Es el aniversario de boda de Hal y Lois, la cita es en un lujoso restaurant con todos los detalles de una cena inolvidable, excepto por una cosa... Lois encuentra su vestido rojo (por el cual trabajó mucho para comprarselo) completamente quemado y metido en el inodoro, el delito queda impune... ¿Quien será el culpable?

Malcolm necesita dinero para comprar un juego de robotica por lo que recurre a trabajar de niñera para una familia rica; esto lo lleva a pensar muchas cosas acerca de su familia. Mientras su casa está infestada de termitas y por ello la familia entera tiene que vivir en un remolque, cosa que ocasiona varios problemas y tensiones entre Hal y Lois.

Lois es despedida de su trabajo en la tienda de abarrotes después que Dewey se robara una botella de licor de $150 dolares, esto lleva a la familia a una crisis económica... Por esta razón los niños de la escuela creen que la familia de Malcolm es pobre y les dan comida enlatada. Lois enfrentará a su jefe para que le devuelva el trabajo.

Lois va a la escuela militar para cuidar a Francis, mientras Hal quien sufre de su ausencia empieza a ayudarle a los Kreelboys a hacer un robot pero... todo se sale de control cuando Hal se adueña totalmente del proyecto para sus propias intenciones.

Lois les da dinero a los muchachos para que le compren un regalo de cumpleaños. Sin embargo, ellos se lo gastan comprándose golosinas y a Lois solo le compran una revista de bicicletas, esto hace que se decepcione y se vaya de la casa.

La familia pasa unas vacaciones en un casino, Hal, Malcolm y Reese van vagando en un rango de artillería del ejército después de haber sido expulsados del cómputo de las tarjetas en un juego de casino.

Hal encuentra un ropero tirado y piensa que es el regalo perfecto para Lois pero cuando lo abre salen cientos de murciélagos, mientras, Lois y Craig son atentados de un robo en Lucky Aide, donde Craig confiesa su amor por Lois.

Hal termina en crisis por mención de un niño de la clase de Dewey, así que deja el trabajo y se pone a pintar. Francis se ve obligado a trabajar en Lucky Aide.

Lois es infraccionada por interrumpir el paso a un vehículo por un policía corrupto, Craig le muestra un video a Malcolm y resultaba que Lois se había equivocado, luego este muestra el video a Hal y después se lo enseñan a Lois, después admite de que se había equivocado al final que no era verdad ya que desde otra toma se ve que Lois tenia razón. Después, Hal destruye la evidencia y Lois no se entera.

Malcolm y Reese pelean para ver quién irá con Francis a ver la lucha libre, sin embargo, Francis no se lleva a nadie. Dewey está a cargo del gato de Craig, pero se le escapa. Hal lo atrae con comida, pero termina atrayendo a otros gatos. Por deshacerse de todos, accidentalmente Lois quema el apartamento de Craig intentando que el gato vuelva, por lo cual se ven obligados a que Craig y su gato vivan con ellos.

Craig vive en casa de la familia, donde descubren el modo de vida de Craig. Mientras, los chicos encuentran y reparan una minimoto, en la que Reese se lesiona.

Reese obtiene un empleo en una cadena de comida rápida gracias a Ritchie (amigo de francis), pero Resee es culpado en su trabajo por un robo que no cometió. Ritchie es amenazado con favores, a cambio de no ser delatado.

Lois se maquilla dándose un cambio en su aparencia, pero esto hace que muchos hombres se interesen en andar con ella. Mientas tanto Malcolm, Reese y Dewey tratan de ganarle a Hal en el baloncesto y Francis se convierte en un exterminador de ratas profesional.

Reese aprende a conducir, y lo detiene la policía por andar paseando en toda la ciudad con secuestrados. Al final, Reese demuestra habilidad en el volante.

Dewey encuentra un perro y lo esconde en su casa para mantenerlo, pero tambien lo usará para poder vengarse de todas las bromas que le hiceron Malcolm y Reese. Por otra parte Francis se reencuentra con el comandante Spangler en Alaska, quien ya perdio su empleo en la militarizada, Francis y Eric harán cualquier cosa para que el comandante encuentre un empleo.

Craig tiene un mono capuchino como mayordomo, después de que el perro de Dewey lo mordiera dejándolo lesionado, Sin embargo, Craig trata mal a su mono mayordomo, provocando que éste quiera asesinarlo como venganza. Reese se vuelve policía vecinal, después de golpear a un ladrón haciendo que Hal haga cualquier cosa para ser reconocido como un héroe.

Malcolm tiene una serie de enfrentamientos con Reese aplicando el viejo estilo "ojo por ojo, diente por diente",esto a unos pocos días de que sea el cumpleaños de Malcolm y hace que Hal y Lois se pongan histéricos provocando que no vayan a la obra teatral de Dewey, pero hay retazos que muestran de como Malcolm y Reese inician su riña poco a poco.

Malcom descubre que si en lugar de decir todo lo malo que va a decir y mejor solamente lo piensa, evade muchos problemas y su vida mejora. Por otro lado, Hal descubre el deporte de trote pero también descubre un nuevo enemigo, hasta que lo descubre haciendo trampa. La novia de Reese lo invita a un concierto, pero éste no puede ir por no tener auto. Es entonces que Reese se ve forzado a recurrir a Craig.

Hal echa de casa a Malcolm, y decide refugiarse en casa de su novia prohibida. Craig está en casa ayudando en las labores del hogar mientras Lois está en casa de su hermana. Como historia secundaria, Francis se enfrenta en el rancho al sobrino de Otto que toca el piano y lo molesta con su música, hasta que destruye su teclado.

Lois deja encargado a Reese de la venta de garaje que hacen en su jardín. Malcolm encuentra una computadora de 1976 de las cuales hay pocas en existencia, y por la cual Craig iba a pagar 1300 dólares hasta que Reese la destruye. Dewey vende todos los muebles de la casa y Hal se encuentra un viejo emisor de radio que usaba en la universidad y vuelve a hacer transmisiones sobre críticas al gobierno, pero de nuevo vuelve a ser clausurado por las autoridades. Hal y Lois terminan convenciéndose de que Reese «no tiene remedio». Como historia secundaria, Francis ayuda a su jefe Otto, con un conflicto familiar.

Lois y Hal se van un fin de semana solos a un hotel para parejas. Dewey se queda con Craig y Malcolm se queda en casa para invitar a una chica que le gusta, mientras Reese es enviado a Canadá con su abuela pero escapa del camión donde iba para planear una fiesta en la que invita a muchos adolescentes locos que se apoderan de la cochera, por lo que Malcolm y Reese recurren a Francis. Al final, Dewey les tiene una sorpresa inesperada, al estilo de sus viejos tiempos.

Malcolm conoce a Leonard, un señor que siempre está jugando ajedrez y nunca deja de quejarse del mundo que lo rodea. Gracias a él, empieza a preguntarse a qué se dedicará de mayor. Dewey comienza a hacer cosas locas porque según él, el bebé se lo está "diciendo", lo que causa el enojo de Lois y Hal. Francis posa desnudo para pintores.

Cuando Hal está saliendo del estacionamiento, tiene un pequeño accidente con el coche y tiene que ir con los muchachos al hospital. Lois llama a los amigos de Hal para que le ayuden a sacar a Ida de su casa. Al final, Francis ayuda a su mamá a que el bebé nazca.

Hal y Lois no tienen dinero para enviar al bebé a una guardería, así que lo llevan a una cooperativa de la Iglesia, donde Lois también tiene que cuidar a un niño. Reese se empieza a obsesionar con la religión y Dewey está preocupado por ello, mientras Malcolm se niega a ir a la Iglesia a tomar clases. Francis se disfraza de extraterrestre para atraer a las personas al rancho de Otto.

Las muchachas calientes, populares desean ser vistas con Reese, Malcolm y Stevie como venganza en sus novios. Una de ellas "desea" besar a Reese, pero los muchachos los dejan, porque tienen que conseguir pañales a Jamie. Dewey cuenta a Jamie una historia elaborada, en la cual sus padres son realmente ricos. En esta historia Dewey encuentra los "pantalones perfectos", que se ocultan en la casa hermosa de sus padres y Francis es un robot que les sirve a Lois y a Hal. Hal desea comprar pañales para Jamie pero no puede pagarlos, así que él tiene que trabajar para Craig en el ayudante afortunado. Allí él y otros empleados comienzan una revolución para derrocar a Craig.

Reese y Malcolm consiguen trabajos. Malcolm ve a Lois que fuma en el trabajo. Hal toma una clase para pasar más tiempo con Jamie. Dewey desea escapar para ver a Francis.

Hal, Reese, Malcolm, y Dewey entran en el negocio en donde venden árboles de Navidad, sin embargo, la policía los obliga a quitar los árboles. Craig es mordido por una ardilla, y Lois le promete atraparla, con ayuda de los limosneros de una comunidad religiosa. La familia de Otto visita el rancho y se hace una riña. Al final; Otto, Gretchen, Francis, Piama y el resto de la familia, comparten la navidad. Los chicos recuperan su inversión.

Malcolm ensambla a poco dispuesto al equipo afortunado de béisbol en Lucky Aide. Hal se infiltra en un servicio secreto convirtiendose en un espia internacional, y Francis esta en casa reprochando a Lois que no es un holgazán y exige una disculpa.

Polly, la niñera de Jamie (Julie Hagerty) causa competencia entre Abe y Craig para ver quien de los dos sale con ella en una cita.

Malcolm y Stevie intentan separar dos bases de su experimento sin tener éxito pero descubren que Reese logra resolver su experimento, sin embargo, Reese no se acuerda qué fue lo que hizo. Gracias a la técnica de recordar todo una cosa en tiempo, descubren que el techo tiene la solución.

Hal recibe toneladas de basura en su jardín después de que él haya molestado al señor de basura, por querer tirar una caja refugiadora de gatos. Craig pone un anuncio de un conserje negro y Lois lo quita porque le parece ofensivo. Dewey tiene el sueño de que va a nevar.

Malcolm compra un auto usado, al que le dedicara mucho dinero. Reese hace apuestas en el Hipódromo. Lois descubre que Craig tiene una aventura con la esposa del gerente y Hal abre una estética.

Por medio de un testamento, Hal se convierte el albacea de un vecino que él casi no conoce y está en sus manos decidir su última voluntad que es desconectarlo o no a éste en el hospital, sin embargo, Hal tiene problemas con su libre albedrío que queda totalmente paralizado. Por otra parte Craig planea enfrentarse con su mayor enemigo: su padre.

Reese trabaja con un exterminador de insectos, el cual le da una caja llena de orugas para que las reparta en todos los jardines de su vecindario, pero le da lástima dejarlas, así que las guarda en su casa y Lois tratara de tirarlas a la basura.Al final, las orugas se convierten en mariposas y Reese se trauma con el sonido de sus aleteos, por lo que Dewey aprovechara para jugarle bromas.

Malcolm es obligado a usar zancos para poder repartir volantes del Lucky Aide, después de que despidieran a Sam un empleado que últimamente estaba ebrio y usaba anteriormente los zancos, pero éste se vengará de Malcolm armando sus propios zancos y retando a Malcolm en un duelo para poder recuperar su trabajo. Reese empieza a tomar pastillas experimentadas y termina robando un caballo de la policía montada. Dewey descubre que jamie encontró el collar de perlas de lois que francis escondió antes de irse a la militarizada y se alía con él.

Hal descubre que su familia no ha tenido seguro desde hace seis meses y se entera de que no lo tendrá hasta que comience la semana, así que debe impedir que su familia se lastime y él es el que termina lastimándose. Mientras en Lucky Aide todos los empleados descubren que hay un "soplón" y Lois tiene la sospecha de que Craig sea el soplón.

En Noche de Brujas, Hall se entera de que vive en una "casa de muerte" por que hace años hubo una masacre, Malcolm se enferma y se queda en casa mientras que Reese, Dewey y Jamie van a pedir dulces. Lois se enoja por que no le dieron el día libre para acompañar a Jamie, mientras Reese y Dewey son perseguidos por un anciano por que ellos le aventaron huevos podridos a su puerta.

Reese conoce una linda vegetariana llamado Carrie, cuando vuelve a trabajar en la planta de carne. Al principio, va a todo bien, pero lo sorprende con una chuleta de cerdo. Así, para obtener de vuelta a Carrie, libera todas las vacas de la planta de carne. Malcolm, mientras tanto, trata de engañar a Lois, usando a Craig para asi poder asistir a un concierto de rock.

En el capítulo final de esta serie, Malcolm, Reese y Dewey deciden quemar el único secreto que los tenía unidos porque ya no estarán más juntos, hacerle creer a Lois que tiene cáncer, se saben los deseos de Lois y Hal. Pasan tres meses y se ve que Dewey comprara un cohete y Jamie ya muestran signos de que serán muy problemáticos al igual que sus hermanos, Francis tiene un empleo igual al de su padre y vive feliz con Piama, Reese es conserje de su antigua escuela, Malcolm tiene que trabajar para poder seguir pagando sus estudios, y en la casa Hal se exalta cuando recibe la sorpresa de que Lois muestra una prueba de embarazo con resultado positivo.

Por medio de un testamento, Hal se convierte el albacea de un vecino que él casi no conoce y está en sus manos decidir su última voluntad que es desconectarlo o no a éste en el hospital, sin embargo, Hal tiene problemas con su libre albedrío que queda totalmente paralizado. Por otra parte Craig planea enfrentarse con su mayor enemigo: su padre.

Hal encuentra un ropero tirado y piensa que es el regalo perfecto para Lois pero cuando lo abre salen cientos de murciélagos, mientras, Lois y Craig son atentados de un robo en Lucky Aide, donde Craig confiesa su amor por Lois.

Hal descubre que su familia no ha tenido seguro desde hace seis meses y se entera de que no lo tendrá hasta que comience la semana, así que debe impedir que su familia se lastime y él es el que termina lastimándose. Mientras en Lucky Aide todos los empleados descubren que hay un "soplón" y Lois tiene la sospecha de que Craig sea el soplón.

Craig tiene un mono capuchino como mayordomo, después de que el perro de Dewey lo mordiera dejándolo lesionado, Sin embargo, Craig trata mal a su mono mayordomo, provocando que éste quiera asesinarlo como venganza. Reese se vuelve policía vecinal, después de golpear a un ladrón haciendo que Hal haga cualquier cosa para ser reconocido como un héroe.

Reese conoce una linda vegetariana llamado Carrie, cuando vuelve a trabajar en la planta de carne. Al principio, va a todo bien, pero lo sorprende con una chuleta de cerdo. Así, para obtener de vuelta a Carrie, libera todas las vacas de la planta de carne. Malcolm, mientras tanto, trata de engañar a Lois, usando a Craig para asi poder asistir a un concierto de rock.

Malcolm tiene una serie de enfrentamientos con Reese aplicando el viejo estilo "ojo por ojo, diente por diente",esto a unos pocos días de que sea el cumpleaños de Malcolm y hace que Hal y Lois se pongan histéricos provocando que no vayan a la obra teatral de Dewey, pero hay retazos que muestran de como Malcolm y Reese inician su riña poco a poco.

Lois y Hal se van un fin de semana solos a un hotel para parejas. Dewey se queda con Craig y Malcolm se queda en casa para invitar a una chica que le gusta, mientras Reese es enviado a Canadá con su abuela pero escapa del camión donde iba para planear una fiesta en la que invita a muchos adolescentes locos que se apoderan de la cochera, por lo que Malcolm y Reese recurren a Francis. Al final, Dewey les tiene una sorpresa inesperada, al estilo de sus viejos tiempos.

Hal echa de casa a Malcolm, y decide refugiarse en casa de su novia prohibida. Craig está en casa ayudando en las labores del hogar mientras Lois está en casa de su hermana. Como historia secundaria, Francis se enfrenta en el rancho al sobrino de Otto que toca el piano y lo molesta con su música, hasta que destruye su teclado.

Malcolm compra un auto usado, al que le dedicara mucho dinero. Reese hace apuestas en el Hipódromo. Lois descubre que Craig tiene una aventura con la esposa del gerente y Hal abre una estética.

Craig vive en casa de la familia, donde descubren el modo de vida de Craig. Mientras, los chicos encuentran y reparan una minimoto, en la que Reese se lesiona.