Listo para ir de vacaciones, O'Neill es transportado por los Asgard. Thor le dice que la Tierra se enfrenta a un enemigo aún peor que los Goa'uld.

SG-1 tiene que lidiar con una infestación de Replicadores en un submarino ruso en la Tierra, mientras la Mayor Carter asesora a los Asgard sobre cómo combatir la amenaza en su galaxia.

La SGC recibe la visita de una Tok'ra llamada Anise que trae unos brazaletes utilizados por los soldados de una raza extinta desde hace mucho tiempo, que se supone que aumentan las habilidades de quienes los llevan puestos. O'Neill, Carter y Jackson se ponen los brazaletes y aumenta su fuerza física, pero también les hace tomar decisiones impulsivas. ¿Podrán quitarse los brazaletes antes de que causen su muerte?

Cuando un miembro del equipo SG intenta asesinar al líder de los Tok'ra, se cree que algunos miembros del SGC han sido convertidos en Za'tarcos: asesinos programados. La Tok'ra Freya llega al SGC con Martouf para intentar probar a todos los miembros del equipo SG. Pero el detector de Za'tarcos sugiere que O'Neill y Carter en realidad son Za'tarcos. ¿Es esto correcto y hay otro Za'tarc en el SGC?

El SGC se entera de que los rusos tienen su propio Stargate y necesitan la ayuda de los estadounidenses con los problemas que están afectándolos a ambos.

En el nuevo hogar de los Enkarans, SG-1 descubre que una gigantesca nave espacial está amenazando a los colonos mientras terraforma el planeta.

Teal'c está en su planeta natal, Chulak, donde hay una rebelión entre los guerreros Jaffa. Es traicionado como un shol'va sacrílego (traidor) por Rak'nor, hijo de un amigo Jaffa de su padre, y entregado a Terok, el torturador del señor del sistema Heru'ur. Ignorantes de su destino, los otros miembros de SG-1 se unen a Jacob en un intento arriesgado de apoderarse de una mina espacial utilizando una nave Tok'ra pilotada por Jacob. En ruta hacia la nave espacial de Apophis, la expedición descubre que Teal'c está siendo ofrecido como un regalo para generar confianza por parte de Heru'ur y así cementar una alianza con Apophis contra los otros señores del sistema, lo que haría que la amenaza de los Goa'uld sea más peligrosa que nunca. Deciden salvar a Teal'c, pero su intento falla. Sin embargo, la resistencia de Teal'c a la tortura y su clara convicción de que los Goa'uld no son dioses finalmente convencen a Rak'nor, quien ahora actúa valientemente.

El general Hammond se retira misteriosamente del SGC y se trae a un nuevo general, quien separa al SG-1: Daniel y Sam son científicos, Teal'c está con el SG-3 y O'Neill comanda un nuevo SG-1. O'Neill intenta convencer al general Hammond de que regrese, pero descubre que alguien ordenó a Hammond que se fuera o lastimarían a sus nietos. Mientras los demás mantienen ocupado al nuevo general, O'Neill intenta descubrir quién es ese "alguien". Para ello, debe confiar en la persona que más odia: Maybourne.

Atrapados en otra galaxia mientras huyen del ataque a la flota de Apophis, resulta ser solo el comienzo de los problemas de SG-1, ya que aparecen múltiples enemigos.

When SG-1 inadvertently dooms a planet upon arrival, the team must overcome Asgardian diplomacy and indigenous religious prejudice to put things right.

Un extraño barco se dirige hacia la Tierra, y el SGC sospecha que Martin Lloyd y sus compañeros pueden tener algo que ver con ello. O'Neill es enviado a hablar con Martin y se le asigna como consultor militar en el nuevo programa de Martin, "Wormhole X-Treme!", que extrañamente se asemeja a SG-1 a pesar de que Martin vuelve a perder la memoria. Sus antiguos compañeros del barco detienen a Carter y Daniel al desviar su camino y ponerlos en manos del NID.

En un plan de los Tok'ra para eliminar a los Goa'uld, Daniel se infiltra como sirviente de Yu para liberar un veneno en una reunión de los señores del sistema. Mientras tanto, un ataque de los Goa'uld a la base de los Tok'ra deja al resto del equipo SG-1 ocupado.

Mientras aún lidian con la pérdida de Daniel Jackson, el SGC es contactado por los Asgard, quienes requieren ayuda para enfrentar a Anubis, quien parece tener nueva tecnología de escudos que puede repeler las armas Asgard.

El Maestro Bra'tac llega con malas noticias: la esposa de Teal'c está gravemente enferma, y Teal'c se va para estar con ella. Poco después, se abre el portal pero no pasa nada. Entonces Carter descubre una señal de muy baja potencia que está aumentando lentamente hasta alcanzar una sobrecarga lo suficientemente poderosa como para destruir la Tierra.

El arma de Anubis continúa amenazando a la Tierra. Se intentan varios planes hasta que Jonas Quinn sugiere algo simple que podría funcionar. Mientras tanto, el Maestro Bra'tac ha descubierto el planeta desde el cual Anubis está lanzando el ataque. Él, Teal'c y Rya'c viajan allí para detenerlo.

SG-1 está proporcionando seguridad a tres científicos que están realizando investigaciones en un planeta lejano. El warlord Goa'uld Khonsu organiza capturar al equipo SG-1 y O'Neill le dice a Jay Felger, nominalmente el líder del grupo, que use la puerta y regrese a la base. Felger está bastante enamorado del equipo SG-1, admirando sus hazañas y audacia. En lugar de seguir las órdenes de O'Neill, Felger y otro científico, Simon Coombs, se transportan a la nave Goa'uld. Lo que los científicos no saben es que la captura de SG-1 es una estratagema para permitir que Khonsu, que en realidad es un Tok'ra, transmita información. O'Neill está bastante molesto con los dos científicos, pero su presencia resulta útil al final.

Teal'c está teniendo extrañas pesadillas en las que Apophis aparece y él es humano, un bombero junto con su equipo.

Montando en el ascensor en el SGC, O'Neill es visitado por Daniel Jackson, quien necesita su ayuda. Daniel le dice que Anubis se dirige hacia Abydos para buscar algo llamado el Ojo de Ra, una reliquia que haría a Anubis todopoderoso. Es esencial que el SG-1 vaya a Abydos y asegure el Ojo, pero nadie lo ha visto, incluyendo a Daniel, y nadie ha podido encontrarlo. En el planeta, ven a su viejo amigo Skaara y, con la ayuda de Daniel, localizan el Ojo. También encuentran una tableta que habla de una ciudad perdida de los antiguos. Cuando Anubis y sus tropas aterrizan en masa, hay poco que alguien pueda hacer para detenerlos. Al final, queda en manos de Daniel decidir si intentará detener a Anubis, rompiendo así una regla cardinal de los Antiguos.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

In a firefight with Jaffa, Teal'c takes a staff blast to the gut. Without his symbiote, he cannot regenerate as he once did. Daniel feels that he cannot remember something important, so he goes searching through the logs for any sign of his lost knowledge. Teal'c expresses his feelings that the Tritonin has made him weak.

SG-1 investiga una colonia humana aparentemente idílica y sutilmente avanzada, resguardada dentro de una cúpula de energía en un planeta por lo demás inhóspito.

To save his job, Dr. Felger tests a new virus on the Stargate Network to help control it and it ends up disabling it instead.

Jonas Quinn regresa al SGC para pedir ayuda en salvar a su nación. Explica que el Naquadria originalmente era Naquadah y un Goa'uld llamado Thanos inició una reacción en cadena para transformar todo el Naquadah de su planeta en Naquadria. Una gran vena de Naquadah acaba de ser afectada y los científicos de Kelowna creen que la transformación hará que este gran depósito explote, llevándose consigo a toda su nación.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

El vicepresidente Kinsey informa al Dr. Weir sobre el programa Stargate antes de su reunión con el presidente. Los equipos SG 1, 3 y 5 se van a otro mundo para intentar extraer un dispositivo de almacenamiento de los Antiguos recién descubierto. Al llegar al lugar del dispositivo, el SG-1 es atacado por naves Goa'uld. Sin otra forma de evitar que Anubis se apodere del conocimiento, Jack se somete al peligroso dispositivo.

La flota Asgard logra destruir la nave Replicadora, con Carter a bordo, pero no puede contener los escombros. Las negociaciones se rompen con los Señores del Sistema, terminando en el envío de un Ha'tak para probar las nuevas capacidades defensivas de la Tierra. El Prometeo espera para enfrentar al enemigo entrante, pero Thor llega en la Daniel Jackson, con Teal'c a bordo. Solicitan la ayuda de Daniel y Jack, todavía en estasis, para eliminar la amenaza de los replicadores en el nuevo hogar Asgard.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Martin Lloyd busca la ayuda de SG-1 cuando su programa de televisión fallido basado en el programa real de Stargate se convierte en una película.