Una mujer extraña entra en la comisaría y le da a Sipowicz y Medavoy información sobre una desaparición que ocurrió hace ocho años y dónde puede estar el cuerpo. Mientras tanto, la violencia doméstica en el apartamento de los padres de Russell lleva a una tragedia cuando su padre borracho es encontrado asesinado en su apartamento y su hermano, Doug, afirma haberlo disparado en defensa propia. Pero Simone piensa lo contrario y presiona para obtener la verdad sobre lo que realmente le sucedió al padre de Russell y pronto descubre que la madre simple de Russell de hecho cometió el acto y Doug está tratando de asumir la culpa por lealtad ciega a la familia.

Russell se preocupa por el próximo juicio de un gran jurado contra su madre por el asesinato intencional de su padre. Mientras tanto, Sipowicz y Simone buscan al asesino del hijo de un mafioso, lo cual revela un asunto familiar. El abogado pomposo de un sospechoso en otro caso de asesinato obstaculiza la investigación de Medavoy y Russell, y el comportamiento errático del hijo de la víctima tampoco ayuda mucho. Además, Martinez y Lesniak investigan otro caso de asesinato que podría estar relacionado con el sospechoso de asesinato de Sipowicz y Simone, quien ahora podría estar en una ola de asesinatos.

Simone y Sipowicz tienen otro caso de asesinato en el que encuentran a un profesor de carácter tranquilo decapitado en su apartamento. Mientras tanto, Martinez está ayudando a una ex actriz porno que está recibiendo llamadas telefónicas acosadoras, pero Lesniak no se siente cómoda con la situación. Andy Jr. llega a la ciudad con algunas noticias para Sipowicz, pero no encuentra el momento para decírselo a su padre y finalmente, durante la cena, explica que acaba de ser dado de baja de la Fuerza Aérea y se está uniendo al departamento de policía en Hackensack, Nueva Jersey.

Sipowicz se reúne con un sacerdote para hablar sobre sus problemas y finalmente ve la luz. Después, él, Simone y Russell trabajan juntos para investigar un robo en el que un mecánico de automóviles fue asesinado a tiros. Tras la captura de un sospechoso herido, los detectives también arrestan al hermano menor del sospechoso que se niega a hacer una declaración en contra de su hermano por lealtad ciega. Mientras tanto, Medavoy busca un nuevo lugar para vivir mientras él, Martinez y Lesniak trabajan en encontrar al sospechoso de un doble asesinato relacionado con drogas. John Irvin reparte avisos de despedida a los empleados cuando anuncia que se está mudando de nuevo a la 1ª Comisaría del centro. Simone y Russell planean un viaje a la playa. Medavoy conoce a Anne McGuire, una nueva detective, mientras trabaja en su caso. En otro lugar, Lucy causa disturbios en el trabajo y Fancy intenta encontrar una forma de trasladarla fuera del edificio. El bebé Theo es bautizado, lo que parece reunir a Sipowicz y Sylvia.

Un exconvicto que Sipowicz metió en prisión hace un año se acerca a él y le habla sobre un prisionero que ha estado cumpliendo una condena por un crimen que no cometió, y él y Simone deciden reabrir el caso. Mientras tanto, Martinez gana las elecciones por solo tres votos, lo que molesta mucho a Gotelli. Simone se encuentra con el detective Nick Savino, quien le ayuda en la investigación del asesinato en su edificio y Savino sospecha que Henry tiene algo que ver con ello. Fancy se hace un empaste dental que lo pone más irritable de lo normal y Medavoy pierde un kilo más que Sipowicz. Además, Russell aún no ha llegado a ninguna conclusión sobre su relación con Simone.

Un activista comunitario afroamericano, llamado Kwasi, con quien Sipowicz había tenido un enfrentamiento previo, es encontrado asesinado en un tiroteo desde un vehículo en movimiento. Simone y Sipowicz investigan, y Sipowicz reaviva la ira de Fancy y la familia de Kwasi por el incidente anterior. Mientras tanto, Martinez y Medavoy investigan un homicidio en una bodega y tienen dificultades para conseguir testigos que colaboren.

Simone and Sipowicz investigate a case where two transvestites witnessed a murder that they say was committed by a 'gay-basher' who's supposed to have been in jail for a previous crime. Meanwhile, Fancy's former foster son is arrested and charged with possession of a kilogram of heroin. He tries to make a deal with Sgt. Ray Kahlins, the "blow hard" from the DEA who worked out of the squad room the previous year, to nab the drug dealers. Medavoy finally asks out Abby Sullivan, the beat cop from the anti-crime unit upstairs. But she turns him down by revealing that she is a lesbian. Elsewhere, Russell gets more deeper involved in her undercover work which puts a strain on her relationship with Simone. But the psycho Jimmy's malevolence puts Russell's life in danger when he puts a drug in her drink.

Mientras busca a Jimmy, quien la drogó y violó la noche anterior, Russell trabaja con Martinez y Medavoy en un caso en el que un hombre con distrofia muscular fue asesinado en una comunidad muy unida. Mientras tanto, Simone y Sipowicz trabajan en otro caso de asesinato que podría haber sido planeado por una pareja casada. Además, Fancy lucha con el Capitán Bass y el conocimiento de que Simone será ascendido a Detective de Primera Clase, y Sipowicz no.

Una mujer entra a la estación para informar que hay un agujero de bala en su pared. Encuentran la pistola en el apartamento de Jimmy Liery y Simone arresta a Jimmy, pero tiene que dejarlo en libertad porque no hay suficientes pruebas para retenerlo. Simone descubre que Russell intentó asustar a Jimmy disparando un tiro sobre su cabeza sin éxito. Simone decide sacar a Jimmy ilegalmente haciendo que caiga en una trampa. Mientras tanto, Sipowicz todavía está enojado con Fancy, quien cree que le impidió ascender. Siguiendo una pista de un joven adolescente fugitivo llamado Marco, Medavoy y Martinez investigan el asesinato de un inquilino de un edificio de apartamentos. Además, el artista Walter Hoyt (del episodio UnAmerican Graffiti) regresa y quiere la ayuda de los detectives para recuperar sus pinturas de algunos mafiosos a los que él es testigo en su contra.

Simone y Sipowicz investigan un asesinato, pero los procedimientos que deben seguir los hacen impopulares en la comisaría cuando podría estar involucrado otro policía. Mientras tanto, Medavoy y Kirkendall investigan el asesinato de una niña donde la única pista es una cinta de video en la que ella aplastaba gusanos. Russell desaparece y eventualmente aparece en el apartamento de Simone, donde ella le recuerda que su padre abusó de ella cuando era niña.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de una mujer cuyo cuerpo fue encontrado desnudo en el maletero de un coche en un desguace, lo que los lleva a un pervertido con predilección por actrices porno parecidas. Mientras tanto, Martinez y Medavoy investigan a un hombre que fue encontrado muerto con un fuerte golpe en la cabeza causado por una máquina de escribir. Simone contrata a Henry para que se encargue de un trabajo de pintura en el edificio de apartamentos, donde Henry entra quejándose de un inquilino difícil. Gina, emocional y físicamente marcada, vuelve a trabajar (con una gran cicatriz vertical en su rostro izquierdo), y Russell está trabajando en sus problemas familiares al reunirse con un consejero.

Simone y Sipowicz investigan un tiroteo que está relacionado con la víctima tratando de abandonar una pandilla callejera. Mientras tanto, Kirkendall y Russell investigan la muerte de un bebé que parece haber sido sacudido hasta la muerte por la niñera. Medavoy y Martinez investigan un asesinato en un garaje donde tienen un sospechoso que parece culpable a pesar de que afirma tener coartada. Esa noche, Medavoy cena con Abby y su amante, Kathy. Además, Simone lleva a Russell al cine y le propone matrimonio nuevamente, y esta vez ella acepta.

Simone and Sipowicz get another case involving the shooting of a rap artist who refuses to cooperate with them in the identification of his assailant. Meanwhile, Abby tells Medavoy that she and Kathy are trying to start a family and asks him to donate his sperm to her so Abby will get pregnant. Officer Szymanski, the racist cop who pulled over Fancy, tells him that he thinks Fancy was one of the ones responsible for his being set-up and caught in the alleged theft of a drug dealer's money. Also, Simone is approached and propositioned by FBI agents to help them with their ongoing investigation into the affairs of mobster Joey Salvo. Elsewhere, the night shift detective, Vince Gotelli, tells Simone and Sipowicz about a heart medical condition of his.

Vince Gotelli, embriagado, es arrestado después de "secuestrar" un autobús de la ciudad y estrellarlo. Fancy se reúne con el jefe del conductor del autobús para llegar a un acuerdo sobre su investigación y sugiere que Gotelli reciba tratamiento médico. Pero se necesita una intervención forzada de Martinez, Medavoy y Russell para convencer a Gotelli de que busque ayuda médica y psiquiátrica, en la cual Gotelli decide renunciar definitivamente a su placa. Mientras tanto, la continua colaboración de Simone con el FBI hace que su vida sea miserable cuando los hombres de Asuntos Internos lo investigan por el número de placa gubernamental del automóvil de Salvo que él consultó, y se frustra al no poder decirles, ni siquiera a Sipowicz, sobre lo que está haciendo. En otro lugar, Sipowicz y Simone investigan la golpiza y el asesinato de una mujer en su apartamento y lidian con el superintendente emocionalmente sensible del edificio, a quien creen que sabe más de lo que les está diciendo.

En los cuatro meses desde el asesinato de Joey Salvo, Simone está trabajando en empleos ocasionales ya que ha sido suspendido por Asuntos Internos mientras se lleva a cabo la investigación, mientras se acerca a Sipowicz preguntándole sobre su y otras provocaciones por parte del FBI, quienes creen que la muerte de Salvo fue un trabajo interno dentro de Asuntos Internos, y el teniente Shannon de Asuntos Internos le dice al teniente Fancy que puede conocer a la persona que mató a Salvo. Mientras tanto, Gina descubre que está embarazada, pero duda en decírselo a Martinez.

Simone regresa a trabajar en la 15ª Comisaría y de inmediato ayuda a Sipowicz con su caso de la muerte por disparos que ocurrió durante un robo en un bar local. Mientras tanto, Martinez y Medavoy vigilan un hotel donde un violador en serie ha estado cometiendo sus crímenes. Gina finalmente acepta la propuesta de James y quiere una boda rápida.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de un hombre en el que la única testigo es una mujer demente, quien corre peligro después de ser secuestrada por el abogado del sospechoso. Mientras tanto, Medavoy y Martinez investigan una serie de robos a taxis que los lleva al hermano de un conductor de taxi pirata. Llega una nueva asistente administrativa llamada Naomi Reynolds para sustituir la ausencia de Gina.

Simone y Sipowicz investigan un allanamiento a un apartamento de gran altura donde la esposa y el bebé son asesinados y el marido resulta herido. Vince Gotelli, ahora ajustador de seguros, les dice a Simone y Sipowicz que el hombre pudo haber simulado el allanamiento para matar a su familia y cobrar un seguro. Mientras tanto, Fancy obtiene algunas pistas sobre un caso de asesinato sin resolver de hace 15 años de un viejo amigo que está muriendo. Además, Russell, Martinez y Medavoy investigan el asesinato de un ejecutivo de una compañía discográfica que no era muy popular entre sus compañeros de trabajo.

Simone y Sipowicz investigan la desaparición de un niño joven, que aparece muerto y el padre señala que un hombre sin hogar mudo llamado Israel podría haber sido el responsable. Pero Sipowicz sospecha que el padre podría ser el verdadero culpable. Mientras tanto, el resto del equipo investiga el asesinato de una niña judía jasídica y tienen que equilibrar la necesidad de su investigación con la necesidad de un entierro rápido.

Sipowicz regresa al trabajo después de su exitosa cirugía de próstata, pero al parecer demasiado pronto, ya que sufre un accidente mientras interroga a un sospechoso. Se le asigna trabajo de escritorio para ayudar a Simone y Russell a investigar el asesinato del novio de una mujer a manos de su exmarido, quien luego se revela que está buscando a su hija, que ha desaparecido mientras estaba bajo el cuidado de su exesposa. Mientras tanto, Simone es llamado por el detective Nick Savino para ayudar a investigar un informe de persona desaparecida presentado por el sobrino de uno de los inquilinos del apartamento de Simone. Basándose en interacciones pasadas entre la mujer desaparecida y Henry Coffield, otro inquilino del edificio, Coffield se convierte en sospechoso. La exasistente administrativa Naomi Reynolds aparece en la estación, ahora vistiendo un uniforme de seguridad privada y hablando con su acento australiano natural, para visitar a Simone, con la esperanza de decirle que su situación con el Servicio de Inmigración se resolvió y ahora está avanzando en su búsqueda de convertirse algún día en oficial de policía de Nueva York.

Simone y Sipowicz trabajan con Cohen para investigar la muerte de uno de los testigos de Cohen y su hijo. Las pruebas apuntan a que el abogado contrario tiene cierta implicación en el arreglo del homicidio. Mientras tanto, Russell y Kirkendall intentan ayudar a un hombre a encontrar a su hija desaparecida. Medavoy y Martinez investigan una corporación que se dedica a la venta de artículos deportivos falsificados, donde Medavoy se siente atraído por las empleadas rubias que le recuerdan a la fallecida Donna. Además, cuando Sipowicz piensa en sus problemas sexuales, su médico le receta la maravillosa droga Viagra. En medio de todos los casos, Simone y Russell deciden casarse durante su hora de almuerzo, pero sus casos se interponen en todo eso.

El hijo de Kirkendall es testigo del asesinato de un empleado de una tienda de conveniencia. Medavoy y Martinez investigan la muerte de un hombre sin hogar.

John Irvin teme lo peor cuando Dolores desaparece. Los detectives buscan un cuerpo cuando un hombre mentalmente enfermo confiesa haber violado y asesinado a la hija de su novia. Dos hermanos llevan a cabo su propia investigación cuando su hermano es asesinado.

Mike Roberts es encontrado muerto. John revela una conexión entre Roberts y Cullinan, quien estaba con Dolores cuando murió. Mike dejó atrás unas memorias detallando parte de su trabajo. Jill se infiltra como una prostituta adicta a las drogas.

Dornan causa problemas en una reunión de Alcohólicos Anónimos y Andy le pide al Teniente que hable con él. El padre de Dolores acusa al escuadrón de ocultarle información sobre el asesinato de su hija. Jill se separa de Cohen.

ADA Costas se prepara para el juicio contra Cullinan y elige a Sorenson para testificar en lugar de su esposo. Un hombre es asesinado a tiros en su apartamento y la historia de su esposa sobre latinos buscando drogas no tiene sentido.

Las tensiones aumentan a medida que se acerca el juicio de Cullinan. Mike Shannon presenta un problema a Sorenson. Danny besa a Diane. Hay un tiroteo en el juzgado.

Los detectives investigan un homicidio múltiple en un restaurante de comida rápida; un adicto entrega a su hija de 5 años y medio como garantía a un traficante de drogas por un préstamo vencido; Asuntos Internos reabre el caso de Kirkendall.

Danny se despierta en la cama de Diane. Andy y Katie obtienen los resultados de los exámenes de Theo. Un antiguo colega de Bobby se comunica con Diane desde la prisión. El equipo investiga una serie de tiroteos de taxistas.

El profesor David Lewis entra en la sala del escuadrón para hablar sobre Cindy Clifton y un grupo de apoyo que él dirigió del que ella formaba parte. Sipowicz y Clark lo dejan ir, pero envían parte de su chicle abandonado para hacer pruebas de ADN. Jones va a la corte, ya que es el día en que Michael va a testificar contra su padre. Ortiz y Ronson van a la escena donde el turista Ned Applebaum fue asaltado y perdió el collar de $35,000 de su esposa. Ortiz y Ronson finalmente descubren que Ned conoció a una amiga por Internet y iba a encontrarse con ella en Little Italy cuando fue asaltado. Iba a prestarle el collar para que lo usara como garantía para un préstamo para su hijo enfermo. Los detectives obtienen el número de apartado postal donde Applebaum había enviado regalos anteriores a su amiga. Ortiz y Ronson van al apartamento del dueño del apartado postal. Él es un operador de bolsa / estafador que descubren que se aprovechó de Ned Applebaum. Recuperan el collar y Ned es perdonado por su esposa. Más tarde, Gibson le dice a Sipowicz y Clark que encontraron muerto a David Lewis en su apartamento. Van a la escena e intentan determinar si la muerte fue un suicidio o no. Sipowicz trata de decidir cómo proceder con la investigación de la muerte de Lewis; tanto él como Clark creen que Brockhurst podría estar involucrado. Clark recibe una llamada sobre la Dra. Jennifer Devlin y va al hospital. El doctor le dice que necesita permanecer restringida por ahora, pero se le permite verla siempre y cuando no afloje sus restricciones. Sipowicz encuentra a Brockhurst y le cuenta su teoría de que mató a David Lewis. Brockhurst no admite nada, pero le dice a Sipowicz que podrá dormir tranquilo esta noche ahora que el caso está cerrado.

Sipowicz investiga un asesinato que implica al esposo actual y al exesposo de la víctima; un informante de mucho tiempo le da información a Ronson sobre un envío ilegal de armas, pero el padre del sospechoso está siendo seguido por el FBI; Jones se pelea con Craig después de que es absuelto de cargos de asesinato; y Sipowicz es el orgulloso padre de un niño.