Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

Peter cae en manos de gansters irlandeses que saben acerca de su pasado. Hiro intenta contener el daño causado por su viaje en el pasado. Kensei su poder será revelado. Suresh localiza y cura al Haitiano. Matt investiga el asesinato del Sr Nakamura. West trata de saber de los poderes de Claire. Maya y Alejandro encuentran en Mexico que sus facultades son más un obstáculo que una ayuda.

Suresh encuentra una pintura sin descubrir de Isaac Mendez que muestra la muerte de una persona; Maya libera de una cárcel de México a Alejandro; en el pasado Hiro descubre algo nuevo acerca de Kensei, y Niki y Micah dejan Las Vegas para escapar de su pasado. Claire y West hacen una excursion.

Una mujer llamada Elle, esta buscando a Peter. Ando busca a Hiro en el pasado. Matt busca al hombre de los sueños de Molly. HRG da otro paso en su esperanza por proteger a su familia y a el mismo.

Peter comienza su busqueda. West convence a Claire de que se defienda. Hiro lucha contra sus sentimientos hacia Yaeko. Suresh tiene más problemas con la Compañía. GHR intenta localizar más pinturas de Isaac. Alejandro no confía Sylar.

Peter y Caitlin conocen la ultima fase de los efectos del virus de los Héroes. Muchos de los Héroes trabajan juntos para luchar contra el "Hombre Pesadilla". West está conmocionado al conocer la identidad del padre de Claire. Hiro y Kensei, El viaje llega a su fin.

Los acontecimientos de la "de los cuatro meses que faltan" se exploran. Maya y Alejandro deben darse prisa, se explica cómo Peter acabó en Irlanda y lo que sucedió a Nathan, Nikki, y D.L.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Peter viaja a Primatech en Texas para destruir el virus, pero no todo es lo que parece. Hiro continúa la búsqueda del asesino de su padre, mientras que Matt persigue el último miembro de la Compañía en la foto. Nikki se reune con Micah, pero tiene malas noticias, mientras que Maya tiene que optar por permanecer con Alejandro, o ir con Sylar.

En Texas, Peter se enfrenta a sus examigos debido a la engañosa historia de Adam sobre el virus de Shanti. Micah recluta a su madre para rescatar a Monica. Maya está atónita cuando conoce la verdad acerca de su nuevo amigo Sylar. Elle intenta hacer que su padre este orgulloso.

Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le h acambiad. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.

Viendo un futuro en el que casi todo el mundo tiene poderes, un mundo destinado a la destrucción, Peter decide intentar evitar el fin de la tierra cueste lo que cueste. Esto le lleva a hacerse con un oscuro e incontrolable poder para conseguir salvar al mundo, arriesgándose a que le destruya a él y a todos los que aprecia primero. Por otro lado y después de permitir que la mitad de “la fórmula” de Angela fuera robada, Hiro y Ando se proponen descubrir la identidad del villano que contrató a Daphne, y para ello deben consultar a la persona que más sabe sobre ellos… Adam Monroe. Por su parte, y después del baño de sangre en el banco, HRG decide librarse de su compañero, mientras que Claire, convencida de ser una heroína, se echa a la carretera para perseguir a uno de los villanos que aparecía en los antiguos ficheros de HRG. Mohinder cede a sus impulsos, mientras que Linderman y Molly vuelven de forma inesperada. Un nuevo romance aparecerá entre dos de nuestros Heroes.

Armada con los viejos expedientes de HRG y un "taser", Claire intenta acabar con su primer objetivo -- Stephen Canfield, uno de los que se escaparon del Nivel 5 con el poder de crear agujeros negros -- sin percatarse de que los otros están cerca. Mientras, horrorizado, Peter huye de toda la muerte y destrucción en el futuro, sólo para descubrir lo mucho que esa experiencia le ha cambiado. Frustrado por culpa de que Adam Monroe no le acercara a la fórmula, Hiro toma la determinación de aliarse con Daphne y su nuevo asociado Knox, pese a no contar con el beneplácito de Ando. Por otra parte, la urgencia de Suresh en corregir los errores de su investigación deja a Maya, entre otros, en una situación comprometida. Linderman aconseja a Nathan que se acerque a Tracy, haciéndole ver que juntos podrían llegar muy lejos. En África, Matt ve como se desvanece su visión del "fueron felices y comieron perdices".

Impresionados por la sorprendente crueldad de Hiro, los villanos Knox y Daphne le llevan, junto a otros, a las instalaciones de Pinehearst, y le asignan su primera misión. Con Angela y la Compañía paralizadas por los recientes acontecimientos, Peter va directamente a Pinehearst buscando respuestas, aunque cambia de idea tras encontrarse con su inesperado fundador. Mientras tanto, Claire y su madre Sandra intentan liberar a Meredith de las garras del villano Doyle, quien tiene el poder de tomar el control física y psicológicamente de los demás. Más tarde, Nathan lleva a Tracy hasta Suresh, esperando que él pueda ayudarla a saber más sobre el origen de sus poderes.

Los médicos practican la cirugía a Hiro, en un intento desesperado de salvar su vida. Mientras está inconsciente, tiene una visión en la que se encuentra en un tribunal presidido por su padre Kaito y Adam Monroe. Hiro es hallado culpable de utilizar sus poderes de manera egoísta, delito penado con la muerte. Por otro lado, Sylar pide a Claire que le ayude a resolver sus problemas emocionales. La joven está furiosa, pero cuando Sylar amenaza con hacer daño a Gretchen, Claire decide colaborar. Mientras tanto, Samuel trata de reconquistar a Vanessa. Le compra un nuevo vestido y se la lleva a la casa de ensueño que ha construido para ellos en el valle. Tras besarla, Samuel le propone que se embarque con él en una nueva vida. Vanessa está halagada, pero su vida está en Los Ángeles.

Los acontecimientos de la "de los cuatro meses que faltan" se exploran. Maya y Alejandro deben darse prisa, se explica cómo Peter acabó en Irlanda y lo que sucedió a Nathan, Nikki, y D.L.

Peter comienza su busqueda. West convence a Claire de que se defienda. Hiro lucha contra sus sentimientos hacia Yaeko. Suresh tiene más problemas con la Compañía. GHR intenta localizar más pinturas de Isaac. Alejandro no confía Sylar.

Peter y Caitlin conocen la ultima fase de los efectos del virus de los Héroes. Muchos de los Héroes trabajan juntos para luchar contra el "Hombre Pesadilla". West está conmocionado al conocer la identidad del padre de Claire. Hiro y Kensei, El viaje llega a su fin.

Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

Peter cae en manos de gansters irlandeses que saben acerca de su pasado. Hiro intenta contener el daño causado por su viaje en el pasado. Kensei su poder será revelado. Suresh localiza y cura al Haitiano. Matt investiga el asesinato del Sr Nakamura. West trata de saber de los poderes de Claire. Maya y Alejandro encuentran en Mexico que sus facultades son más un obstáculo que una ayuda.

En Texas, Peter se enfrenta a sus examigos debido a la engañosa historia de Adam sobre el virus de Shanti. Micah recluta a su madre para rescatar a Monica. Maya está atónita cuando conoce la verdad acerca de su nuevo amigo Sylar. Elle intenta hacer que su padre este orgulloso.

Impresionados por la sorprendente crueldad de Hiro, los villanos Knox y Daphne le llevan, junto a otros, a las instalaciones de Pinehearst, y le asignan su primera misión. Con Angela y la Compañía paralizadas por los recientes acontecimientos, Peter va directamente a Pinehearst buscando respuestas, aunque cambia de idea tras encontrarse con su inesperado fundador. Mientras tanto, Claire y su madre Sandra intentan liberar a Meredith de las garras del villano Doyle, quien tiene el poder de tomar el control física y psicológicamente de los demás. Más tarde, Nathan lleva a Tracy hasta Suresh, esperando que él pueda ayudarla a saber más sobre el origen de sus poderes.

Suresh encuentra una pintura sin descubrir de Isaac Mendez que muestra la muerte de una persona; Maya libera de una cárcel de México a Alejandro; en el pasado Hiro descubre algo nuevo acerca de Kensei, y Niki y Micah dejan Las Vegas para escapar de su pasado. Claire y West hacen una excursion.

Una mujer llamada Elle, esta buscando a Peter. Ando busca a Hiro en el pasado. Matt busca al hombre de los sueños de Molly. HRG da otro paso en su esperanza por proteger a su familia y a el mismo.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.