Mientras Booth y Bones dan el siguiente paso en sus vidas, los demás miembros del Jeffersonian están adaptándose al cambio. Aubrey está asumiendo su nuevo papel en el FBI y emocionado por su próximo caso.

A medida que Aubrey y Miller investigan más sobre el paradero de Booth y sus intenciones, nuevas pruebas salen a la luz sugiriendo que se trata de un trabajo interno.

Booth and Brennan return to their old jobs and work on the case of a man whose organs had been harvested and sold. Meanwhile, Cam struggles with choosing work over her relationship with Arastoo and Hodgins encourages Angela to showcase her photography.

Brennan solicita ayuda en la investigación sobre la muerte de un agente de bienes raíces.

The grisly discovery of human remains leads Brennan and Booth on a hunt for clues, during which they cross paths with Ichabod Crane and Abbie Mills, who are looking for answers of their own.

El equipo corre contra el reloj para descubrir quién asesinó a un senador de Estados Unidos de Virginia antes de una conferencia de prensa vital que podría promocionar al asesino.

An escape artist's corpse is found in the woods; Booth and Brennan try to decide if the tooth fairy should visit Christine; Angela works on her photography with Sebastian Kohl (Gil Darnell).

Un periodista político es encontrado muerto después de escribir un artículo que expone la corrupción en la NSA, y Hodgins se vuelve paranoico cuando está convencido de que su investigación está siendo vigilada de cerca. Mientras tanto, el equipo se reúne para Acción de Gracias.

Para resolver un asesinato, Brennan y Booth se infiltran en una competencia de tiro al estilo del Viejo Oeste, mientras Angela y Hodgins discuten el futuro de su familia y Cam se acerca al fotógrafo Sebastian Kohl.

Aubrey y Hodgins resultan heridos en una explosión. El equipo se esfuerza al máximo para encontrar al asesino de un policía. Arastoo le pide a Cam que vuelva con él. Hodgins tiene complicaciones con su lesión.

Han pasado 8 semanas desde la explosión que dejó a Hodgins paralizado. Está haciendo sus ejercicios, pero no está seguro de estar bien con pasar el resto de su vida en una silla de ruedas.

The team investigates the death of a member of a meninist group. Hodgins is handling his situation badly, and the others try to help.

Christine está teniendo pesadillas sobre un monstruo en su armario. Mientras tanto, el equipo está investigando la muerte de una mujer. El asesinato parece estar conectado con una víctima anterior, que aún no ha sido identificada.

Un sospechoso en el asesinato de un delincuente convicto tiene vínculos con Booth; Brennan declara ante el FBI sobre un sospechoso no identificado en su agresión en un caso anterior.

El equipo investiga el asesinato de un "solucionador" de alto perfil. Hodgins está tratando de arreglar las cosas con Angela mientras que Aubrey ha descubierto una verdad impactante sobre el paradero de su padre.

When the lead singer of a college acapella group dies, the team must question members of the group and some female competitors; Aubrey's college experience is revealed while Booth tried to plan a trip with Parker; a new intern is brought to the lab.

Un estudiante universitario borracho descubre el cuerpo sin vida de un agente del Servicio Secreto justo antes de una visita presidencial a la zona. Booth está listo para ponerse en marcha y recurre al agente del Servicio Secreto y antiguo colega Brandt Walker en busca de información, pero se sorprende al descubrir que el Servicio Secreto tiene reservas sobre la participación de Booth en el caso. El equipo descubre algunas pruebas impactantes que aumentan la gravedad del caso, lo que hace que Booth se ponga al servicio de su país. Mientras tanto, Brennan está enferma con gripe y el antiguo interno Dr. Colin Fisher regresa a la Jeffersonian para liderar el caso, pero Brennan se niega a quedarse al margen. Además, Hodgins pone su vida en peligro y da un giro tras un experimento potencialmente peligroso.

Un equipo de televisión sigue al equipo del laboratorio médico-legal durante varios días, documentando la relación entre el Instituto Jeffersonian y el FBI. Siguen un caso de asesinato de hace diez años de un niño enterrado en un vertedero.

Bones y Booth investigan la muerte de un jugador profesional de hockey cuyo cadáver sin cabeza fue arrojado en un río. Booth se reencuentra con un rival de hockey de su pasado, volviendo a la pista de hielo. Mientras tanto, Hodgins y Oliver tienen una competencia propia cuando Hodgins construye dos drones y compiten para recuperar la cabeza del fallecido que falta.

Los restos de un explorador multimillonario son encontrados diez años después de su desaparición y el Dr. Clark Edison se convierte en sospechoso ya que formaba parte de la expedición. Mientras tanto, Cam discute con su hermana cuando viene a ayudar con los planes de su boda.

El equipo investiga un cuerpo encontrado en una planta de reciclaje de vidrio con un diamante incrustado en su mandíbula. El inspector francés Rousseau se acerca al equipo con una acusación contra el Marqués De Chaussin, quien resulta ser el esposo de la víctima y vive en Virginia. Mientras tanto, Booth descubre que sufre de una enfermedad ocular temporal, y Hodgins cree que está siendo seguido por un fantasma.

El equipo intenta encontrar al Titiritero, un asesino en serie del pasado, que convive con los cuerpos de sus víctimas antes de deshacerse de ellos; Brennan lucha con la culpa de no haber detenido al asesino antes.