Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape

Padmé se dirige en una misión democrática a Rodia, pero es traicionada y emboscada. El virrey mismo ha llegado al planeta para ejecutarla, sin embargo, confunde a Jar Jar con un Jedi y ordena a sus droides a asesinarlo. Jar Jar logra escapar pero destruye la nave de Padmé, quien escapa de la prisión tras engañar a los droides. Ahora Jar Jar tendrá que llegar con Padmé mientras C-3PO intenta contactar a la armada y Padmé trata de convencer al líder de Rodia de seguir con la república.

Ahsoka y Luminara escoltan al virrey Nute Gunray, pero la CSI se disponen a recuperarlo. Para ello envían cápsulas con superdroides de batalla. Tras vencerlos, Ventress entra en secreto y pone bombas dentro de la nave, deshabilitándola. Luego se dirige a sacar al virrey de su celda, cosa que Ahsoka y Luminara deben impedir.

Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

En la negociación de rescate del conde Dooku, Anakin y Obi-Wan son tomados prisioneros. Los Jedi y los Sith forman una improbable alianza en un intento de escapar, con Jar Jar Binks como su única esperanza.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.

Cad Bane se infiltra en el templo Jedi para robar un valioso holocrón. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan tendran la misión de detenerlo.

Darth Sidious le pide a Cad Bane que realize la ultima parte de su maléfico plan: debe capturar a los niños sensibles a la Fuerza y llevarlos a Mustafar.

Anakin, Ahsoka y Ki-Adi-Mundi dirigen un ataque masivo contra Geonosis con el objetivo de destruir una fábrica de droides.

Cuando un carterista roba el sable láser de Ashoka, la Padawan recurre al Jedi Terra Sinube, que es experto en el mundo del crimen.

Los Jedi y sus clones tienen que defender la duquesa Satine de los intentos de asesinato, Anakin descubre que Obi-Wan y la duquesa tienen una historia juntos.

En Coruscant, la Duquesa Satine es acusada de haber creado un grupo terrorista. La Duquesa Satine y Obi-Wan intentan descubrir los verdaderos origenes del grupo mientras huyen de las autoridades y de un asesino de la "Guardia de la Muerte".

Cuando el Senador Onaconda Farr muere en cirnscuntancias sospechosas, Padmé Amidala investiga que fue lo que pasó en realidad.

En Malaster los Jedi Anakin Skywalker y Mace Windu prueban una nueva arma. Pero las consecuencias son fatales cuando la bestia Zillo despierta tras las consecuencias de una gran explosión.

La bestia Zillo ha sido trasladada a Coruscant. Se reabre el debate sobre salvar su vida o extinguir la especie para investigar en ella, pero nadie contaba con el poder de la bestia cuando escapa y causa graves desastres en la ciudad. Los Jedi deberán retenerla, aunque Palpatine tiene otros planes para ella.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatisata. Padmé viaja a Raxus a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas estan negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado…

Los senadores Padmé Amidala, Bail Organa y Farr Onaconda luchan contra un nuevo proyecto de ley en el Senado para comprar nuevos clones de la República. Pero alguien no le gusta su oposición y trata de persuadirlos a salir de ella.

Dooku planea eliminar a su propia aprendiz Asajj Ventress, y entonces ella quiere vengarse de Dooku.

Anakin Skywalker debe elegir entre el lado luminoso y el oscuro de la Fuerza, y tiene una visión inquietante de su propio futuro: Darth Vader. Mientras tanto, Obi-Wan y Ahsoka se preparan para una confrontación decisiva en su esfuerzo por desentrañar los misterios del planeta. Podrán alguna vez escapar de Mortis?

Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso. Uno de estos planetas es Naboo, donde el sufrimiento y los disturbios civiles amenazan las relaciones que antes eran amistosas entre la gente de la superficie y los Gungans que habitan bajo el agua. Los rumores de que los Gungans planean ayudar a los separatistas en hacer un ataque a la ciudad de Theed fuerzan a la senadora Padmé Amidala en ir, acompañada del general y maestro Jedi Anakin Skywalker.

Para localizar los colonos secuestrados de un mundo pacífico, los Jedis se infiltraron en el planeta esclavista de Zygerria, sólo para ser capturados por su reina ambiciosa, la que planea reconstruir su imperio de la opresión. Ahora, incluso Obi-Wan Kenobi debe llegar a un acuerdo.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

Maul y Savage Opress siguen causando estragos en la galaxia. Como parte del plan malvado de Maul, el Sith y su hermano reclutan una banda feroz de piratas. Obi-Wan Kenobi lidera la caza de Maul con la maestra Jedi Adi Gallia, lo que resulta en una confrontación con espadas láser que resulta con la muerte de Gallia. Obi-Wan lucha contra Savage y Maul, y le corta el brazo izquierdo a Savage. Los hermanos huyen con su nave y Obi-Wan vuelve a Coruscant, donde el Canciller le informa que los hermanos no tienen importancia en comparación con los separatistas, y ninguna otra acción se debe tomar en su nombre.

Después de que Vizsla fuera asesinado por Darth Maul, Satine es liberada, le pide ayuda al consejo Jedi y es nuevamente capturada. El consejo se niega a intervenir por tratarse de un conflicto interno, sin embargo, Kenobi acude en su ayuda, siendo capturado con Satine, al poco tiempo de liberarla. Satine es asesinada por Maul, y Kenobi es liberado por los remanentes de la Guardia de la Muerte. Los Mandalorianos comienzan una batalla, el Maestro Sith "Darth Sidious" llega a Mandalore y se enfrenta con Savage Opress y Maul, asesinando al primero y dejando casi muerto al segundo.

Mientras que está en una misión humanitaria al planeta Scipio, el antiguo amor de Padmé Amidala llamado Rush Clovis se pone en contacto con ella para pedirle ayuda. Después de haber hecho una postura en contra de la corrupción en su planeta, Clovis se ha convertido en el blanco del cazarecompensas Embo. Junto con Padmé, ahora trata de salir de su planeta y buscar ayuda.

De vuelta a Coruscant, Clovis hace un trato dudoso de convertirse en el líder de su clan que está profundamente sumido en la corrupción. Anakin no confía en Clovis, causando tensiones en su relación con Padmé.

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.

Después de que Vizsla fuera asesinado por Darth Maul, Satine es liberada, le pide ayuda al consejo Jedi y es nuevamente capturada. El consejo se niega a intervenir por tratarse de un conflicto interno, sin embargo, Kenobi acude en su ayuda, siendo capturado con Satine, al poco tiempo de liberarla. Satine es asesinada por Maul, y Kenobi es liberado por los remanentes de la Guardia de la Muerte. Los Mandalorianos comienzan una batalla, el Maestro Sith "Darth Sidious" llega a Mandalore y se enfrenta con Savage Opress y Maul, asesinando al primero y dejando casi muerto al segundo.

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.

La bestia Zillo ha sido trasladada a Coruscant. Se reabre el debate sobre salvar su vida o extinguir la especie para investigar en ella, pero nadie contaba con el poder de la bestia cuando escapa y causa graves desastres en la ciudad. Los Jedi deberán retenerla, aunque Palpatine tiene otros planes para ella.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

De vuelta a Coruscant, Clovis hace un trato dudoso de convertirse en el líder de su clan que está profundamente sumido en la corrupción. Anakin no confía en Clovis, causando tensiones en su relación con Padmé.

Mientras que está en una misión humanitaria al planeta Scipio, el antiguo amor de Padmé Amidala llamado Rush Clovis se pone en contacto con ella para pedirle ayuda. Después de haber hecho una postura en contra de la corrupción en su planeta, Clovis se ha convertido en el blanco del cazarecompensas Embo. Junto con Padmé, ahora trata de salir de su planeta y buscar ayuda.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso. Uno de estos planetas es Naboo, donde el sufrimiento y los disturbios civiles amenazan las relaciones que antes eran amistosas entre la gente de la superficie y los Gungans que habitan bajo el agua. Los rumores de que los Gungans planean ayudar a los separatistas en hacer un ataque a la ciudad de Theed fuerzan a la senadora Padmé Amidala en ir, acompañada del general y maestro Jedi Anakin Skywalker.