conocido que podría tener la clave para su plan de escape. En la población general, los otros miembros del equipo de P.I. descubren que los guardias están subastando la celda de Michael al mejor postor. Lincoln y Sucre idean un plan para lograr que Michael regrese a la población general. Veronica informa a Lincoln que L.J será juzgado por el asesinato de su madre, y Lincoln desea ver a su hijo.

Después del accidente, Kellerman intenta asfixiar a Lincoln, pero es salvado en el último momento por un desconocido. Sucre sale del confinamiento solitario y Michael les dice a sus compañeros que ha completado el mapa, pero necesita la llave de la enfermería. Abruzzi regresa a Fox River, aparentemente convertido en un hombre religioso. El director Pope envía al Capitán Bellick a buscar a Lincoln antes de notificar a las autoridades. Nick intenta convencer a Veronica de que están perdiendo tiempo revisando las llamadas del teléfono celular de Quinn. Michael besa a Sara y le pide que espere por él. Tweener tiene problemas con Avocado y castra al abusador. Lincoln ve que el desconocido es en realidad su padre, y este le explica que trabajaba para una poderosa compañía y que Lincoln es víctima de una gran conspiración en su contra. Había filtrado información de EcoField y lo utilizaron a él para obligarlo a presentarse. Michael pide ayuda a Nika. Veronica encuentra muchas llamadas de Montana en el teléfono de Quinn. El Vicepresidente le dice a su hermano que está vivo solo gracias a ella, y él responde que no entiende cómo no la han matado aún. Abruzzi se encuentra con T-Bag y le pide que olvide todo, y hacen una tregua. Nika busca a Sara y le cuenta sobre su vida y cómo Michael la ayudó, pero en realidad roba la llave de Sara. Un chico ve el Mustang en un desguace donde Aldo y Lincoln están escondidos, pero Kellerman intercepta la conversación y se dirige al lugar. Sin embargo, la policía llega y el Capitán Bellick arresta a Lincoln, salvándolo de Kellerman. Sara busca su llave y recuerda su encuentro con Nika Volek; llama al servicio de mantenimiento para reemplazar la cerradura. Nick trabaja para Abruzzi. Michael invita a David y este traiciona el plan al Capitán Bellick. Lincoln regresa a Fox River bajo vigilancia las 24 horas del día.

Westmoreland utiliza a Bellick para tapar un agujero en el plan de escape, lo que obliga a Michael a adelantar el cronograma de fuga. Un temeroso Tweener promete lealtad a Michael y, a cambio, puede salir de la cárcel gratis; Michael siente que no tiene más opción que involucrar a Sara en el plan y debe traicionar a su figura paterna; y Veronica ve su vida en peligro por parte de su aliado más cercano, quien tiene una conexión sorprendente con un recluso de Fox River.

El equipo comienza a escapar del agujero en la celda de Scofield.

A medida que la fuga continúa, se pierden vidas y el Papa y Bellick hacen todo lo posible por capturar a los convictos.

En Cutback, Montana, Kellerman atrae a la policía y Michael y Lincoln secuestran al camarógrafo Greg de Fox News y logran escapar del asedio. Michael y Lincoln deciden grabar un mensaje para ser transmitido en las Noticias de Última Hora. Mahone está de regreso en Chicago y analizando el mensaje; interroga a Greg y este le cuenta que escuchó a Michael decir que debían recorrer 460 millas en seis horas. Mahone deduce que tienen la intención de reunirse con la Presidenta Caroline en Denver. Wheeler discute con Mahone y le grita que el Departamento de Asuntos Internos le pidió que siga todos los movimientos de Mahone. Bellick está gravemente herido en la enfermería de Fox River. Sucre entabla amistad con un viejo pasajero en un autobús hacia Ixtapa; sin embargo, el conductor le pide que se baje en un pequeño pueblo y Sucre roba el Volkswagen del anciano. En Algoma, Winsconsin, Haywire hace amistad con una joven pareja y la chica tiene moretones en el brazo; ella cuenta que su padre alcohólico y abusivo la golpeó.

Sara se encuentra con Michael y Lincoln en una estación de tren en Evansville, Indiana; cuando ve a Kellerman con ellos, se perturba y se pone molesta. Kellerman le dice que ella tiene una llave de un club privado de cigarros en Chicago. Caroline llama a Kellerman y él le dice que se dirige a Chicago en tren, y ella promete devolverle su vida, incluido el puesto de jefe de personal. T-Bag le dice a Susan que están pasando por un "período de ajuste" en sus vidas; cuando ella le dice que tendrá una invitada llamada Patty Wallace, T-Bag recibe a Patty con un magnífico brunch familiar y utiliza la figura de padre autoritario para disciplinar a Zack, seduciendo a la invitada con su encanto y actitud. Wheeler informa las acciones de Mahone a la sede del FBI y descubren que Haywire mató a un hombre en Algoma, Wisconsin. Mahone visita a Bellick en River Fox, lo libera utilizando un habeas corpus para que haga su trabajo sucio, y le da un auto, una pistola y una placa del FBI al hombre despreciable. Bellick persigue y atrapa a Haywire, y espera a Mahone. En Benson, Minnesota, C-Note y Dede están saliendo de un bar cuando un ladrón adicto anuncia un atraco. Cuando Kellerman ve un bloqueo en el tren, se da cuenta de que fue traicionado.

C-note ha saltado con la soga alrededor de su cuello, pero es salvado por los carceleros; le dicen a Mahone que aún lo hará. En un hotel de Chicago, se espera la llegada de la presidenta Caroline Reynolds para un discurso. Michael envía al verdadero Cooper Green lejos y acuerda un punto de encuentro con Linc y Sarah. Mahone entra en la habitación de Sarah y solo finge no encontrarla debajo de la cama para atraparla, ella finge que los hermanos la dejaron. En México, T-bag descubre que Bellick está esperando en la cinta transportadora de equipaje y debe obtener el suyo desde el lado del servicio, pero el obrero al que golpea cae sobre él, por lo que debe huir. Lincoln sorprende a su antiguo compañero Derrick Sweeney y le pide un favor: tres boletos en un barco de carga para Panamá. Kellerman está listo para dispararle a la malvada presidenta, pero cuando está a la vista de Michael, es arrestado justo después de estrecharle la mano, y es interrogado por Kim, quien exige estar a solas con él, para preguntarle dónde está Linc, luego intenta literalmente sacarle la información a golpes; la presidenta entra y saca a Kim justo cuando estaba a punto de dispararle a Michael; le dice que la cinta es una conversación delicada que tuvo con su hermano después de su "muerte", y aún tiene copias en veinte lugares. Fernando ve en la televisión que T-bag está en México y fue grabado intentando robar, por lo que deduce que los $5,000,000 deben estar cerca y le dice a Maricruz que regresará enseguida; a su regreso, solo está Bellick, armado y esposando a Sucre, para cobrar la recompensa, por lo que Fernando ofrece compartir los $5,000,000 encontrando a T-bag. Sarah adivina correctamente que Mahone está bajo el efecto de una droga adictiva. Caroline llama a Linc, quien reproduce la cinta que demuestra que su hermano estaba vivo