Stargate Command is approached by representatives of Jonas Quinn's home planet seeking military hardware. Their world is divided into three territories and there is a long history of war among them. Jonas' country fears that the other two territories are about to sign a non-aggression pact thus making them vulnerable to attack. In return for arms, they are offering an abundance of Naquadria. SGC isn't about to get involved in what amounts to a civil war but there's another possible outcome when Jonas' one-time professor, Doctor Kieran, tells them of an underground movement ready to overthrow the government and seek out a lasting peace. SG-1 travels to Jonas Quinn's home planet to obtain information on the situation there but not all is as it seems.

Durante un crucero de prueba del Prometheus, el regulador del hiperimpulsor de la nave queda irreparablemente dañado. Se descubre que un planeta cercano está listado en la cartulina de direcciones encontrada en Abydos, por lo que podría haber un Stargate. Después de un corto salto hacia el planeta, el reactor de Naquadria se sobrecarga y debe ser eyectado. Tras la explosión del reactor sobre el planeta, causando daños, el destino del SG-1 y la tripulación del Prometheus está en manos de un mundo que antes estaba controlado por los Goa'uld y con el que tienen un comienzo difícil.

In a firefight with Jaffa, Teal'c takes a staff blast to the gut. Without his symbiote, he cannot regenerate as he once did. Daniel feels that he cannot remember something important, so he goes searching through the logs for any sign of his lost knowledge. Teal'c expresses his feelings that the Tritonin has made him weak.

Mientras exploraba una nave alienígena estrellada llena de pasajeros en criostasis, una fuerza alienígena ha descargado un número de sus conciencias en Daniel.

El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.

El general O'Neill todavía está en los primeros días de comandar el SGC y enfrenta un problema importante cuando el recién llegado coronel ruso Alexi Vaselov colapsa en sus aposentos. La creencia de la Dra. Brightman de que Vaselof podría ser contagioso parece ser correcta cuando Daniel, quien estaba con el ruso cuando colapsó, aparentemente enloquece e intenta salir de la base a través de la puerta. O'Neill asegura el SGC pero el problema no es el contagio: la esencia de Anubis está viva y bien, y busca un nuevo huésped.

El Dr. Lee está adaptando una silla de realidad virtual para utilizarla como dispositivo de entrenamiento. Teal'c piensa que el escenario actual es demasiado fácil y acepta trabajar con ellos para hacerlo más realista. Él entra en el escenario del juego y es rápidamente "asesinado", momento en el cual la silla lo electrocuta. Lee dice que debe ser parte de su construcción básica. A medida que el escenario se reinicia -es una invasión del SGC por los Goa'uld- Teal'c es repetidamente asesinado y electrocutado, poniéndolo en peligro. El programa de computadora está configurado para aprender después de cada escenario y el desafío para Teal'c aumenta en cada turno. Daniel se ofrece como voluntario para ingresar al juego también, para ver si juntos pueden encontrar una forma de escapar.

Having obtained permission to live off the base, Teal'c rents an apartment, telling neighbors that he has recently arrived from Mozambique. He's under orders to keep a low profile but can't seem to help himself when it comes to helping his neighbors. He helps one who is about to be assaulted by three thugs, but it's his next-door neighbor who seems to need assistance. Krista is having problems with her boyfriend, Doug. Teal'c soon realizes that Doug is beating her and warns him that should he hurt her, Teal'c will kill him. It all becomes very difficult when Doug is found dead in Krista's apartment. Daniel Jackson soon after receives an offer - translate a Goa'uld text, and he will get ironclad evidence that Teal'c is innocent. Meanwhile, Carter is shocked when her boyfriend Pete Shanahan tells he asked for a transfer to the local police department and asks her to marry him.

Cuando el Stargate es teletransportado fuera de la SGC en medio de la noche, Teal'c queda atrapado en otro mundo. El Dr. Jackson y la Coronel Carter intentan recuperar la puerta.

Con un nuevo comandante del SGC llega un nuevo líder de SG-1, el Teniente Coronel Cameron Mitchell, un ex piloto de combate que voló un F-302 en la batalla sobre la Antártida. Sin embargo, se desanima por el hecho de que todos los demás miembros de SG-1 se van a otras empresas: Teal'c para gestionar la Nación Jaffa, Carter a la Área 51 para investigación y desarrollo alienígena, y el Dr. Jackson a Atlantis como experto en los Antiguos. Mitchell se esfuerza por retener a los miembros de SG-1 para sí mismo, pero cada vez es más difícil convencerlos.

While investigating the source of an addictive corn-like crop, SG-1 becomes involved in a firefight. They are forced to fall back to the gate, but as Daniel is dialing both the Stargate and the DHD are beamed away.

Basado en la información que Vala les dio, SG-1 viaja al planeta donde Merlin podría haber escondido su arma secreta para derrotar a los seres ascendidos. Allí encuentran un pueblo adecuadamente medieval y descubren que Merlin tenía una biblioteca allí. Los lugareños nunca han entrado debido a una maldición sobre cualquiera que se atreva a entrar, pero SG-1 encuentra una manera de entrar. Una vez dentro, encuentran una cámara secreta que podría revelar la ubicación del arma. Mientras tanto, el SGC ha localizado la Supergate de los Ori. El intento de Sam de tomar el control llega demasiado tarde, y cuatro naves Ori se abren camino. En la batalla resultante, gran parte de la flota de la Tierra es destruida, y el futuro de varios miembros del SGC queda en duda.

Vala es secuestrada por agentes de la Confianza que intentan encontrar un antiguo tesoro cuando un accidente hace que Vala olvide quién es.

SG-1 destruye tres naves de transporte seguidas; Netan pone precio a sus cabezas. El General Landry otorga tiempo libre a los miembros del equipo en la Tierra. Daniel lo aprovecha para investigar en una biblioteca, donde conoce a una cazadora de recompensas que intenta seducirlo, luego saca su arma... pero es atropellada por un autobús. Sam da una conferencia sobre el progreso tecnológico de la Fuerza Aérea junto al Dr. Bill Lee; un francotirador casi falla, pero es eliminado con un arma experimental que habían llevado para demostrar. Teal'c resulta herido por sorpresa en un campamento Jaffa y logra atrapar al asesino para intentarlo de nuevo. Cam va a su reunión de secundaria en Kansas y Vala logra convencerlo de llevarla, haciéndose pasar por su contadora y socia. Su antigua llama, todavía atractiva, Amy Vandenberg, a quien creía fuera de su alcance, al principio es asustada por Vala, pero, divorciada e interesada, explica que todavía tiene un secreto enamoramiento por él. El cazador de recompensas alienígena Odai Ventrell asume la apariencia de numerosos compañeros de clase para matarlo. El intento de rescate de Vala fracasa y ambos son capturados públicamente, por lo que él amenaza con matar a los invitados de la reunión a menos que los demás miembros de SG-1 ocupen su lugar, pero lo engañan usando tecnología Chimera; esperan que el fracaso de Netan en eliminarlos reavive la lucha de poder y Odai reacciona de manera sorprendente.