Para complicar el ya abrumador trabajo de criar a dos niños, Clark y Lois también deben preocuparse por si sus hijos Jonathan y Jordan podrían heredar o no los superpoderes kryptonianos de su padre a medida que crezcan. Al regresar a Smallville para manejar el negocio familiar de los Kent, Clark y Lois se reencuentran con Lana Lang, una oficial de préstamos local que también es el primer amor de Clark, y su marido, el Jefe de Bomberos, Kyle Cushing. Mientras tanto, el regreso de Superman y Lois al idílico Smallville se verá alterado cuando un misterioso extraño y un apasionado magnate hecho a sí mismo, Morgan Edge, entran en sus vidas.

Mientras se adaptan a sus nuevas vidas en Smallville, Lois y Clark toman una decisión importante con respecto a uno de sus hijos. Mientras tanto, las tensiones comienzan a aumentar entre Lois y Morgan Edge. Por último, Lana Lang Cushing invita a la familia Kent a una barbacoa.

Clark comparte parte de su historia kryptoniana con Jordan y Jonathan durante un desayuno familiar. Mientras tanto, Lois y Chrissy profundizan para descubrir la verdad sobre Morgan Edge.

Lois y Chrissy ven a Morgan Edge conversando con el alcalde Dean y Kyle Kushing, y los dos ven a través de su movimiento poco sincero para tratar de conquistar la ciudad. Clark acepta ayudar a Lois en una reunión del ayuntamiento.

Mientras Smallville celebra su primer Festival de la Cosecha desde la muerte de Martha, Clark recuerda lo que significaba su madre para él y aprende una lección que le enseñará a superar su muerte.

Clark vuelve a considerar su decisión de dejar que Jordan juegue al fútbol. Mientras, la investigación de Lois sobre Morgan Edge exige que confíe en un aliado inesperado.

Clark tiene dificultades para ayudar a Jordan con un nuevo poder. Lois le pide ayuda a Clark, lo que provoca un encuentro inesperado.

Lois y John Henry Irons parecen no poder ponerse de acuerdo sobre la mejor manera de detener a Morgan Edge. Mientras tanto, Jonathan anima a Jordan a concentrarse en fortalecer sus poderes para ayudar a localizar a su padre. Por último, traen a un viejo amigo para ayudar con la búsqueda.

Superman visita a Morgan Edge. Mientras tanto, Lois y Chrissy trabajan juntas en una historia. Por último, Jonathan encuentra una distracción bienvenida durante un día escolar muy estresante.

Lois está preocupada por Jordan, y cada vez su relación con Sarah es más estrecha. Clark visita a Lana. Jonathan pasa mucho tiempo con John Henry.

Lois se pone en contacto con su padre, el General Lane, mientras las visiones de Clark empeoran durante unas discusiones con Jonathan y Jordan. Lana comparte sus frustraciones con Kyle.

Lois y Chrissy tienen la misión de encontrar a la hermana de Lois, Lucy, Jonathan y Jordan se ponen cada vez más nerviosos a medida que continúan las dolorosas visiones de Clark. Mientras tanto, Lana, Kyle y Sarah comparten un desayuno familiar y hablan sobre el próximo cumpleaños de Sarah. Por último, Natalie y su padre comparten un momento de unión.

Lana, Kyle y Sarah se preparan para el 15 cumpleaños de Sarah, pero las cosas no van tan bien como esperaban. Clark se siente culpable por lo ocurrido con John Irons.

Lois le cuenta a Clark que ella y Chrissy planean explorar la Sociedad Inversa. Jordan descubre algo sospechoso en la mochila de Jonathan. Mitch Anderson es criticado por deteriorar la relación del Departamento de defensa con Superman.

Lois le da las gracias a Lana por defender a Jonathan cuando la madre de uno de los jugadores de fútbol le acosa tras la cancelación de los partidos. Sarah está preocupada cuando Jordan se va de manera inesperada el día de las elecciones.

Clark levita delante de Lana. Jordan y Jonathan se preguntan si Lois y Clark les han contado toda la verdad. Natalie hace todo lo posible para que Sarah arregle las cosas con Jordan.

Clark y Lois no se ponen de acuerdo sobre cuál es la mejor manera de descubrir si Ally Allston se fue al mundo inverso. Mientras, John Henry descubre algo sorprendente y Lois busca a Lucy.

Lois cuida de Superman. Jonathan y Jordan siguen preocupados por su padre, que parece más humano que nunca. John Henry y Natalie intentan descubrir cuál es la mejor manera de defenderse de los poderes de Ally Allston.

Chrissy Beppo, con la autorización del Departamento de Defensa, tiene un mensaje para la gente de Smallville: la fusión de planetas no solo es real, sino que está ocurriendo.

Una misión encubierta revela un enemigo mortal que promete cambiar a la familia Kent para siempre; John Henry está obsesionado por el pasado de su doppelgänger; Sarah explora lo que depara el futuro para ella y Jordan; El general Samuel Lane recupera su puesto.

Clark está en territorio desconocido y Lois se hace amigo de alguien nuevo. Superman le hace una visita sorpresa a Bruno Mannheim. Lana deja a Sarah al mando de su ausencia.

Lois y Clark investigan a Bruno Mannheim y su relación con el centro médico de Hob's Bay. Jonathan y Jordan están muy preocupados por el nefasto diagnóstico de Lois.

Lois intenta entrevistar a Peia para descubrir la verdad sobre un caso antiguo. Clark tiene dificultades para pasar tiempo de calidad con los chicos.

Final de temporada. Los habitantes de Smallville se reúnen para ver una lluvia de meteoritos y Lex Luthor mueve ficha.