Buscando la alianza Toidariana, Yoda viaja a una luna neutral a encontrarse con el rey Gadunko y asi poder llegar a un acuerdo para formar una base en Toidaria, sin embargo, Dooku y los separatistas interceptan la nave de Yoda, obligandolo a escapar en un Pod de vida. Ventress y Dooku intentan convencer a Gadunko de una alianza, sin embargo Yoda manda una señal para reportarse, ante esto, Ventress inicia una apuesta: mandar a sus mejores tropas para asesinar a Yoda y a los 3 clones que lo acompañan, si Yoda vuelve con vida, Gadunko se unirá a la republica, pero si pierde, se unirá a la causa separatista.

Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape

Anakin y Ashoka se dirigen a lanzar un ataque en los bombardeadores Y-Wing contra el malevolencia, el cual se dispone a atacar una estacion médica, que enfrenta un problema al tener poco tiempo para evacuar. Con el proposito de llegar antes, Anakin guia al escuadron sombra atravez de una nebulosa, que sin embargo esta repleta de mantarrallas gigantes.

El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

Ahsoka y Luminara escoltan al virrey Nute Gunray, pero la CSI se disponen a recuperarlo. Para ello envían cápsulas con superdroides de batalla. Tras vencerlos, Ventress entra en secreto y pone bombas dentro de la nave, deshabilitándola. Luego se dirige a sacar al virrey de su celda, cosa que Ahsoka y Luminara deben impedir.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

En la negociación de rescate del conde Dooku, Anakin y Obi-Wan son tomados prisioneros. Los Jedi y los Sith forman una improbable alianza en un intento de escapar, con Jar Jar Binks como su única esperanza.

Anakin se encuentra en recuperacion, y Aayla, Ahsoka, Rex y Bly se quedan con los aldeanos Lurmen. Mientras rex monta guardia descubre el aterrizaje de una nave droide, los lurmen no estan de acuerdo en usar la violencia para combatir esta nueva arma separatista, y se dejan oprimir por los androides, al no poder permitir esta situacion, Anakin, Aayla y Ahsoka protejen la aldea con un escudo para combatir a los androides ya que tienen nueva arma y que la provaran en este planeta.

Ahsoka Tano desobedece las órdenes de su maestro Anakin Skywalker, y en el intento pierde la mitad de su escuadrón. Afortunadamente Anakin llega a tiempo para ayudar a su Padawan, y darle su merecida lección con respecto al merecido respeto a la autoridad, además de darle una oportunidad para que le haga caso y se arrepienta.

Para sabotear una poderosa arma separatista, Obi-Wan y una pequeña fuerza clon entran en una ciudad ocupada, y descubren que sus residentes se están utilizando como un escudo viviente.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.

Cad Bane se infiltra en el templo Jedi para robar un valioso holocrón. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan tendran la misión de detenerlo.

Anakin y Ahsoka interceptan a la nave de Cad Bane intentando recuperar el holocrón Jedi robado. Pero los Jedi han subestimado las tácticas estrategicas del cazarrecompensas.

Darth Sidious le pide a Cad Bane que realize la ultima parte de su maléfico plan: debe capturar a los niños sensibles a la Fuerza y llevarlos a Mustafar.

Obi-Wan investiga la posibilidad de que su antigua amiga, la duquesa Satine (supuestamente neutral duquesa de Mandalore), esté involucrada en un complot separatista. De ser así seria una noticia dura para el Jedi puesto a que alguna vez la duquesa le entregó su corazón al Maestro Kenobi.

Los Jedi y sus clones tienen que defender la duquesa Satine de los intentos de asesinato, Anakin descubre que Obi-Wan y la duquesa tienen una historia juntos.

En Coruscant, la Duquesa Satine es acusada de haber creado un grupo terrorista. La Duquesa Satine y Obi-Wan intentan descubrir los verdaderos origenes del grupo mientras huyen de las autoridades y de un asesino de la "Guardia de la Muerte".

Plo Kloon y Ahsoka persiguen a Boba Fett desde el inframundo de Coruscant al planeta Florrum, donde comienza un enfrentamiento culminante.

En la segunda Batalla de Ryloth, Bail Organa y Jar Jar Binks van a Toydaria, y piden ayuda al rey Kattunko para poder enviar suministros al planeta, que se muere de hambre.

La familia del presidente Papanodia es secuestrada y detenida para el rescate. Ahsoka debe formar su equipo con el senador de Pantora, Riyo Chuchi, para ayudar al nuevo presidente en la recuperación de su familia antes de que la Federación de Comercio indebidamente pueda influir en el futuro de su planeta.

Padmé, en una misión diplomática a Mandalore, da garantías al pacifista planeta que tiene la protección integral de la República, pero ella y la duquesa Satine pronto encontrarán algo siniestro acechando bajo la serena fachada del planeta.

Ahsoka Tano tiene pesadillas premonitorias con la cazarecompensas Aurra Sing, que está contratada por Ziro el Hutt que quiere matar a la senadora Padmé Amidala.

En un viaje de compras importantes en Coruscant, C-3PO es secuestrado por el siniestro cazarrecompensas Cad Bane en un complot malvado para liberar a Ziro el Hutt.

El Consejo de Hutt está en la búsqueda de Ziro el Hutt, pero no son los únicos. Los maestros Jedi Obi-Wan y Quinlan Vos también lo buscan.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatisata. Padmé viaja a Raxus a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas estan negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado…

Los senadores Padmé Amidala, Bail Organa y Farr Onaconda luchan contra un nuevo proyecto de ley en el Senado para comprar nuevos clones de la República. Pero alguien no le gusta su oposición y trata de persuadirlos a salir de ella.

Dooku planea eliminar a su propia aprendiz Asajj Ventress, y entonces ella quiere vengarse de Dooku.

Cuando el conde Dooku llama a las Hermanas de la Noche buscando un reemplazo para Ventress, ella y sus familiares aprovechan la oportunidad para vengarse. Ventress visita el otro lado de Dathomir y los machos del planeta buscan el guerrero más brutal y poderoso entre ellos. A través de su brujería, las Hermanas de la Noche transforman a Savage Opres en un monstruoso asesino diseñado para obedecer su nuevo maestro.

Anakin y Obi-Wan, que han sido enviados a localizar a la misteriosa asesina detrás de la muerte de varios Jedis, pronto se encuentran en el camino el monstruoso aprendiz que Ventress ha creado: Savage Opres. Sin embargo, Dooku y Asajj también descubren que este nuevo aprendiz tiene voluntad propia…

Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant. La prisión, sin embargo, tiene más trampas, peligros y riesgos en el almacén peor de lo que habían imaginado y deben trabajar más allá de sus diferencias para poder escapar.

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Los Jedis se encuentran ahora en el planeta Mon Calamari para ayudar a mantener la paz en una guerra civil entre los agresivos y con forma de calamar Quarren y sus pacíficos vecinos, los Mon Calamari. El rey de los Mon Calamari es encontrado misteriosamente asesinado, dejando su joven hijo, el príncipe Lee-Char, para guiar a su gente solo. Pero la raza Quarren no acepta el nuevo governante como rey de Mon Calamari. La senadora Padmé Amidala y su guardaespaldas Jedis Anakin Skywalker intentarán resolver el problema.

Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari. Desprevenidos, el joven príncipe y sus protectores Jedi son rápidamente superados y forzados a retirarse en unas cuevas muy por debajo de la ciudad capital, dejando al conde Dooku y sus aliados planear el próximo movimiento.

Un último grito de esperanza. Tras el asesinato de su padre y la caída de su planeta bajo una guerra civil planetaria, el príncipe Lee-Char de Mon Calamari se esconde con la padawan Ahsoka Tano como su única protectora. Con sus ejércitos capturados y sus amigos en prisión, la situación parece sin esperanza para el príncipe. El conde Dooku ordena a su siniestro agente Riff Tamson que utilice los medios necesarios para sacar al príncipe Lee-Char fuera de su escondite, ya que sabe que se mantendrá la esperanza mientras el príncipe esté vivo.

Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso. Uno de estos planetas es Naboo, donde el sufrimiento y los disturbios civiles amenazan las relaciones que antes eran amistosas entre la gente de la superficie y los Gungans que habitan bajo el agua. Los rumores de que los Gungans planean ayudar a los separatistas en hacer un ataque a la ciudad de Theed fuerzan a la senadora Padmé Amidala en ir, acompañada del general y maestro Jedi Anakin Skywalker.

Un planeta muy pacífico. La colonia de artesanos del planeta Kiro había creado una sociedad sin armas. En lugar de la guerra, perseguían el arte y la belleza. Pero con las guerras de clones, incluso los mundos amantes de la paz son forzados aparentemente a elegir un bando.

Durante una invasión separatista en el planeta Kiro, miles de colonos pacíficos son secuestrados por negreros zygerrianos. Determinados a encontrar los colonos desaparecidos, los Jedis viajan al planeta Zygerria, hogar del más notorio imperio esclavo de la galaxia.

Para localizar los colonos secuestrados de un mundo pacífico, los Jedis se infiltraron en el planeta esclavista de Zygerria, sólo para ser capturados por su reina ambiciosa, la que planea reconstruir su imperio de la opresión. Ahora, incluso Obi-Wan Kenobi debe llegar a un acuerdo.

En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.

Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval. Una vez allí, se entera de que otro preso, el famoso cazarrecompensas Cad Bane, también está involucrado. Mientras tanto, Anakin busca venganza por la muerte de su antiguo maestro.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan, para competir en una carrera de obstáculos conocida como "La caja", con la participación en el complot para secuestrar al canciller Palpatine y como recompensa la supervivencia. Después de enfrentarse a muchos desafíos en la caja, Obi-Wan sobrevive, junto con Cad Bane y cuatro cazarrecompensas más. Cad Bane es nombrado por Dooku para dirigir la operación de secuestro contra Palpatine en Naboo.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

El conde Dooku está decidido a vengarse de las Hermanas de la noche de Dathomir después de su traición con Savage Opress. El general Grievous lanza un ataque de droides contra las brujas, y la Madre Talzin convence a Asajj Ventress para reunirse con las Hermanas de la noche después de que las abandonó años atrás. Ventress y la Madre Talzin lideran la defensa de todos los poderes oscuros a su disposición. Después de una pelea con Grievious, Ventress acaba herida en el hombro. Todas las Hermanas de la noche son asesinadas excepto la Madre Talzin y Ventress, quien se aflige por la muerte de sus hermanas.

Savage Opress finalmente encuentra a su hermano perdido hace mucho tiempo, y resulta ser el ex Lord Sith llamado Darth Maul. Su cuerpo ahora es un aparato medio cibernético en forma de araña, que ha estado viviendo en un estado de locura en un planeta del Borde Exterior.

Ahsoka toma el mando del ejército rebelde en Onderon mientras la primera batalla por la capital se lleva a cabo.

Gran parte del pueblo de Onderon se une con el Rey Dendup, el verdadero rey de Onderon, contra el Rey Rash, falso rey de Onderon y representate de los separatistas, y el ejército separatista. Mientras tanto, Ahsoka, Lux, Saw, Steela y los rebeldes se preparan para el último ataque contra los droides.

Los piratas persiguen a los Jedis y consiguen capturarlos y derribar su nave, pero cuando se acercan a la base pirata se encuentran con que los droides de Grievous la han capturado y con ella a Hondo y sus hombres. De esta forma se unen Jedis y piratas para rescatar a Hondo y huir del sistema. Al final los piratas dejan a los aprendices y a Ahsoka en una de las naves de Obi-Wan.

La Guardia de la Muerte se alía con Darth Maul y Savage Opress y fundan la Sombra Colectiva, y preparan el ataque a Mandalore. Pero para eso, primero van a los planetas Mustafar, Nal Hutta y Tatooine para conseguir un ejército aparte de los soldados de la Guardia de la Muerte.

La Sombra Colectiva invade Mandalore y la Duquesa Satine es arrestada. Pre Vizsla traiciona a Maul y Opress y también son arrestados. Maul y Opress escapan de su celda. Hacen contacto con Almec, antiguo primer ministro y ahora prisionero, quien le explica las leyes de Mandalore. Maul reta a un duelo a Vizsla, quien luego es asesinado y decapitado. Los renamentes de la Guardia de la Muerte que deciden no obedecer a Maul por considerlo externo de Mandalore, huyen. Almec es nombrado Primer ministro y en su primer discurso dice que la Duquesa Satine es quien asesinó a Vizla.

El cadete clon Tup está sufriendo un trastorno neurológico grave porque causó la muerte de un maestro Jedi. Tratando de encontrar los motivos del asesinato, Anakin acompañando a Tup de vuelta a Kamino para el examen, pero luego son atacados por los Separatistas…

El cadete clon Tup tiene un examen médico en los laboratorios estériles de Kamino para encontrar los motivos de su ataque impactante al maestro Jedi. Para que el examen tenga éxito, el cadete Cincos debe entrar en la profundidad de la mente de Tup, donde encuentra una manipulación con códigos secretos en el programa de clonación de la República.

El cadete clon Tup es transportado de vuelta a Coruscant, donde su cuerpo debe ser examinado por el personal médico del Canciller. El cadete Cincos también está investigando el asunto y descubre que un código modificado se ha ocultado en la mente de todos los clones…

Cincos todavía está tratando de encontrar respuestas acerca de las misteriosas acciones del cadete clon Tup. Con la esperanza de hablar personalmente con el canciller Palpatine, Cincos se encuentra a sí mismo de repente acusado de intentar asesinar al Canciller.

Mientras que está en una misión humanitaria al planeta Scipio, el antiguo amor de Padmé Amidala llamado Rush Clovis se pone en contacto con ella para pedirle ayuda. Después de haber hecho una postura en contra de la corrupción en su planeta, Clovis se ha convertido en el blanco del cazarecompensas Embo. Junto con Padmé, ahora trata de salir de su planeta y buscar ayuda.

De vuelta a Coruscant, Clovis hace un trato dudoso de convertirse en el líder de su clan que está profundamente sumido en la corrupción. Anakin no confía en Clovis, causando tensiones en su relación con Padmé.

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.

El maestro Jedi Sifo-Dyas murió en circunstancias misteriosas hace años. En una misión secreta de los Jedi, accidentalmente encuentran su espada láser, y Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y el Maestro Yoda investigan la muerte de Sifo-Dyas nuevo. Para evitar que descubran la conspiración Sith, Darth Sidious ordena a su siervo Darth Tyranus para borrar todos los rastros.

Guiados por la Fuerza, Yoda viaja al corazón de la Galaxia. Allí, en el planeta donde se encuentra el origen de la Fuerza, debe afrontar pruebas difíciles. Sólo serán los sabios de allí los que consideren que Yoda es digno de aprender los misterios más profundos de la Fuerza.

En Korriban, el planeta natal de los Sith, ha llegado el momento de Yoda para pasar su prueba final. Sólo entonces deberá aprender el secreto mejor guardado de su orden, pero primero le espera un enemigo mucho más poderoso.

Trace toma una decisión precipitada después de enterarse de que lo que están transportando es para el Sindicato Pyke.

Cad Bane se infiltra en el templo Jedi para robar un valioso holocrón. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan tendran la misión de detenerlo.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.

En un viaje de compras importantes en Coruscant, C-3PO es secuestrado por el siniestro cazarrecompensas Cad Bane en un complot malvado para liberar a Ziro el Hutt.

Anakin y Ahsoka interceptan a la nave de Cad Bane intentando recuperar el holocrón Jedi robado. Pero los Jedi han subestimado las tácticas estrategicas del cazarrecompensas.

El Consejo de Hutt está en la búsqueda de Ziro el Hutt, pero no son los únicos. Los maestros Jedi Obi-Wan y Quinlan Vos también lo buscan.

Darth Sidious le pide a Cad Bane que realize la ultima parte de su maléfico plan: debe capturar a los niños sensibles a la Fuerza y llevarlos a Mustafar.

El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan, para competir en una carrera de obstáculos conocida como "La caja", con la participación en el complot para secuestrar al canciller Palpatine y como recompensa la supervivencia. Después de enfrentarse a muchos desafíos en la caja, Obi-Wan sobrevive, junto con Cad Bane y cuatro cazarrecompensas más. Cad Bane es nombrado por Dooku para dirigir la operación de secuestro contra Palpatine en Naboo.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval. Una vez allí, se entera de que otro preso, el famoso cazarrecompensas Cad Bane, también está involucrado. Mientras tanto, Anakin busca venganza por la muerte de su antiguo maestro.