Frank presenta su dimisión como se suele hacer siempre que se ha elegido a un nuevo alcalde pero tiene trabajo ya que un hombre que recaudaba fondos para el nuevo alcalde aparece muerto en su coche y es encontrado por una prostituta mientras trabajaba en la calle una noche. Danny pronto se da cuenta que era el marido de Lisa, la amiga de su hermana Erin. Mientras tanto, Jamie continúa tiene una misión de incógnito por primera vez en un bar buscando a propietarios que vendan alcohol a menores o drogas.

Una crisis política conlleva una llamada al 911 en un centro religioso. Jamie y Renzulli Son heridos cuando intentan entrar en el mencionado centro para poder asistir la llamada.

Henry sufre un ataque al corazón en vísperas de Acción de Gracias lo que hace que la familia contemple un futuro sin él. Mientras Danny y Jackie investigan un suicidio que parece no ser lo que parece. Frank y el alcalde no están de acuerdo acerca de una amenaza a la ciudad.

Cuando la familia de un hombre es asaltada y golpeada delante de él dispara a su agresor y le mata, algo que provoca un debate entre los Reagan acerca de cómo se debe proteger a tu familia y cuales son los límites. Mientras tanto, una estudiante universitaria es detenida, en una manifestación, y Frank sufre una lucha interna debido a su identidad.

Danny se pone en una posición difícil cuando un arma de fuego vinculada a un robo a mano armada acaba en el programa de la policía de Nueva York de recompra de armas. Él debe decidir encargarse del sospechoso saltándose la regla de "sin preguntas" de la policía al recoger las armas.

Danny y Jackie son asignados para proteger a una testigo clave en un juicio contra la mafia rusa tras ser asesinado el otro testigo, pero cuando intentan matarla, se dan cuenta de que en el grupo de trabajo hay un chivato. Mientras tanto, Erin recibe una oferta de trabajo del alcalde que le quiere dar el puesto de teniente de alcalde, lo que le haría trabajar directamente con su padre.

Frank debe darse prisa en detener un ataque con armas biológicas en la ciudad de Nueva York, mientras que la familia Reagan pasa un mal momento ya que se celebra el día de la madre y todos se han puesto un poco sentimentales. Danny solicita la ayuda de Jamie y sus compañeros para poder detener a un embaucador ladrón cuyas victimas son ancianitas.

Cuando dos automovilistas que conducen autos que consumen mucha gasolina mueren a manos de un francotirador, Danny y Kate son asignados al caso que la ciudad cree que es obra de un asesino serial radical ambientalista.

Jamie debe lidiar con las consecuencias emocionales de sus acciones en el trabajo. Susie Essman y Annabella Sciorra son estrellas invitadas.

Cuando un hombre con múltiples mordeduras de rata es arrojado desde un coche en movimiento, Danny investiga el caso para descubrir por qué y quién intentaba enviar un mensaje. Mary Elizabeth Mastrantonio y Mark Moses hacen una aparición especial.

Danny recibe una llamada para ir a un proyecto donde una pandilla gobierna con miedo e intimidación. Jamie encuentra a una chica parada en el techo sosteniendo a su bebé, diciendo que no soporta que sus vidas estén controladas por la pandilla callejera Los Lordes, así que se suicida saltando con su bebé. Danny luego descubre que la chica era alguien a quien conoció cuando era más joven, cuando sus padres murieron, y él dijo que la ayudaría a ella y a su hermana. Danny va a buscar a su hermana, quien está resentida porque Danny las olvidó. Descubre que ahora está con el líder de la pandilla. Mientras Jamie y su compañero caminan por el proyecto, hay disparos y el compañero de Jamie resulta herido. Más tarde, Frank se entera de que el fiscal no está presionando para enjuiciar a la pandilla, por lo que Frank va al alcalde en busca de ayuda.

Mientras los Reagan se unen para derribar al líder de la pandilla responsable del asesinato de alguien cercano a ellos, Danny busca a la novia del líder de la pandilla para que los guíe hacia él.

Cuando un oficial es acusado de usar fuerza excesiva sobre un sospechoso, Frank encuentra a su departamento bajo escrutinio de la comunidad y el alcalde.

La lealtad de Danny es puesta a prueba cuando es asignado al caso de un amigo de la infancia, Mickey, quien está siendo investigado por tener vínculos con una infame familia de la mafia. Mientras tanto, Frank recibe noticias de que el crimen está en aumento debido a una reciente decisión judicial sobre la legalidad de la política de "detener y registrar".

Baez es herido mientras custodiaba un alijo de drogas incautado por la policía, de modo que Danny intenta encontrar al cártel responsable. Paralelamente, un teniente con un historial impecable pone a Frank en una situación difícil.

Un informante de la mafia vuelve a la ciudad para testificar en un caso de Erin, y Danny y Báez tienen la tarea de protegerlo. Por otra parte, Frank y el alcalde Poole se meten en acaloradas negociaciones sobre prestaciones para los agentes de policía.

Un caso de un posible asesino en serie es asignado a Danny y Baez. Erin considera ser juez; un candidato a la alcaldía afirma que Frank ha estado investigando secretamente a su esposa; y Eddie confronta a su padre.

Erin es sobrepasada por la culpa después de que un hombre que ella libero es acusado de matar a un policía. Frank y el alcalde Poole continúan su juego político sobre su reelección como comisionado. Danny y Baez investigan el caso de un policía que ha desaparecido.

En el final de temporada, estalla un escándalo público cuando un policía no es acusado por disparar a un adolescente, y las consecuencias afectan a Frank, al alcalde y a la oficina de Erin. Más tarde, un oficial recibe un disparo en un posible caso de venganza, por lo que Danny busca al posible tirador.

Danny intercepta un envío de varios millones de dólares que se dirige a un cartel de drogas en México, y se convierte en su blanco cuando regresan para vengarse. Además, Jamie trabaja independientemente para localizar a un asesino en serie que se aprovecha de los ancianos. Por otro lado, el alcalde Poole confiesa a Frank que planea retirarse.