La Galactica y las otras naves restantes, con alrededor de 50,000 personas a bordo, están siendo perseguidas por los Cylons. Se ven obligados a saltar al hiperespacio cada 33 minutos. De alguna manera, los Cylons saben hacia dónde van y aparecen exactamente 33 minutos después de que la Galactica llega. La tripulación no ha dormido en más de 130 horas y todos están exhaustos. Se alegran cuando finalmente dan un salto y los Cylons no aparecen en el minuto 33. También son propensos a cometer errores y se dan cuenta de que han dejado atrás una nave, la Olympic Carrier, con 1300 pasajeros a bordo. Cuando la nave se reincorpora a la flota unas horas después, los Cylons vuelven a llegar 33 minutos después, lo que lleva a Adama a concluir que hay espías Cylons a bordo. La Presidenta Roslin ahora se enfrenta a una decisión importante. La identidad del Cylon a bordo de la Galactica es revelada.

La Presidenta Roslin llega a la Galactica mientras el lado Cylon de Boomer se afirma, obligándola a sabotear el suministro de agua de la Galactica en contra de su voluntad. Una serie de explosiones provoca la pérdida del 60% de las reservas de agua y el Comandante Adama se ve obligado a implementar racionamiento y comenzar una búsqueda en los sistemas planetarios cercanos en busca de depósitos de H20.

Decidiendo utilizar a los mil prisioneros a bordo de una nave de transporte de prisioneros para extraer hielo en el planeta que han encontrado, los planes de Galactica se ven alterados cuando un prisionero político a bordo lidera un levantamiento, tomando rehenes. Cuestiona la legitimidad del gobierno de Roslin y exige que se realicen elecciones libres en la flota.

Hay una fiesta en la cubierta de vuelo de Galactica, ya que Flat-Top acaba de realizar su milésimo aterrizaje. Sin embargo, algo sale terriblemente mal cuando un dron explota accidentalmente en un grupo de pilotos. 13 están muertos. Durante la ceremonia, Kara Thrace comienza a pensar en su difunto prometido Zak Adama. Y esos recuerdos se vuelven aún más claros cuando Adama le ordena que comience a entrenar nuevos pilotos. Ella parece muy incómoda al hacerlo. El favor que hizo por Zak al dejarlo pasar el vuelo básico parece molestarla cada vez más. Enfurecida, deja de entrenar pilotos después de solo un día. Mientras tanto, en la Caprica ocupada por los Cylon, Helo y Cylon-Sharon encuentran un refugio antiaéreo en un restaurante. Parece ser un buen lugar para quedarse por un tiempo. Hay comida, agua y medicamentos contra la radiación en abundancia.

Starbuck ha sido derribada sobre una luna estéril y debe ser rescatada antes de que se quede sin oxígeno. Adama se obsesiona con tratar de salvarla incluso cuando toda esperanza parece perdida, poniendo en riesgo a la flota. Mientras tanto, Starbuck encuentra el Cylon Raider que derribó e intenta aprender a volarlo para poder escapar.

Un Cylon humanoid se ata explosivos y comete un atentado suicida en un pasillo lleno de gente en la Galáctica. Roslin y Adama se ven obligados a revelar públicamente que los Cylons ahora tienen modelos que se parecen a los humanos, y una ola de paranoia se extiende por la flota mientras todos comienzan a ser sospechosos de ser un Cylon.

Después de que Baltar tiene una discusión con la visión de Number Six que ve en su cabeza, una copia física del modelo Cylon Number Six aparece en el CIC de la Galactica afirmando ser una mujer llamada Shelley Godfrey, quien tiene pruebas que demuestran que Baltar ha traicionado a la humanidad... excepto que ella está tratando de incriminarlo por un acto de sabotaje previo al ataque.

Un Cylon humanoide es capturado en la flota, una copia del modelo Leoben, quien afirma haber plantado una bomba nuclear en la Flota antes de ser capturado. Starbuck es asignada para interrogarlo, lo cual pronto se convierte en una batalla de voluntades ya que Starbuck tiene a sus marines torturando al Cylon para intentar quebrantarlo.

Después de que el Cylon interrogado le dio a Roslin la idea de que Adama podría ser un Cylon, Roslin se vuelve sospechosa de él. Inesperadamente, la esposa separada del Coronel Tigh, Ellen, aparece viva en la flota, aparentemente de manera milagrosa, planteando la posibilidad de que ella pueda ser un Cylon.

La flota se está quedando sin combustible de tylium y pronto no tendrá suficiente para seguir huyendo de los Cylons, cuando encuentran un asteroide con varios años de suministro de mineral de tylium... desafortunadamente, los Cylons ya han construido una base minera en él.

La Presidenta Roslin ha reconstruido un nuevo Quórum de Doce, el poder legislativo del gobierno, pero el líder terrorista/disidente político Tom Zarek es elegido como miembro, y de inmediato propone que el Quórum vote para nombrar a un nuevo Vicepresidente, y se postula para el cargo.

Galactica se encuentra con Kobol, el mundo natal perdido de la humanidad del que se dice que las 13 Tribus provienen, y que supuestamente contiene las únicas pistas sobre la ubicación de la Tierra. Roslin convence a Starbuck de robar el raider Cylon capturado y regresar a Caprica ocupada por los Cylon para recuperar un artefacto religioso que desbloqueará los secretos en Kobol.

Furioso porque Roslin usurpó su comando al ordenar a Starbuck que robara el Raider capturado, Adama decide que su única opción es asaltar Colonial One con marines y terminar con su presidencia. Starbuck llega a Caprica y encuentra la Flecha de Apolo en un museo, pero tiene que enfrentarse a una copia de Número Seis para obtenerla.