Los chicos se despiden del colegio para entrar en el mundo universitario, en el que no faltan los amores, los escándalos y, por supuesto, los secretos. Jenny es la única que sigue en el instituto, por fin ha conseguido su objetivo: convertirse en la ‘Abeja reina’… o lo que es lo mismo… ser la más popular. Blair y Chuck siguen locamente enamorados y rompiendo todas las reglas para que su relación no caiga en el aburrimiento. Serena ha regresado de su viaje por Europa con una legión de paparazzi a sus espaldas, sin tener muy claro qué hacer con su vida y con una relación cada vez más complicada con Carter. Nate también vuelve del verano con noticias impactantes y una atractiva y misteriosa morena a su lado. Mientras, Dan se ha adaptado más rápidamente de lo que esperaba a su nueva vida de millonario. Blair y Chuck siguen perdidamente enamorados mientras experimentan y rompen todas las reglas de una relación normal.

Blair, decidida a mantener su estatus como Abeja Reina en la facultad, se embarca en su primer día en la NYU (Universidad de Nueva York), junto con Dan y Vanessa. Desafortunadamente, Georgina resulta ser la compañera de cuarto de Blair en la residencia, y está decidida a hacer de Blair una marginada social. Cuando Serena se prepara para su marcha a Brown, ella y Chuck tienen una gran pelea, así que ella recluta a un enemigo de Chuck, Carter que la ayudará a desquitarse. Mientras tanto, Nate y Bree deciden llevar su relación más lejos, aun sabiendo que eso puede provocar tensiones entre sus familias, ya que son rivales políticos.

Los problemas surgen entre Chuck y Blair cuando ambos se interesan por el mismo ítem de Sotheby. Entre tanto, Serena sospecha que Carter haya regresado a sus viejos hábitos, mientras que Georgina se interesa por Dan y Vanessa supone que hay algo raro con Scott.

Es el primer día de Jenny en Constance Billard, lo que significa que es el primer día de su reinado, pero Blair es llamada al Instituto y no permitirá que nadie le robe el protagonismo. Lily por su parte al regresar a casa encuentra que todo ha cambiado. ¿Pondrá todo en su lugar? Olivia Burke, famosa actriz de cine interpretada por Hilary Duf será la nueva compañera de cuarto de Vanessa.

Llega el gran día de la boda de Lily y Rufus, pero alguien hará todo lo posible para que esto no ocurra. Chuck revela el secreto de Carter. Georgina convence a Dan y a Vanessa para que participen en una de sus trampas y Blair sospecha que hay algo que no está bien con Bree y comparte su preocupación con Nate.

Vanessa está desesperada por conseguir la aprobación de su madre, por lo que hace equipo con Blair para poder dar el brindis de bienvenida en la universidad. Lo que Vanessa no se imagina es el precio que tendrá que pagar por ese pequeño favor. Por su parte, Dan lleva a Olivia a casa para que conozca a Lily y a Rufus, situación que genera una gran cantidad de nuevos problemas.

El músico Albert Hammond Jr actuará en el gran evento de apertura del nuevo hotel de Chuck Bass, acontecimiento que le ocasionará algunos problemitas con Blair. Por otra parte, Dan se llena de inseguridades al ver un antiguo video sexual de Olivia y su novio de entonces, Patrick Robinson. ¿Qué tanto verá Dan? Y como si fuera poco, Jenny se verá forzada a elegir entre Eric y su nuevo estatus de reina, lo que por supuesto provocará que surjan muchos problemas entre ambos. Un capítulo de conflictos.

Luego de otra pelea con Serena, Blair consigue una nueva amiga y la lleva a la noche de la elección en el hotel de Chuck sólo para hacer que Serena se ponga celosa. Además, en el programa de Jimmy Fallon, Olivia dice algo de lo que luego se arrepiente e intenta escondérselo a Dan. ¿Será descubierta? Por otra parte, con las elecciones cerca, Nate teme que su abuelo haga todo lo posible por colocar a Trip en el Congreso.

Jenny quiere ser la Reina absoluta no sólo del instituto, sino de todo el upper east side de Manhattan. Dan y Vanessa intentarán convencer a Olivia de que se quede en Nueva York al tratar de enseñarle la "verdadera experiencia universitaria".

Blair recurre a la cantante Lady Gaga para impresionar a los chicos de NYU. Además, Dan y Olivia se inscriben para escribir y ser estrellas en una obra de la escuela, basada en una idea de Blair y dirigida por Vanessa. Por otra parte, Serena busca a Nate para que la ayude a salir de una difícil situación. Y como no podía faltar, Chuck le pide un favor a Jenny quien acepta salir con Damien el hijo de un embajador que se está hospedando en el hotel de Chuck, al parecer la experiencia será más allá de los que ambos imaginaban.

El Upper East Side recibe mucho drama con motivo de las festividades de Acción de Gracias. Para comenzar, Blair sospecha que su madre le ha estado ocultando un gran secreto, que resulta ser algo completamente distinto. Por otra parte, Vanessa se peleará con sus padres en ese día tan importante y terminará en casa de los Humphreys. Sin embargo, ella no es la única en problemas, ya que Serena se ve en una posición incomoda cuando su madre invita a Trip y a Maureen a la cena. Para completar el drama de Acción de Gracias: Rufus se entera de que Lily le ha estado mintiendo acerca de su madre. Chuck cuenta a Nate que tiene información muy dañina sobre uno de sus amigos y por último y no menos importante, Jenny descubre que Eric estuvo detrás de su vergüenza pública en el cotillón.

En el aniversario de la muerte de Bart Bass, Chuck tendrá que lidiar con algunos problemas del pasado y un nuevo accidente de tránsito conmociona el upper east side. Más delante Dan y Vanessa intentarán mantener su complicada amistad, sin importar a qué costo. Para finalizar, Jenny es acusada de golpear a un compañero de clases y Erick deberá decidir a quién creerle.

Nate y Serena exploran los matices de su amistad. Blair se preocupa por Chuck, pues este no parece quitarse de la cabeza a la mujer que vio ante la tumba de su padre. Jenny y Damien van juntos a una importante cena. Rufus llega de viaje e intenta no cruzarse con Lily.

Chuck descubre más cosas sobre la mujer que puede, o no, ser su madre. Dan y Vanessa luchan contra lo inadecuado de quedar con otra gente. Además, crecen en Rufus y Lily las sospechas de una relación entre Jenny y Damien.

Jenny se plantea pasar al siguiente nivel de su relación con Damian, y Nate y Serena difieren en cómo manejar la situación. Mientras tanto, una falsa demanda amenaza con cerrar el hotel de Chuck, y él sospecha que su tío, Jack Bass está detrás de todo. Chuck duda si su madre puede no ser quien dice ser. Además, Dan y Vanessa intentan definir las distintas "partes" de su relación, y Lily y Rufus intentan confiar el uno en el otro.

Chuck, una vez más, se encuentra en desacuerdo con su tío Jack Bass. Eleanor deja a Blair a cargo de asegurarse que su último desfile de moda con un cliente importante sea un gran éxito. Rufus intenta que Jenny ayude a Eleanor como voluntaria en el desfile de moda, pero todo se tuerce cuando descubre que Agnes será una de las modelos.

Chuck y Blair tienen que tomar la decisión más difícil a la que se han enfrentado como pareja. Serena prepara una fiesta sorpresa de cumpleaños para Nate, pero Jenny hace todo lo posible para sabotear todos sus planes. Mientras tanto, la nueva relación de Dan y Vanessa se encuentra con un bache en el camino.

Chuck se ofrece a organizar una boda para una muy embarazada Dorota que insiste en que ella y Vanya deben casarse antes de que sus padres lleguen de Polonia y encuentren a su hija embarazada y sin marido. Dorota le pide a Blair y a Chuck que participen en la ceremonia y caminen con ella hasta el altar. Serena le dice a Nate que está desayunando con los Humphreys cuando en realidad ha quedado con Carter Baizen. Además, Rufus descubre que Lily le ha estado mintiendo sobre su paradero.

Tras toda una temporada intentando localizarle, la rubia más famosa del Upper East Side cumple finalmente su sueño: su padre está en la ciudad y por fin puede verle cara a cara. ¿Pero qué hace el Dr. William van der Woodsen en Manhattan? ¿Tendrá algo que ver con Lily, la madre de Serena? ¿Cómo afectará este inesperado regreso a Rufus, el nuevo marido de Lily? Sin duda, la llegada de este nuevo personaje está a punto de cambiar las vidas de nuestros protagonistas… Mientras, Jenny sigue haciendo todo lo posible para que Nate rompa con Serena y Dan se lleva una desagradable sorpresa cuando descubre quién le ha “robado” su plaza en el curso de escritura.

La vuelta de Will al Upper East Side continua causando problemas a Serena, Lyly y a su gran rival, Rufus. La relación entre Serena y Jenny se torna tensa como resultado del engaño de Jenny. Blair pasa algo de tiempo en el campus de Columbia y se da cuenta de a dónde pertenece realmente. Y Dan descubre que Vanessa le está ocultando algo.

Cuando las cosas se ponen tensas entre Rufus y Will, Serena decide apoyar a su padre, haciendo sentir a Rufus un extraño dentro de su propia familia. Mientras tanto, Jenny le da a Will información que puede acabar de destruir el matrimonio entre Lily y Rufus. Y, después de muchos intentos fallidos, Chuck hace un último gran gesto para reconciliarse con Blair, esperando que finalmente acepte el hecho de que están destinados a estar juntos.

Blair debe decidir si se debe encontrarse con Chuck en la parte superior del Empire State Building o arriesgarse a perder un futuro juntos. Una bomba de Gossip Girl sobre Dan hace explotar la relación entre Serena y Nate. Dorota y Vanya tienen a su bebé. Jenny toca fondo. Georgina regresa al Upper East Side ... y tiene una agenda.