Michael Scofield está encarcelado en la Penitenciaría Estatal de Fox River. Encuentra a su hermano, Lincoln Burrows, quien es un prisionero condenado a muerte, y le dice que va a sacarlos a ambos de la prisión.

C-Note escucha a Michael y Lincoln discutir que hay demasiados fugitivos para el tiempo disponible y comparten la información con el grupo diciendo que uno deberá quedarse atrás. T-Bag se siente amenazado y llama a su primo James Bagwell, revelando el plan de escape y pidiéndole a James que llame al Alcaide Pope en caso de que T-Bag no se comunique con él más tarde. Abruzzi le pide a su hombre de confianza que secuestre a James, pero las cosas salen mal y el mafioso mata a James y a su hijo de cinco años, Jimmy. Abruzzi se siente culpable por la muerte del niño y siente la necesidad del perdón de Dios, pero T-Bag traiciona a Abruzzi como Judas. Mientras tanto, Veronica y LJ llevan a Nick al hospital y mientras está en cirugía, LJ escapa para ver el funeral de su madre. Daniel Hale ve al adolescente en el cementerio pero no lo arresta; más tarde le dice a su esposa que deberían mudarse al oeste y hace una llamada anónima a Veronica para programar una reunión en el Highland Cafe. Maricruz le dice a Sucre que está embarazada pero se casará con Héctor. El Capitán Bellick presiona a David para que delate a Michael, informando todo lo que dice. Michael prueba el plan de escape e informa al grupo que están listos para ir esa noche, pero Lincoln es enviado a confinamiento solitario protegiendo a su hermano.

Westmoreland utiliza a Bellick para tapar un agujero en el plan de escape, lo que obliga a Michael a adelantar el cronograma de fuga. Un temeroso Tweener promete lealtad a Michael y, a cambio, puede salir de la cárcel gratis; Michael siente que no tiene más opción que involucrar a Sara en el plan y debe traicionar a su figura paterna; y Veronica ve su vida en peligro por parte de su aliado más cercano, quien tiene una conexión sorprendente con un recluso de Fox River.

El equipo comienza a escapar del agujero en la celda de Scofield.

A medida que la fuga continúa, se pierden vidas y el Papa y Bellick hacen todo lo posible por capturar a los convictos.