El sarcástico Dr. Cox afecta a J.D., quien está desesperado por ser aceptado; la insensible Elliot molesta a Carla, quien está siendo cortejada por el astuto Turk.

J.D. tiene un némesis, el Dr. Murdoch. Turk le miente a Carla sobre congelarse en la cirugía.

J.D. está ayudando a Cox a alcanzar una meta de 24 horas sin perder a ningún paciente, pero una mujer resbaló en el hospital y Kelso exige que J.D. le brinde atención personal para que no demande. Elliot estaría encantada de hacerse cargo, pero Cox no la reconoce.

Entre las cada vez más numerosas páginas del hospital, J.D. y Alex parecen no encontrar un momento para estar juntos, sofocando su creciente romance.

Elliot se enamora de un paciente que no captará la indirecta y no la invitará a salir. J.D. está frustrado por la naturaleza competitiva de Turk.

Cuando el hermano de Jordan, Ben, acude a un examen médico, el Dr. Cox revela su lado más compasivo y J.D. debe entregar a regañadientes las malas noticias sobre la salud de Ben.

El diagnóstico de Ben envía ondas de choque a todo el personal de Sacred Heart. Sorprendentemente, Cox es el hombre que mantiene a todos a flote.

Todos en el hospital están luchando por encontrar un caso lo suficientemente único como para ser publicado en una revista médica y tener la oportunidad de ir a Reno.

El hermano de JD, que siempre ha sido un irresponsable, se lleva bien con Elliot.

Donde Perry habla con su psiquiatra sobre cómo Jordan quería que él se uniera a su familia, pero en su lugar prefirió quedarse en casa e invitar a algunos de los chicos del hospital a su lugar para ver un partido, JD le da el consejo de hacerle el chequeo que Kelso necesita para su seguro y Perry realmente escucha.

JD está empezando su práctica quirúrgica y haría cualquier cosa para estar en el grupo, y cualquier cosa incluye vender a su mejor amigo. Perry, frustrado por las computadoras baratas que Kelso les da para poder comprar cosas lujosas para sí mismo, aprovecha que Kelso está ausente y comienza un rumor de que Kelso murió, lo cual hace feliz a todos.

JD está saliendo con TCW, pero descubre que es una reina del drama, tal como Elliott le había dicho. Negándose a admitirle a Elliott que tenía razón, trata de mantener la pasión en su relación. La madre de Carla muere mientras ella está planificando la boda. Abatida por las emociones, decide casarse lo más pronto posible en una pequeña capilla de bodas en el hospital. Kelso hace que los internos que maltratan a los pacientes tomen seminarios con él para evitar demandas legales. Cuando el Dr. Cox es visto acosando a un paciente, le toca a él organizar los seminarios.

Es el final de su segundo año y todo comienza a sentirse aburrido, pero tienen a su compañero de universidad para animarlos y meterlos en problemas. El Dr. Kelso está en su "tradición anual de elegir a alguien para molestar y asustar a todos", elige a Elliot por casi dejarlo ciego, casi la hace renunciar. Perry descubre que es el padre del hijo de Jordan, se enfada e intenta romper con ella pero ella no lo permite, luego le dice a JD que no está enfadado con Jordan, sino que en realidad le da miedo la idea de ser padre.

Enfrentando dificultades para entrenar a sus internos, J.D. llama a Elliot en busca de ayuda. Ella menciona a Sean, quien le dio a Elliot excelentes consejos basados en su entrenamiento de delfines que se ajustan perfectamente para sus internos.

El hermano de Carla, quien odia a Turk, viene de visita. J.D. intenta superar a Elliott cuando conoce a Danni, quien *parece* agradable. Cox le pide a J.D. que lo respalde frente a los demás. Kelso declara una política con la que Cox no está de acuerdo. ¿Será leal J.D. a Cox?

El conserje tiene tres personalidades. No, en realidad cuatro, o cinco. Cox y Carla están satisfechos con sus condiciones. El primero se está haciendo mayor y Carla se casa con alguien que va al arcade. JD y Elliot se vuelven un poco competitivos.

Después de que Elliot provoca un orgasmo a un paciente durante un examen pélvico y se refiere a las partes íntimas de los pacientes utilizando términos no médicos, el Dr. Kelso se burla de ella. Carla le dice a Turk que no cree que deberían tener relaciones sexuales nuevamente hasta la noche de bodas, el conserje utiliza esta información en su beneficio para vengarse de Turk. El Dr. Cox se muda temporalmente con J.D. y Turk como resultado de no poder manejar su relación con Jordan.

JD intenta terminar con Danni, pero nunca ha terminado con nadie antes. Mientras tanto, Perry -por primera vez en mucho tiempo- está feliz y eso se refleja en su comportamiento en el hospital. Ahora tiene el problema de que nadie está interesado en sus lecciones y enseñanzas, porque la única forma en que puede enseñar es a través del miedo, así que tendrá que "asustarlos para que vuelvan a él". Y Elliot descubre que todo el hospital -excepto el conserje- se burla de su nuevo aspecto, y ella tendrá que deshacerse de él o no preocuparse por lo que piensen.

El Dr. Kevin Casey, el asistente médico y cirujano, llega al hospital para impresionarlos con sus extraordinarias habilidades médicas y su grave caso de trastorno obsesivo compulsivo. Hace pasar un mal rato a JD por su búsqueda eterna de un mentor. Sorprende a Turk con sus extraordinarias habilidades quirúrgicas. Y toma el puesto de Cox como el mejor médico en ese hospital.

La boda de Turk y Carla causa tensión entre los invitados, especialmente entre Elliot y J.D., cuya relación había empeorado la semana anterior. Turk intenta trabajar un poco más tarde para tener una luna de miel prolongada, pero ¿logrará llegar a su gran día a tiempo?

El Dr. Clock intenta reconciliar a J.D. y Elliott, mientras espera para ver a cuál de ellos el Dr. Cox le dará el puesto de Residente Jefe.

Un procedimiento arriesgado intimida a J.D., debido a la amenazante advertencia de Cox a los residentes de que "a veces cometerán errores [y] matarán a un paciente".

J.D. besa a Molly en su fiesta de despedida. Luego obtiene la aprobación de Elliot para dormir con Molly antes de que ella se vaya. El Dr. Cox tiene que cumplir servicio comunitario en una ambulancia con un paramédico que habla sin parar.

J.D. es abordado por un abogado por negligencia médica, pidiéndole que realice un procedimiento arriesgado en su padre. Mientras tanto, Elliot guía a Doug hacia una nueva carrera y Turk lucha por evitar a un paciente hipocondríaco.

J.D. intenta hacer pasar a Elliott como su "compañera" pero se sorprende al descubrir que ella se da cuenta de algo antes que él. Turk tiene una realización y trata de aceptar su diabetes. Mientras tanto, El Conserje intenta impresionar a Elliott reuniendo al "Círculo de Cerebros" para opacar a la banda de Ted.

La cita de JD con Kylie no sale según lo planeado, y cuando JD menciona el SARS, comienza una cuarentena. Carla y otros cuentan sus horribles primeras citas, y Turk descubre que Carla una vez salió con el Dr. Cox. Ted y Doug pelean por Danni, quien ha vuelto a la ciudad, y el conserje hace una apuesta con el Dr. Kelso que lo pone en una gran deuda. El cumpleaños de Laverne se arruina cuando todos los demás en cuarentena quieren probar su pastel favorito, especialmente Kelso.

J.D, frustrado por lo lento que van las cosas con Kylie, abandona sus planes cuando Molly vuelve a la ciudad. El conserje solicita la ayuda de Elliot para ganar una apuesta contra el Dr. Cox.

Turk afirma que no desea atención como Cox. Para demostrarle lo contrario, Cox se lleva el crédito cuando Turk salva la vida de un hombre. Mientras tanto, Elliot intenta *no* arruinar su relación, y es una batalla de ingenio entre Kelso y el conserje.

Carla sigue siendo la única que sabe que la beca de Elliot fue cancelada. J.D. cumple 30 años y siente la necesidad de lograr algo. Turk está luchando por un puesto de médico especialista. Elliot quiere que Jake se abra pero no está preparada para manejarlo.

La hermana del Dr. Cox llega al hospital. Es una cristiana renacida que quiere que él participe en el bautismo de su hijo. Perry, por supuesto, no quiere tener nada que ver con eso, ni con ella en general.

Episodio número cien. Como homenaje a "El mago de Oz", los cuatro compañeros emprenden un viaje similar. Turk necesita un corazón de un paciente para ser el primer residente en ayudar a realizar un trasplante de corazón interno. Carla necesita coraje para tener un hijo con Turk, aunque no soporte a los bebés. Elliot necesita inteligencia para hablar en un seminario médico. Y J.D, bueno, solo quiere llegar a casa...

J.D., Turk, Elliot y Carla son acusados de negligencia y deben enfrentar un interrogatorio por parte de Cox y Kelso, cuando un paciente muere inesperadamente durante su turno.

Los miembros del personal del Sagrado Corazón intentan diferentes formas de distraerse del hecho de que una paciente querida, la Sra. Wilk, debe someterse a un procedimiento extremadamente arriesgado. Mientras J.D. y Elliot intentan tener suerte en el amor, o tal vez solo encuentren compañeros sexuales, el Dr. Cox encuentra un nuevo compañero de bebida en el conserje, y Carla anima a Turk a luchar por un gimnasio hospitalario amigable para las mujeres.

Cuando el Dr. Cox se burla de leer líneas con un paciente que se prepara para una obra de teatro, J.D. insta a sus compañeros médicos a hacer cosas especiales y no convencionales por sus pacientes. Pero cuando J.D. consigue una cita con una chica guapa que ama su cabello, no está seguro de poder raparse la cabeza por una mujer que está recibiendo quimioterapia. Turk y Carla intentan eliminar todo el estrés para aumentar sus posibilidades de concebir, pero Turk tiene que competir por un puesto de residente quirúrgico y Carla pierde al paciente VIP del Dr. Kelso. Mientras tanto, Elliot le hace regalos estúpidos a Keith.

J.D. se ve obligado a mostrarle a su hermano Dan un amor duro cuando llega a la ciudad. Carla y Turk eligen nombres para el bebé. El Dr. Cox se da cuenta de las consecuencias de hacer comentarios negativos sobre el hijo de Kelso.

J.D. intenta planificar la cita perfecta para la Dra. Briggs, pero Elliot siempre se interpone. Elliot planea un baby shower para Carla mientras otras dos mujeres también descubren que están embarazadas.

Carla está encontrando difícil la decisión de regresar al trabajo después de tener al bebé. Elliot trata con otro médico, lo cual siempre es difícil. JD y Kim tratan de descubrir cuánto tienen en común.

Un paciente escucha cantar a todos, convirtiendo Sacred Heart en un espectáculo musical. Mientras tanto, Elliot decide si J.D. debería mudarse con ella, y Carla decide si debe volver a trabajar.

El amigo del Dr. Kelso es admitido en el hospital, pero lo que no sabe es que ella no tiene ningún seguro. También se da cuenta de que el personal está robando batas del hospital. Mientras tanto, Carla está siendo chantajeada por el conserje.

Dr. Cox y la enfermera Roberts discuten sobre si hay una razón para que las cosas sucedan.

Después de despedirse de la enfermera Roberts, el personal de Sacred Heart pone en práctica algunas de sus lecciones en sus vidas. Aunque Carla piensa que todos lo han olvidado, el Dr. Cox se toma un tiempo para reflexionar sobre su propósito; Elliot abre su corazón a Keith; y J.D. y Turk aprenden compasión.

¿Cómo tomará JD la noticia de su compromiso, si Elliot hace que Keith vuelva a pedirle matrimonio para que todo sea exactamente como ella lo imaginó?

En el final de temporada, J.D. y Elliot comienzan a pensar en su futuro y si ambos cometieron un error al no estar juntos. El conserje activa el "Consejo de Cerebros" para idear el regalo de bodas perfecto para Elliot.

Aunque Elliot presume de que a través de su práctica privada puede llegar a conocer a sus pacientes, a nadie parece importarle. Carla está asombrada de cómo el conserje pudo conseguir una novia tan atractiva.

Cuando el Dr. Kelso le dice al conserje que a nadie le importa lo que piensa, él comienza un periódico llamado "The Janitorial" para demostrarle lo contrario. J.D. y Turk pelean por sus problemas de masculinidad, mientras que el Dr. Kelso es demasiado orgulloso para pedir ayuda con uno de sus problemas.

Elliot y J.D. descubren un cambio importante en su relación cuando pasan tiempo juntos buscando a un antiguo paciente.

El Dr. Cox le cuenta a su hijo la historia de un día típico en Sacred Heart en forma de cuento de hadas antes de dormir.

Todos van a las Bahamas para sorprender al conserje y a la Señora y asistir a su boda. Mientras están allí, J.D., Turk y el Dr. Cox se dan cuenta de que sus relaciones están en problemas.

A medida que se acerca la boda de Janitor y Lady, J.D., Dr. Cox y Turk intentan abordar los problemas que están dañando sus relaciones.

J.D. es abordado por un abogado por negligencia médica, pidiéndole que realice un procedimiento arriesgado en su padre. Mientras tanto, Elliot guía a Doug hacia una nueva carrera y Turk lucha por evitar a un paciente hipocondríaco.

J.D., Turk, Elliot y Carla son acusados de negligencia y deben enfrentar un interrogatorio por parte de Cox y Kelso, cuando un paciente muere inesperadamente durante su turno.

Elliot se enamora de un paciente que no captará la indirecta y no la invitará a salir. J.D. está frustrado por la naturaleza competitiva de Turk.

Carla está encontrando difícil la decisión de regresar al trabajo después de tener al bebé. Elliot trata con otro médico, lo cual siempre es difícil. JD y Kim tratan de descubrir cuánto tienen en común.

Carla sigue siendo la única que sabe que la beca de Elliot fue cancelada. J.D. cumple 30 años y siente la necesidad de lograr algo. Turk está luchando por un puesto de médico especialista. Elliot quiere que Jake se abra pero no está preparada para manejarlo.

La hermana del Dr. Cox llega al hospital. Es una cristiana renacida que quiere que él participe en el bautismo de su hijo. Perry, por supuesto, no quiere tener nada que ver con eso, ni con ella en general.

Episodio número cien. Como homenaje a "El mago de Oz", los cuatro compañeros emprenden un viaje similar. Turk necesita un corazón de un paciente para ser el primer residente en ayudar a realizar un trasplante de corazón interno. Carla necesita coraje para tener un hijo con Turk, aunque no soporte a los bebés. Elliot necesita inteligencia para hablar en un seminario médico. Y J.D, bueno, solo quiere llegar a casa...

Los miembros del personal del Sagrado Corazón intentan diferentes formas de distraerse del hecho de que una paciente querida, la Sra. Wilk, debe someterse a un procedimiento extremadamente arriesgado. Mientras J.D. y Elliot intentan tener suerte en el amor, o tal vez solo encuentren compañeros sexuales, el Dr. Cox encuentra un nuevo compañero de bebida en el conserje, y Carla anima a Turk a luchar por un gimnasio hospitalario amigable para las mujeres.