El plan de Michael para escapar ha fracasado. Mientras Lincoln está atado a la silla eléctrica, ve un rostro extrañamente familiar en la multitud. ¿Hay alguna última esperanza para salvar la vida de Lincoln, o ha llegado su viaje a su fin?

Los flashbacks proporcionan exposición sobre cómo los reclusos llegaron a la Penitenciaría de Fox River, desde la incriminación de Lincoln por parte de The Company hasta la creación del plan de Michael para salvar la vida de su hermano.

Improvisando un nuevo plan, Michael busca a un conocido que podría tener la clave para su plan de escape. En la población general, los otros miembros del equipo de P.I. descubren que los guardias están subastando la celda de Michael al mejor postor. Lincoln y Sucre idean un plan para lograr que Michael regrese a la población general. Veronica informa a Lincoln que L.J será juzgado por el asesinato de su madre, y Lincoln desea ver a su hijo.

Después del accidente, Kellerman intenta asfixiar a Lincoln, pero es salvado en el último momento por un desconocido. Sucre sale del confinamiento solitario y Michael les dice a sus compañeros que ha completado el mapa, pero necesita la llave de la enfermería. Abruzzi regresa a Fox River, aparentemente convertido en un hombre religioso. El director Pope envía al Capitán Bellick a buscar a Lincoln antes de notificar a las autoridades. Nick intenta convencer a Veronica de que están perdiendo tiempo revisando las llamadas del teléfono celular de Quinn. Michael besa a Sara y le pide que espere por él. Tweener tiene problemas con Avocado y castra al abusador. Lincoln ve que el desconocido es en realidad su padre, y este le explica que trabajaba para una poderosa compañía y que Lincoln es víctima de una gran conspiración en su contra. Había filtrado información de EcoField y lo utilizaron a él para obligarlo a presentarse. Michael pide ayuda a Nika. Veronica encuentra muchas llamadas de Montana en el teléfono de Quinn. El Vicepresidente le dice a su hermano que está vivo solo gracias a ella, y él responde que no entiende cómo no la han matado aún. Abruzzi se encuentra con T-Bag y le pide que olvide todo, y hacen una tregua. Nika busca a Sara y le cuenta sobre su vida y cómo Michael la ayudó, pero en realidad roba la llave de Sara. Un chico ve el Mustang en un desguace donde Aldo y Lincoln están escondidos, pero Kellerman intercepta la conversación y se dirige al lugar. Sin embargo, la policía llega y el Capitán Bellick arresta a Lincoln, salvándolo de Kellerman. Sara busca su llave y recuerda su encuentro con Nika Volek; llama al servicio de mantenimiento para reemplazar la cerradura. Nick trabaja para Abruzzi. Michael invita a David y este traiciona el plan al Capitán Bellick. Lincoln regresa a Fox River bajo vigilancia las 24 horas del día.

Westmoreland utiliza a Bellick para tapar un agujero en el plan de escape, lo que obliga a Michael a adelantar el cronograma de fuga. Un temeroso Tweener promete lealtad a Michael y, a cambio, puede salir de la cárcel gratis; Michael siente que no tiene más opción que involucrar a Sara en el plan y debe traicionar a su figura paterna; y Veronica ve su vida en peligro por parte de su aliado más cercano, quien tiene una conexión sorprendente con un recluso de Fox River.

El equipo comienza a escapar del agujero en la celda de Scofield.

A medida que la fuga continúa, se pierden vidas y el Papa y Bellick hacen todo lo posible por capturar a los convictos.

Con hospitales y clínicas bajo vigilancia, Michael lleva a Lincoln a la casa de Nika para que sane su pierna herida. Luego regresa al lugar donde estacionó su Accord y descubre que el auto ha sido remolcado. Mientras tanto, el agente Mahone recupera la mochila de Michael con su pasaporte de un vagabundo que rompió la ventana trasera del auto de Michael para robar la mochila. Michael va al depósito de Brewster Towing para recuperar su auto. Mientras tanto, Sucre descubre que Maricruz se casará con Héctor en un par de días y se dirige a Nueva York en un auto robado. Sara es arrestada y su padre la visita, paga su fianza y le ordena que cuente una versión falsa sobre el incidente en Fox River, ya que él será el próximo Vicepresidente de los Estados Unidos. Más tarde, ella va a rehabilitación donde Kellerman finge ser un paciente adicto. C-Note programa una reunión con su esposa, pero su conversación es interceptada por el agente Mahone. Bellick y Geary se encuentran por casualidad y luego se unen para obtener la recompensa de $400,000 por capturar a Michael y Lincoln. Van a Fox River y Bellick interroga a Manche Sanchez, quien revela el plan de los fugitivos. Michael y Lincoln simulan un accidente automovilístico para escapar de Mahone, pero no se dan cuenta de que Bellick y Geary los siguen de cerca.

El Capitán Brad Bellick entra a la oficina del FBI exigiendo que Mahone le pague. Michael y sus compañeros están impresionados con las grabaciones en el dispositivo, pero solo ayudará si los contactos de Kellerman en Washington lo usan adecuadamente, en particular el alto funcionario de Justicia, Cooper Green, quien acepta reunirse y cooperar, pero es seguido por hombres de Kim. Linc llama a su hijo L.J., quien se niega a renunciar a su vida relativamente normal hasta nuevo aviso. Sarah se encuentra con Bruce Bennett. Bellick intenta sobornar al primo encarcelado de Sucre para que revele su paradero en México. T-Bag encuentra al terapeuta Dr. Stammel, quien se parece a él, y lo asesina para robar su identidad. Mahone recibe la orden de deshacerse de C-note de una vez por todas cuando Kim cree que tiene a Scofield; promete seguir cuidando de la familia de C-note, pero solo si utiliza el contenido de un paquete que enviará a su celda: una soga. Sarah llega demasiado tarde para llamar a Linc, el verdadero Cooper Green está en su oficina, pero Michael engaña al falso, quien fingía tener asma, justo a tiempo y lo derriba. Paul Kellerman visita a su hermana Kristine. Fernando Sucre está en el cielo en la cama con Maricruz Delgado cuando su bebé patea. El verdadero Cooper Green podría ayudar con la cinta, pero luego descubre que el dispositivo de memoria tiene la fecha de copia, no la fecha de grabación, sin la cual no es admisible como prueba, solo para chantajear al presidente para que firme un indulto.