Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

Un test de pureza enviado a los alumnos del Instituto Neptune lleva a muchos de estos a ser avergonzados y humillados. Para solucionar esta situación y averiguar quién es el responsable de esto, Veronica requerirá la ayuda de Mac, una compañera experta en informática. Al mismo tiempo Keith ayuda a la madre de Wallace con un inquilino molesto.

Una alumna del instituto acusa a un profesor de abuso sexual. Los padres de la chica contratan a Keith para demostrarlo y mientras, Veronica, se propone ayudar al profesor a encontrar las pruebas que lo liberen de la acusación. Además, sigue ayudando a Logan en la búsqueda de su madre.

Un señor muy mayor contrata a Verónica para encontrar a su hija antes de que sea tarde. Además, Logan será detenido al aparecer un nuevo testigo en el caso del suceso del puente.