Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

La abuela de Weevil es detenida acusada de fraude con tarjeta de crédito. Veronica y Wallace se disponen a averiguar la verdad y a limpiar el nombre de la abuela. Mientras tanto, después de la clase de periodismo de la señorita Dent, Veronica se muestra intrigada por la atención que le muestra otro estudiante, Troy Vandegraff, amigo de Duncan. Por otro lado, Veronica descubre que a Lilly le pusieron una multa el día que murió, dos horas después de la supuesta hora de la muerte.

Aumenta la tensión entre los 09 y los PCH debido a las elecciones escolares. Veronica apoya a Wanda, una estudiante del grupo de no ricos del insituto de Neptune. Pero las elecciones parecen amañadas cuando sale vencedor Duncan Kane, exnovio de Veronica y hermano de la fallecida Lilly Kane. Por otro lado Logan se ve enfrentado a su padre debido a su mala conducta.

La vecina de arriba de Verónica mantiene lo que aparentemente parece ser una inestable relación son su novio del que Verónica empieza a sospechar cuando su embarazada vecina desaparece misteriosamente. Keith ayudará a su hija investigando este caso. Mientras tanto Logan y Weevilson castigados y empiezan a descubrir que tienen algunas cosas en común que ni se podía imaginar. Investigando el asesinato de Lilly, Verónica descubrirá una vieja relación entre su madre y Jake Kane.

Un test de pureza enviado a los alumnos del Instituto Neptune lleva a muchos de estos a ser avergonzados y humillados. Para solucionar esta situación y averiguar quién es el responsable de esto, Veronica requerirá la ayuda de Mac, una compañera experta en informática. Al mismo tiempo Keith ayuda a la madre de Wallace con un inquilino molesto.

Después de montar un buen negocio ayudando a sus compañeros de clase a desvelar trapos sucios de sus padres, Veronica desvela un enorme secreto acerca de su amiga Mac lo que hace que se cuestione si es mejor que cierta información sea desconocida. Mientras tanto, Keith debe formar equipo con el sheriff Lamb para seguir la pista a un asesino en serie.

Veronica se vuelve el objetivo de una sociedad secreta del Instituto Neptune que comienza a ponerla en apuros. Mientras tanto, Veronica recaba nueva informacion acerca del asesinato de Lilly al escuchar conversaciones privadas y Aaron Echols comienza a interesarse sobre la vida de su mujer.

A punto de resolver finalmente el caso del asesinato de Lilly Kane, Veronica debe traicionar a Logan después de que Beaver, que estuvo junto a Logan y Dick en Méjico el día de la muerte de Lilly, le haga una importante confesión sobre qué hizo con Logan aquél día. Por otra parte, Keith visita a un amigo de un periódico para que publique un artículo sobre la inocencia de Abel Koontz. Cheyenne, la prostituta con la que Abel estuvo a la hora de la muerte de Lilly, finalmente acepta ayudar a Keith en el caso. El artículo es publicado al día siguiente. Al ver este artículo, Duncan exige a sus padres que le digan qué es lo que pasó realmente aquel fatídico día en el que murió su hermana. Mientras tanto, Keith recibe los resultados de las pruebas del test de paternidad que hizo días atrás. Los Kane organizan la recepción del gobernador en su casa. Veronica se debe camuflar para entrar en casa de los Kane y buscar las pruebas en las que debería encontrar la solución al caso. Con la ayuda de Duncan, encuentran unas cintas de vídeo muy importantes. En un final apasionante, en el que la vida de Veronica corre peligro, se descubre la identidad del verdadero asesino de Lilly y se da por finalizado el caso Lilly Kane.

Sorprendentemente, una persona ha sobrevivido al accidente de autobús. Veronica tiene sentimientos encontrados, ya que se siente culpable de que Meg se encuentre en coma, pero alegría por seguir viva. El sheriff Lamb investiga el caso del accidente de autobús. Su principal vía de investigación es el conductor del autobús, Ed Doyle, un hombre casado y con 2 hijos. Resulta que Ed no tomaba la medicación que tenía recetada y podría ser un suicidio. Jessie, la hija de Doyle, va en busca de Veronica para que la ayude y demuestre que su padre no se suicidó, ya que, si es así, la aseguradora no les dará el dinero que deberían recibir. Por otra parte, una alumna nueva, Jackie, llega a la clase de Wallace, que queda totalmente prendado. Se presenta voluntario para acompañarla a secretaría y así poder acercarse a ella. Más tarde, alguien ha chocado con el Porsche del padre de Jackie y le ha dejado una nota en la que se mofa. Wallace se ocupa de buscar a la persona culpable. Además, Woody Goodman, el candidato a alcalde de Neptune, le pide a Keith que se presente a las elecciones para sheriff.

Beaver pide a Verónica que le ayude a investigar a su madrastra, Kendall, ya que piensa que está engañando a su padre. Pero esta ibvestigación desvelará secretos que nadie imaginaba. Por su lado, Wallace comienza a salir con la nueva alumna, aunque sabe que a Verónica no le hace mucha gracia.

Verónica ayuda a Jackie a buscar su tarjeta de crédito robada, a pesar de las diferencias entre ellas. Wallace, por su parte, descubrirá algo que no sabía sobre su familia.

Un señor muy mayor contrata a Verónica para encontrar a su hija antes de que sea tarde. Además, Logan será detenido al aparecer un nuevo testigo en el caso del suceso del puente.

El día de Veronica va de mal empeor cuando debe hacer de jurado en un caso dónde hay dos 09ers implicados y una mujer hispana, pero descubre que Neptune está más dividido de lo que ella creía. Mientras tanto, Keith ayuda a Lamb a localizar las cintas sexuales perdidas, una prueba básica en el juicio de Aaron Echolls.

Duncan desaparece con el bebé de Meg. Lamb debe cooperar con dos agentes del FBI que tratan de sacar información a Veronica. Wallace confiesa la razón real por la que ha vuelto a Neptune..

Veronica investiga el hackeo de la web de los estudiantes gays del instituto, quienes son chantajeados. pero encuentra dificultades ya que las victimas quieren permanecer anónimas. Mientras, Hana descubre las intenciones reales de Logan y Keith cree que ha encontrado una cuartada para Terrence.

Weevel pide ayuda a verónica para saber la verdad sobre el asesinato de Felix, pero se da cuenta de que hay cosas de las que tiene que encargarse el mismo. Keith revisa un DVD que Woody recibe por e-mail. Las relaciones entre Wallace y Jane y Beaver y Mac no van bien.

Veronica asiste al juicio de Aaron Echols por el asesinato de Lilly, distrayendose de sus exámenes finales al esperar el veredicto. Esto la separa de su meta de conseguir la beca de los Kane para Standford. Keith consigue una nueva prueba a cerca del alcalde y Weevel pide ayuda a Mac y Cassidy con su examen de algebra.

Veronica ha llegado a la universidad, lo que no hace que deje de investigar casos de sus compañeros de estudios. Esta vez, el compañero de habitación de Wallace, Piz, pide ayuda a veronica mars porque le han robado todas sus cosas. Mientras, una ola de violaciones se extiende entre las chicas de la residencia.

En la noche de Halloween, Veronica acude al casino clandestino del campus, donde dos enmascarados roban a los presentes, quitandole a Verónica un collar que Lilly le habia regalado. Mientras, Wallace tiene algunas dificultades en aprobar Ingeniería Mecánica y recurre a medidas extremas. Por su parte, Keith trata de ayudar al decano de la universidad y su mujer, que buscan al padre biológico de su hijo ya que éste ultimo esta muy enfermo. Es Halloween en Hearst y mientras Veronica va a buscar a Logan al casino clandestino del campus, roban en el lugar y se llevan el collar de Veronica, que le regaló Lilly en su día. El Decano ODell y su mujer Mindy piden ayuda a Keith para localizar a Steve, el padre biológico del hijo de Mindy, que está muy enfermo. Wallace, distraído con su nuevo grupo de amigos, se encuentra con dificultades para aprobar su examen de Ingeniería Mecánica.

Debido a las frecuentes violaciones, las estudiantes de Hearst exigen que las hermandades sean eliminadas para evitar más acosos, para votar si esto ha de ser así, convocan a una miembro honorario, Patty Hearst, quien desaparecerá. A la vez que Veronica, con ayuda de Keith, investiga el paradero de la señora Hearts, resolverá el misterio que se escondía detrás de las violaciones y se revelará el culpable. La relación entre Verónica y Logan sufre algún que otro contratiempo.

Después de que el violador del campus anuncie anónimamente el lugar de su próxima violación, Verónica decide contratar a sus amigos para seguirle la pista. Se sorprenderá al conocer quien es el culpable. Mientras, Logan toma una decisión drástica a cerca de su futuro con Verónica, y el decano O`Dell contrata a Keith para probar que su mujer le es infiel.

Mientras Keith investiga sobre la muerte del decano ODell para decidir si el caso merece la pena, Verónica trata de ayudar a unos estudiantes en prácticas a los que han robado. Estos estudiantes estaban realizando estudios científicos usando como cobayas ratas y un mono, pero alguien entra en su laboratorio y se lleva a todos los animales, que Verónica tratará de encontrar, con ayuda de Mac. Además, entre la búsqueda se permiten alguna que otra fiesta donde tratan de ligar con algunos chicos. Lo mismo harán Dick y Logan con algunas chicas.

Max, un compañero de Verónica, conoció a una chica en un salón del cómic y desde entonces ha estado enamorado de ella. Ahora se ha enterado de que se va a casar, cansada de esperarle, y necesita la ayuda de Verónica para encontrarla. Pero esta chica tiene muchos secretos y guarda muchas sorpresas que ni Verónica veía venir. Por su parte, Keirh sigue en su investigación sobre la muerte del decano, y consigue algún que otro avance. La relación de Verónica y Logan sigue bien, pero alguien se va a interponer entre los dos.

Keith tene que encargarse de otro caso de asesinato cuando el entrenador del equipo de baloncesto de la universidad de Hearst aparece muerto y su hijo, amigo de verónica y Wallace, resulta ser el principal sospechoso. Mientras Verónica ayuda a su padre en el caso del entrenador, Logan tiene que vérselas con la hermana pequeña de la nueva novia de Dick, y decubre que tener a alguien con quien hablar es mucho mejor que quedarse en la cama sin moverse.

Cuando Verónica sale de la carcel, se encuentra con Josh Barry, que está desesperado por probar su inocencia en el caso del asesinato de su padre. Es por ésto que Verónica decide ayudarle y tratar así de descubrir el culpable. Mientras, y aún en el caso del entrenador, Keith tendrá que verselas con algo que no esperaba desde hace mucho tiempo. Logan, Parker, Mac y el nuevo novio de ésta participan en una jincana del día de San Valentín.

Cuando Veronica descubre a Timothy Foyle irrumpiendo en Investigaciones Mars, ella usa su ayuda para localizar al asesino real de Dean O'Dell. Mientrastanto, la relación de Logan y Parker hace un vuelco inesperado y el Sheriff Mars lleva otro asesino a la justicia.

Con Keith actuando de sheriff, Veronica acude sola a un incidente en un restaurante cuyos dueños reciben muchos crímenes de odio. Mientrastanto, Keith esta enfadado por la falta de profesionalidad de sus subordinados cuando les ordena que multen a los bares que sirven alcohol a los menores de edad. Logan organiza una fieta de cumpleaños a Parker, y Piz se decide a afrontar sus sentimientos por Veronica.

Desmond Fellows, un cantante/músico de una banda de pop de la década de 1990 llega al campus de Hearst para actuar en un concierto benéfico para evitar que la estación se quede sin negocio. Piz consigue el trabajo de sus sueños cuando es puesto a cargo de recibir becarios alrededor del campus y en el aire. Sin embargo, sus sueños comienzan a desvanecerse ya que las cosas no van como él imaginaba, en más maneras que una. Keith está entusiasmado con la carrera a Sheriff, sin rivales hasta que sin darse cuenta ayuda a promover a un inesparado candidato, que lanza su sombrero al ring.

Apolo, un estudiante de Hearst que sufrió como niño soldado en África, acude al programa de radio de Piz, lo que llevó a un hombre acudir al programa alegando ser su padre. Pero la investigación de Verónica descubre algunas sorpresas. Mientras tanto, Neptuno se enfrenta a una ola de crímenes que podrían significar un problema para la campaña de Keith, y Logan se encuentra en una situación difícil cuando Parker quiere pasar el verano con él. Verónica espera los resultados de su examen del FBI.