Michael Scofield está encarcelado en la Penitenciaría Estatal de Fox River. Encuentra a su hermano, Lincoln Burrows, quien es un prisionero condenado a muerte, y le dice que va a sacarlos a ambos de la prisión.

Los problemas son inevitables en la prisión, con un motín racial inminente. Michael tiene problemas para recuperar un tornillo de las gradas. Veronica recibe una cinta de seguridad que muestra a Lincoln disparando a Terrence Steadman.

Dos pasos adelante y uno atrás. Michael consigue a Abruzzi de su lado y demuestra la confiabilidad de Sucre, pero luego pierde una pieza valiosa de su plan.

Michael obtiene más de las herramientas y personas que necesita, pero alguien muy importante ha tomado nota y ha empezado a preguntarse qué está tramando.

Michael obtiene una pieza de información necesaria para lograr su escape, pero ¿podrá evitar que el Director lo eche?

La idea de Michael de obtener más tiempo de perforación provocando un cierre se vuelve en su contra de manera horrible.

Michael salva al Dr. Tancredi de los presos amotinados, pero Lincoln y Veronica necesitan su propio rescate.

Verónica, Nick y LJ deben esconderse, mientras Bellick sin saberlo proporciona la motivación de Westmoreland para ayudar en la fuga.

Con Abruzzi volviéndose más desesperado por recuperar autoridad dentro de la prisión, parece que el tiempo de Fibonacci se ha agotado.

Michael le entrega una dirección a Falzone, permitiendo que el trabajo se reanude en el túnel. Mientras tanto, el vicepresidente recluta la ayuda de un especialista peligroso.

Michael recibe una visita de su esposa, mientras que Veronica y Nick reciben una visita de Quinn.

C-Note escucha a Michael y Lincoln discutir que hay demasiados fugitivos para el tiempo disponible y comparten la información con el grupo diciendo que uno deberá quedarse atrás. T-Bag se siente amenazado y llama a su primo James Bagwell, revelando el plan de escape y pidiéndole a James que llame al Alcaide Pope en caso de que T-Bag no se comunique con él más tarde. Abruzzi le pide a su hombre de confianza que secuestre a James, pero las cosas salen mal y el mafioso mata a James y a su hijo de cinco años, Jimmy. Abruzzi se siente culpable por la muerte del niño y siente la necesidad del perdón de Dios, pero T-Bag traiciona a Abruzzi como Judas. Mientras tanto, Veronica y LJ llevan a Nick al hospital y mientras está en cirugía, LJ escapa para ver el funeral de su madre. Daniel Hale ve al adolescente en el cementerio pero no lo arresta; más tarde le dice a su esposa que deberían mudarse al oeste y hace una llamada anónima a Veronica para programar una reunión en el Highland Cafe. Maricruz le dice a Sucre que está embarazada pero se casará con Héctor. El Capitán Bellick presiona a David para que delate a Michael, informando todo lo que dice. Michael prueba el plan de escape e informa al grupo que están listos para ir esa noche, pero Lincoln es enviado a confinamiento solitario protegiendo a su hermano.

El escape está a punto de llevarse a cabo cuando el equipo se topa con un obstáculo de acero inoxidable, mientras que Veronica llega apenas un momento tarde para obtener toda la información que necesita para demostrar la inocencia de Lincoln.

Con la tubería hacia la enfermería reemplazada y la vida de Lincoln en peligro, Michael debe replantear su plan de escape y salvar la vida de su hermano. Un compañero de prisión puede tener la clave para evitar la ejecución de Lincoln.

El plan de Michael para escapar ha fracasado. Mientras Lincoln está atado a la silla eléctrica, ve un rostro extrañamente familiar en la multitud. ¿Hay alguna última esperanza para salvar la vida de Lincoln, o ha llegado su viaje a su fin?

Los flashbacks proporcionan exposición sobre cómo los reclusos llegaron a la Penitenciaría de Fox River, desde la incriminación de Lincoln por parte de The Company hasta la creación del plan de Michael para salvar la vida de su hermano.

Después de quemarse el hombro, el tatuaje de Michael que mostraba el camino a través del pabellón psiquiátrico ahora está incompleto. Con otro recluso intimidado para delatar los planes de escape, Michael Scofield debe usar su ingenio para encontrar una nueva forma de salir de la prisión de Fox River.

Improvisando un nuevo plan, Michael busca a un conocido que podría tener la clave para su plan de escape. En la población general, los otros miembros del equipo de P.I. descubren que los guardias están subastando la celda de Michael al mejor postor. Lincoln y Sucre idean un plan para lograr que Michael regrese a la población general. Veronica informa a Lincoln que L.J será juzgado por el asesinato de su madre, y Lincoln desea ver a su hijo.

Después del accidente, Kellerman intenta asfixiar a Lincoln, pero es salvado en el último momento por un desconocido. Sucre sale del confinamiento solitario y Michael les dice a sus compañeros que ha completado el mapa, pero necesita la llave de la enfermería. Abruzzi regresa a Fox River, aparentemente convertido en un hombre religioso. El director Pope envía al Capitán Bellick a buscar a Lincoln antes de notificar a las autoridades. Nick intenta convencer a Veronica de que están perdiendo tiempo revisando las llamadas del teléfono celular de Quinn. Michael besa a Sara y le pide que espere por él. Tweener tiene problemas con Avocado y castra al abusador. Lincoln ve que el desconocido es en realidad su padre, y este le explica que trabajaba para una poderosa compañía y que Lincoln es víctima de una gran conspiración en su contra. Había filtrado información de EcoField y lo utilizaron a él para obligarlo a presentarse. Michael pide ayuda a Nika. Veronica encuentra muchas llamadas de Montana en el teléfono de Quinn. El Vicepresidente le dice a su hermano que está vivo solo gracias a ella, y él responde que no entiende cómo no la han matado aún. Abruzzi se encuentra con T-Bag y le pide que olvide todo, y hacen una tregua. Nika busca a Sara y le cuenta sobre su vida y cómo Michael la ayudó, pero en realidad roba la llave de Sara. Un chico ve el Mustang en un desguace donde Aldo y Lincoln están escondidos, pero Kellerman intercepta la conversación y se dirige al lugar. Sin embargo, la policía llega y el Capitán Bellick arresta a Lincoln, salvándolo de Kellerman. Sara busca su llave y recuerda su encuentro con Nika Volek; llama al servicio de mantenimiento para reemplazar la cerradura. Nick trabaja para Abruzzi. Michael invita a David y este traiciona el plan al Capitán Bellick. Lincoln regresa a Fox River bajo vigilancia las 24 horas del día.

Westmoreland utiliza a Bellick para tapar un agujero en el plan de escape, lo que obliga a Michael a adelantar el cronograma de fuga. Un temeroso Tweener promete lealtad a Michael y, a cambio, puede salir de la cárcel gratis; Michael siente que no tiene más opción que involucrar a Sara en el plan y debe traicionar a su figura paterna; y Veronica ve su vida en peligro por parte de su aliado más cercano, quien tiene una conexión sorprendente con un recluso de Fox River.

El equipo comienza a escapar del agujero en la celda de Scofield.

A medida que la fuga continúa, se pierden vidas y el Papa y Bellick hacen todo lo posible por capturar a los convictos.

Es la mañana después de su escape de la prisión de Fox River, y los reclusos evitan por poco ser atrapados por Bellick mientras saltan a un tren de carga. El agente especial del FBI Alex Mahone ha sido asignado a su caso y convoca una conferencia de prensa instando al público a entregar a los "Fox River 8". Michael, Lincoln, Abruzzi, C-Note y Sucre se encuentran con un cazador y su hija. Él los apunta con un arma hasta que Abruzzi toma a la hija y obliga al cazador a darles su SUV y dejarlos ir. Los fugitivos se dirigen a un lugar donde Michael tiene cosas guardadas. El agente Mahone rastrea la tarjeta de crédito de Michael hasta una instalación de almacenamiento en Oswego, pero rápidamente descubre que uno de los tatuajes de Michael contiene la ubicación real. El tatuaje de Michael "Ripe Chance Woods" es una pista que apunta a un cementerio donde Michael tiene objetos enterrados en la tumba de "E. Chance Woods". Justo dos pasos detrás, el agente Mahone llega a la escena justo cuando los reclusos han reunido lo que necesitan. Mientras tanto, T-Bag descubre una clínica veterinaria y obliga al veterinario a volver a unirle la mano amputada. La Dra. Sarah Tancredi se recupera de su sobredosis. Dentro de su bolso, encuentra un cisne de origami dejado por Michael con un mensaje que dice: "Hay un plan para arreglar todo esto" y un código. El código es una serie de números que lee 3221243324 para la primera línea, 4221312231 para la segunda y 23133121 para la tercera. Veronica localiza a Terrance Steadman en Montana y descubre que las puertas están cerradas desde el exterior, manteniéndolo como rehén (aunque de manera voluntaria). Veronica llama al 911 y luego habla con Lincoln y le cuenta lo que ha descubierto. Empleados de The Company llegan y matan a Veronica por haber descubierto su conspiración y haber encontrado a Steadman. Lincoln

El agente del F.B.I. Mahone decide utilizar a L.J. para llegar a Michael y Lincoln, haciendo un trato con él y haciéndolo engañar a los dos fugitivos para que revelen su ubicación. Michael y Lincoln deciden que solo pueden hacer una cosa: rescatar a L.J. en una audaz incursión en la cárcel del condado. Solo hay un problema, Mahone está personalmente custodiando a L.J. y no lo dejará fuera de su vista.

Con hospitales y clínicas bajo vigilancia, Michael lleva a Lincoln a la casa de Nika para que sane su pierna herida. Luego regresa al lugar donde estacionó su Accord y descubre que el auto ha sido remolcado. Mientras tanto, el agente Mahone recupera la mochila de Michael con su pasaporte de un vagabundo que rompió la ventana trasera del auto de Michael para robar la mochila. Michael va al depósito de Brewster Towing para recuperar su auto. Mientras tanto, Sucre descubre que Maricruz se casará con Héctor en un par de días y se dirige a Nueva York en un auto robado. Sara es arrestada y su padre la visita, paga su fianza y le ordena que cuente una versión falsa sobre el incidente en Fox River, ya que él será el próximo Vicepresidente de los Estados Unidos. Más tarde, ella va a rehabilitación donde Kellerman finge ser un paciente adicto. C-Note programa una reunión con su esposa, pero su conversación es interceptada por el agente Mahone. Bellick y Geary se encuentran por casualidad y luego se unen para obtener la recompensa de $400,000 por capturar a Michael y Lincoln. Van a Fox River y Bellick interroga a Manche Sanchez, quien revela el plan de los fugitivos. Michael y Lincoln simulan un accidente automovilístico para escapar de Mahone, pero no se dan cuenta de que Bellick y Geary los siguen de cerca.

Michael, Linc y Nika son capturados por Bellick y Geary, quienes intentan recuperar el dinero de Westmoreland en Utah. Tweener continúa su viaje con Debra Jean. Abruzzi se reúne con su esposa e hijos y planea huir del país con ellos, pero decide ocuparse de Fibonacci primero. T-Bag tiene un susto cerca de la policía en una gasolinera de Nebraska, y luego se hace pasar por un marine que perdió una mano en Iraq. Mahone espera confirmación de la muerte de Michael y Linc en la explosión del automóvil, y al mismo tiempo obtiene pistas sobre uno de los otros fugitivos. Kellerman (haciéndose pasar por un adicto en recuperación llamado Lance) entabla amistad con Sara.

En sus esfuerzos por tratar de hacerse con todo el dinero, Sucre se encuentra con algunas dificultades inesperadas. Y el Capitán Bellick y su compañero no se han dado por vencidos en encontrar a sus antiguos reclusos.

Michael intenta recuperar un objeto del Jardín Botánico de Blanding en Utah, pero el equipo de Mahone llega primero. Mahone cree que alguien de su equipo está filtrando información a la prensa; mientras tanto, Michael investiga a Mahone en un café de Internet y luego viaja a Durango, Colorado, para ver a una mujer allí. Linc y L.J. están en la carretera en Arizona. C-Note está en Chicago, y el Agente Lang intenta utilizar a su esposa para capturarlo. Bellick y Geary llaman al oficial Patterson, en la prisión de Fox River, para obtener información sobre dónde buscar a T-Bag. Sara está en un motel en Elgin, Illinois, tratando de descifrar el código de Michael. T-Bag llega a Tribune, Kansas, en busca de "romance", como él lo llama. Kellerman está siguiendo a Sara.

El capitán Bellick tortura a T-Bag para obtener el dinero, durante lo cual T-Bag se traga la llave y Bellick utiliza trucos sucios para sacar la llave. Bellick y Mac dejan a T-Bag en el límite de la policía. Sarah y Michael Scofield se encuentran, pero son constantemente perseguidos por Alexander Mahone. Michael se acerca a la impotencia de Mahone. Mientras tanto, Lincoln Burrows y LJ son rescatados por el padre de Lincoln, pero aún no están protegidos de los sucios juegos políticos. Sucre intenta contactar a Maricruz, pero ese plan falla debido a que la policía estatal hace rondas.

En Maljamar, Nuevo México, Michael toma lo que necesita de una tienda de artículos deportivos y luego tiene una crisis de conciencia. En Tribune, Kansas, T-Bag escapa por poco de la policía pero tiene que dejar su mano atrás. En Trinidad, Colorado, los tres Burrows discuten política, pero enfrentan una amenaza inesperada. En Gila, Nuevo México, Kellerman ata a Sara y resuelve obtener lo que necesita de ella. Mahone conoce a Kim por primera vez. Bellick recibe tratamiento por el golpe en la frente e interactúa con un detective de policía local.

Continuando desde donde lo dejamos, Sucre, Michael, Linc y Aldo están juntos, con Mahone pisándoles los talones. Sara está boca abajo en la bañera mientras Kellerman se prepara para deshacerse de su cuerpo. C-Note está en Harvey, Dakota del Norte, con Kacee y Dede, quien necesita su medicación. En Tribune, Kansas, el detective Slattery interroga a Bellick.

La Patrulla Fronteriza arresta a Michael y Lincoln, salvándolos de Mahone que afirma que quiere recuperar su vida. Sucre cruza la frontera y salta en paracaídas en el Desierto de Sonora en México. T-Bag va a un bar de veteranos de guerra en Pratt, Kansas, y roba un trabajo protésico a un sargento veterano. Michael y Lincoln son detenidos en la Instalación de Detención de la Patrulla Fronteriza, en Las Cruces, Nuevo México, esperando el transporte a la Prisión Fox River, pero Bill Kim ordena a Mahone que los mate. T-Bag conoce a Denise, que trabaja en la oficina de correos, y la seduce para obtener la dirección de Susan Hollander. Bellick es enviado al Tribunal de Distrito en el Condado de Greeley, Kansas, y le niegan la fianza. Hace un trato para ser enviado a la Prisión Fox River esperando tener una buena vida. Sin embargo, el nuevo director decide usarlo como ejemplo de la nueva administración. Mientras tanto, Mahone intenta transportar a los prisioneros, pero el procedimiento estándar no lo permite. Kellerman hace un acuerdo para interceptar el convoy en un túnel bloqueado y matar a los prisioneros. Sin embargo, Michael y Lincoln son ayudados por un aliado sorprendente. T-Bag encuentra a Susan.

Linc y Michael han decidido tomar las llaves y escapar, pensando que al menos lucharán hasta el final. El agente especial del FBI Alexander Mahone los persigue mientras se mantiene en contacto con el agente especial del Servicio Secreto Paul Kellerman, quien de repente dispara a Mahone y les da un paseo a los hermanos porque quiere vengarse de la Casa Blanca; Linc prefiere vengarse, pero le ofrecen la ubicación de Terence Steadman. T-Bag visita a su ex novia, quien le dice a los niños que él es su tío Teddy en una plataforma petrolera, pero se muda allí; cuando ella busca un arma, él la ataca y su hijo lo ataca a él, así que convierte la casa en una prisión privada. En la prisión, el antiguo jefe Bellick, quien ingenuamente hizo un trato para cumplir su condena en Illinois, tiembla entre la población general entre los prisioneros a los que abusó y sus compañeros, él no tiene ninguno ya que el nuevo director lo ve como un ejemplo de su nuevo y limpio barco; pronto se da cuenta de que no puede complacerlos y trata de ser duro; un guardia leal le advierte que el turno de noche está del lado de sus enemigos, ya que los trató mal. Benjamin Miles 'C-Note' Franklin intenta salvar a su esposa Kacee, quien está bajo custodia, aconsejándole que ponga toda la culpa en él; después de escuchar lo asustada que está su chica, le pide ayuda a uno de sus amigos para huir mientras ella está en libertad bajo fianza, pero el juez se niega a conceder la fianza. Mahone despierta en el hospital y le informa a Kim sobre la traición de Kellerman y la fuga de los hermanos, que está siendo noticia en la televisión, pero se niega a jugar más, incluso si eso significa ir a la cárcel; cuando su esposa Pam llama diciendo que su hijo está herido, sale corriendo hacia Colorado, pero lo detienen para decirle que es una advertencia para obligarlo a seguir las ór

En Cutback, Montana, Kellerman atrae a la policía y Michael y Lincoln secuestran al camarógrafo Greg de Fox News y logran escapar del asedio. Michael y Lincoln deciden grabar un mensaje para ser transmitido en las Noticias de Última Hora. Mahone está de regreso en Chicago y analizando el mensaje; interroga a Greg y este le cuenta que escuchó a Michael decir que debían recorrer 460 millas en seis horas. Mahone deduce que tienen la intención de reunirse con la Presidenta Caroline en Denver. Wheeler discute con Mahone y le grita que el Departamento de Asuntos Internos le pidió que siga todos los movimientos de Mahone. Bellick está gravemente herido en la enfermería de Fox River. Sucre entabla amistad con un viejo pasajero en un autobús hacia Ixtapa; sin embargo, el conductor le pide que se baje en un pequeño pueblo y Sucre roba el Volkswagen del anciano. En Algoma, Winsconsin, Haywire hace amistad con una joven pareja y la chica tiene moretones en el brazo; ella cuenta que su padre alcohólico y abusivo la golpeó.

Sara se encuentra con Michael y Lincoln en una estación de tren en Evansville, Indiana; cuando ve a Kellerman con ellos, se perturba y se pone molesta. Kellerman le dice que ella tiene una llave de un club privado de cigarros en Chicago. Caroline llama a Kellerman y él le dice que se dirige a Chicago en tren, y ella promete devolverle su vida, incluido el puesto de jefe de personal. T-Bag le dice a Susan que están pasando por un "período de ajuste" en sus vidas; cuando ella le dice que tendrá una invitada llamada Patty Wallace, T-Bag recibe a Patty con un magnífico brunch familiar y utiliza la figura de padre autoritario para disciplinar a Zack, seduciendo a la invitada con su encanto y actitud. Wheeler informa las acciones de Mahone a la sede del FBI y descubren que Haywire mató a un hombre en Algoma, Wisconsin. Mahone visita a Bellick en River Fox, lo libera utilizando un habeas corpus para que haga su trabajo sucio, y le da un auto, una pistola y una placa del FBI al hombre despreciable. Bellick persigue y atrapa a Haywire, y espera a Mahone. En Benson, Minnesota, C-Note y Dede están saliendo de un bar cuando un ladrón adicto anuncia un atraco. Cuando Kellerman ve un bloqueo en el tren, se da cuenta de que fue traicionado.

El Capitán Brad Bellick entra a la oficina del FBI exigiendo que Mahone le pague. Michael y sus compañeros están impresionados con las grabaciones en el dispositivo, pero solo ayudará si los contactos de Kellerman en Washington lo usan adecuadamente, en particular el alto funcionario de Justicia, Cooper Green, quien acepta reunirse y cooperar, pero es seguido por hombres de Kim. Linc llama a su hijo L.J., quien se niega a renunciar a su vida relativamente normal hasta nuevo aviso. Sarah se encuentra con Bruce Bennett. Bellick intenta sobornar al primo encarcelado de Sucre para que revele su paradero en México. T-Bag encuentra al terapeuta Dr. Stammel, quien se parece a él, y lo asesina para robar su identidad. Mahone recibe la orden de deshacerse de C-note de una vez por todas cuando Kim cree que tiene a Scofield; promete seguir cuidando de la familia de C-note, pero solo si utiliza el contenido de un paquete que enviará a su celda: una soga. Sarah llega demasiado tarde para llamar a Linc, el verdadero Cooper Green está en su oficina, pero Michael engaña al falso, quien fingía tener asma, justo a tiempo y lo derriba. Paul Kellerman visita a su hermana Kristine. Fernando Sucre está en el cielo en la cama con Maricruz Delgado cuando su bebé patea. El verdadero Cooper Green podría ayudar con la cinta, pero luego descubre que el dispositivo de memoria tiene la fecha de copia, no la fecha de grabación, sin la cual no es admisible como prueba, solo para chantajear al presidente para que firme un indulto.

C-note ha saltado con la soga alrededor de su cuello, pero es salvado por los carceleros; le dicen a Mahone que aún lo hará. En un hotel de Chicago, se espera la llegada de la presidenta Caroline Reynolds para un discurso. Michael envía al verdadero Cooper Green lejos y acuerda un punto de encuentro con Linc y Sarah. Mahone entra en la habitación de Sarah y solo finge no encontrarla debajo de la cama para atraparla, ella finge que los hermanos la dejaron. En México, T-bag descubre que Bellick está esperando en la cinta transportadora de equipaje y debe obtener el suyo desde el lado del servicio, pero el obrero al que golpea cae sobre él, por lo que debe huir. Lincoln sorprende a su antiguo compañero Derrick Sweeney y le pide un favor: tres boletos en un barco de carga para Panamá. Kellerman está listo para dispararle a la malvada presidenta, pero cuando está a la vista de Michael, es arrestado justo después de estrecharle la mano, y es interrogado por Kim, quien exige estar a solas con él, para preguntarle dónde está Linc, luego intenta literalmente sacarle la información a golpes; la presidenta entra y saca a Kim justo cuando estaba a punto de dispararle a Michael; le dice que la cinta es una conversación delicada que tuvo con su hermano después de su "muerte", y aún tiene copias en veinte lugares. Fernando ve en la televisión que T-bag está en México y fue grabado intentando robar, por lo que deduce que los $5,000,000 deben estar cerca y le dice a Maricruz que regresará enseguida; a su regreso, solo está Bellick, armado y esposando a Sucre, para cobrar la recompensa, por lo que Fernando ofrece compartir los $5,000,000 encontrando a T-bag. Sarah adivina correctamente que Mahone está bajo el efecto de una droga adictiva. Caroline llama a Linc, quien reproduce la cinta que demuestra que su hermano estaba vivo

Ahora que Caroline Reynolds ha renunciado como presidenta, ya no puede firmar un indulto, por lo que los hermanos deben desaparecer de inmediato, para siempre. En el muelle, Sarah se da cuenta de que la están siguiendo y finge, en el teléfono, que ya está a bordo, por lo que ellos zarpan sin ella mientras es arrestada. Lincoln impide que Michael regrese por ella. Una semana después, un alto funcionario del FBI ofrece a C-note una sentencia más leve a cambio de su testimonio contra Mahone, incluso libertad y protección de testigos para su familia. Fernando toma la pistola de Bellick mientras busca a T-bag, pero Bellick muestra un crucifijo para demostrar que tiene a Maricruz. El desgraciado disfruta de su fortuna con una mujer de la calle que interpreta a su Susan-Q. Los hermanos llegan a Cristobal, Panamá. Mientras tanto, el equipo de Mahone deduce que los tatuajes de Scofield se refieren a su madre, Christina, presumiblemente muerta, y él supone que su ordenador contenía mucha información sobre Panamá por alguna razón. El hombre en el poder interroga a Kim en un pequeño barco y decide cambiar la estrategia. Mahone descubre las intenciones de su colega del FBI, Wheeler. C-note se reúne con su familia y es liberado. Los hermanos tienen una pelea, atormentados por la culpa de demasiadas personas inocentes que sufren por sus buenas intenciones, luego abordan un yate llamado Christina. Mahone le dice a Kim que no está contento con los resultados, ya que sigue separado de su familia, pero le dicen que ahora necesita ayuda para escapar y, por lo tanto, debe ir a México para ayudar a T-bag.

Linc encuentra que Michael ha desaparecido de su yate Christina Rose después de recibir el mensaje de Sucre (también interceptado por Mahone, quien piensa haber encontrado una salida); el despreciable T-bag está en el hotel Fin del Camino de la Ciudad de Panamá con el dinero. Un petardo que paga a un niño local para que plante muestra a Michael las dos plantas de Mahone en la plaza, pero Bellick saca su arma, acompañado por Fernando, quien niega haber enviado el mensaje. Scofield huele una trampa y establece sus objetivos: dinero para Bellick, Maricruz para Sucre, T-bag para él, luego le recuerda a Fernando en privado que Maricruz es su prioridad legítima, no la venganza. El juicio de Sarah Tancredi continúa y el juez permite mostrar la cinta de Michael que la absuelve; su abogado le aconseja que acepte una condena de doce años, en realidad nueve años en seguridad máxima. Cuando T-bag se va, los dos hombres de Mahone lo siguen, seguidos por el trío de fugitivos. Mahone es atacado repentinamente por Lincoln, quien lo llama el asesino de su padre. El trío sorprende y desarma al dúo de Mahone, que no lleva identificación del FBI, y luego a T-bag, pero escuchan sirenas de la policía afuera. Después de alinear sus medallas y ponerse su uniforme, Paul Kellerman se dispara en la cabeza, pero su pistola se atasca; su hermana insiste en que es una señal para comenzar una nueva vida. Él va a testificar en favor de Sarah. En lugar de dinero, Fernando encuentra a una chica herida, T-bag escapa corriendo mientras la policía entra; Michael y Sucre los siguen por la escalera de incendios, un coche que lo roza hace que T-bag sea atrapado nuevamente. Él trata con Michael para intercambiar su escape, sin el dinero, por información, pero Scofield decide dejarlo en la embajada. El monstruo encuentra un destornill

De vuelta en el yate, Michael se da cuenta de que Lincoln se ha ido y lo llama. Alex Mahone le dice que Linc no es un asesino despiadado, por lo que fue dominado y esposado, y el rescate es el yate y la fortuna que supone que está en él, que deben acordarse en cinco minutos. Ahora Mahone es incluso más buscado que los hermanos. El testimonio autoincriminatorio de Kellerman y los documentos que trae hacen que todos los cargos contra Sarah y Lincoln sean retirados, y él es arrestado. Mahone llama a Kim para que vuele de inmediato. Alex llama a su esposa para que lleve a los niños de vacaciones a su Colombia natal, en Cartagena. A pesar de haber perdido el 30% de sangre, Fernando sale del hospital para informar de la desaparición de Bellick, quien ya está en la cárcel y se une a T-Bag. El vendedor Chaco presenta a Michael a un propietario local de yates al que sugiere cobrar la recompensa de $100,000 por su cabeza, luego hace una mejor oferta. Mahone llama a la policía con la intención de incriminar a los hermanos por su intento de asesinato contra "un asiático", pero Michael se niega a entregar el dinero y Kim aparece temprano, con refuerzos armados. Mahone huye pero es arrestado. Kellerman sabe la situación en la que está involucrado y espera ser asesinado, por lo que se organiza un problema en el transporte hacia la prisión y un hombre enmascarado lo dispara. Chaco entrega a los hermanos, quienes se llevaron el dinero e intentaban huir y no mirar hacia atrás, un barco miserable con una sorpresa invaluable: Sarah y las buenas noticias para Linc, con buenas esperanzas para Michael. Justo en ese momento, Kim aparece, rechaza el dinero, apunta a Linc y Sarah le dispara. La policía llega, persiguiendo y atrapando al trío. Michael toma el arma y finge tomar a Sarah como rehén, luego se

Michael está una vez más encarcelado, pero ahora en SONA (Panamá), junto con T-Bag, Mahone y Bellick. La prisión es gobernada exclusivamente por los reclusos, cuyo señor de la prisión local, Lechero, se siente amenazado por la "fama" de Scofield. Lincoln intenta medios legales para trasladar a Michael, y recibe una llamada de un familiar. Ambos reciben el mismo mensaje, a través de diferentes canales, de The Company.

Después de recibir malas noticias de Lincoln, Michael se dispone a encontrar a un prisionero llamado James Whistler, quien tiene la clave de su libertad. Eso es más fácil decirlo que hacerlo: James Whistler se está escondiendo en Sona porque hay un precio por su cabeza, y Lechero no está dispuesto a ayudar a Michael a encontrarlo. Además, tanto Mahone como Bellick también quieren llegar a Whistler. Mientras tanto, T-Bag no permitirá que un poco de humillación le impida ganarse el favor de Lechero.

Lincoln intenta salvar a LJ y Sara. Pero no puede. Mientras tanto, Michael tiene una conversación telefónica con Sara. Y Lincoln recibe una llamada de Susan B. diciendo que dejó algo en el garaje para él.

Después de la muerte de Sara, Lincoln decide no contarle a Michael sobre ello. Susan B. le dijo a Lincoln que si volvía a hacer algo mal, iba a enviarle partes de LJ. Mientras tanto, Sucre consigue un trabajo en Sona. Y Sofia comienza a ayudar a Linc.

Un prueba con una rata demuestra que los francotiradores de la torre son muy buenos, por lo que Michael concluye que la única opción para sacar a Whistler de la cárcel en menos de 24 horas es a las 3 PM, durante la distracción del partido de fútbol. Sucre acepta $5,000 de Augusto, el primo de Lechero, para introducir un paquete en Sona. Linc se encarga de organizar el transporte afuera, pero él y Sofia son rechazados bruscamente por una patrulla militar a dos millas de distancia. Él le dice que Sara ya ha sido asesinada. Decide ocultárselo a Michael, ya que su máxima prioridad es LJ. El nuevo prisionero Andrew Tyge es robado hasta quedarse en calzoncillos al llegar, y reconoce a Whistler (quien lo niega), mencionando a McFadden, Nice en 1997. Mahone lo advierte y le pide que se aleje de Michael y Whistler. Planifican un dispositivo de interferencia de señal eléctrica para distraer a la torre de vigilancia. Antes de que puedan actuar, ven el reflejo de los prismáticos: los soldados se acercan y los encuentran en su celda. Michael admite que son suyos. Cuando el comandante está a punto de dispararle, Whistler afirma que son suyos para observar aves, y lo demuestra mostrando el libro de ornitología (el que Linc no pudo conservar).

Tyge le cuenta a Michael que él y Whistler eran compañeros de trabajo en el McFadden, un hotel en Niza, Francia. Mahone se preocupa por la constante y aguda observación de Tyge sobre Whistler. Teniendo que replanificar rápidamente, Michael le dice a Linc que descubra la ubicación del café cercano y drogue el café del guardia, y también exige fotos de LJ y Sara antes de escapar. Tyge es apuñalado hasta la muerte. Lechero interroga a McGrady y hace arrastrar a Whistler para obtener una confesión. Michael cree en las negaciones de Mahone y Bellick. T-Bag le ofrece a Michael un anillo que robó a Sammy (su rival por la confianza de Lechero) para usarlo como prueba de que Sammy apuñaló a Tyge. Michael encuentra el cuchillo del asesinato debajo de la cama de Mahone y va con Lechero para denunciar a Mahone, solo para descubrir que acaba de salir de la prisión. Los agentes Richard Sullins y Felicia Lang llegan a Sona para presentarle a Mahone una oferta de acuerdo de culpabilidad del Departamento de Justicia de EE. UU.: una reducción de pena a 8 años a cambio de testimonio contra la conspiración del gobierno y Lincoln. Podría salir en 4 años, pero Mahone se niega y ahora enfrenta cadena perpetua. Lechero administra justicia para Tyge a su manera. Linc y Sofia logran drogar al Capitán Hurtado, pero Susan descubre que los hermanos tenían un plan de tiempo diferente y amenaza la vida de LJ. Sin fotos recientes disponibles, Linc confiesa la muerte de Sara, lo que lleva a Michael a tomar una decisión drástica.

Mahone está seguro de que todo lo que tiene que hacer es decir la verdad, disfrutando de inmunidad total. Michael le dice a Whistler que su pelea es parte de una distracción, la escapatoria es ahora o nunca, antes de que el efecto de la droga en el café del guardia desaparezca. Justo cuando el reflejo crítico del sol ciega al otro guardia de la torre, deben esperar y esconderse hasta que Sammy haya pasado, pero pasar por las barras cortadas. Bajan, pero el resplandor desaparece, así que deben subir de nuevo porque no hay suficiente tiempo para escapar. Regresan a tiempo y salen al patio, pero Lechero se niega a permitirles cancelar su duelo a muerte en el patio, que había sido planeado como una distracción falsa. Sofia saca un arma a Lincoln para evitar que entregue a Whistler a los asesinos. Él responde que eso condenaría a L.J., un inocente, a la muerte. Los guardias despiertan al Capitán Hurtado desmayado, ven la cuerda de escalada y entran en la prisión. El Coronel dispara a Papo, uno de los hombres de Lechero, "por no contar" y revela su trato con Lechero, cuestionando si es el hombre adecuado para el trabajo. Al escuchar la sirena de Sona, Linc huye en coche y cuando Susan llama, él miente, diciéndole que tiene a los "fugitivos" en el maletero, pero Pike, otro operativo de la compañía, la llama: el recuento de reos estaba completo. Sucre detiene su furgoneta chocando contra ella, pero incluso cuando Linc la amenaza con un arma, su cómplice no cambiará a L.J. La libera y obtiene una breve prórroga para averiguar qué sucedió. Ante una audiencia fallida, Malone ahora cree que el funcionario de Justicia Richard Sullins lo está tramando para que confiese. Michael es arrastrado ante Lechero, pero no para ser castigado, sino para llevar

Lincoln le dice a Michael que tienen cuatro días más para rescatar a Whistler, pero Michael está molesto con su hermano por haberlo utilizado. Gretchen tiene una reunión con el General y deciden usar la fuerza para liberar a Whistler en una operación llamada "Bang and Burn". Luego le pide a Whistler que mate a Michael. En Sona, los guardias refuerzan los barrotes de las ventanas, y Michael le dice a Lechero que de esta manera será difícil escapar. Sammy le pide a Lechero más hombres para mantener Sona bajo control. Sofia recibe una llamada del misterioso casero de Whistler que le dice que tiene algunos "papeles de seguro" de su novio, sin embargo, la Compañía intercepta la conversación. Cuando Sofia recibe los documentos, encuentra un pasaporte de Whistler a nombre de Gary Miller. Pero Gretchen llega y se lleva los documentos. Mahone le cuenta al Agente Lang cómo mató a Shales y luego, bajo los efectos de las pastillas, le pide que le consiga drogas, de lo contrario no podrá hablar en la audiencia. T-Bag entrega un mensaje de Lechero con el plano de su celda, que tiene una puerta oculta y un código de acceso. Whistler está listo para apuñalar a Michael cuando llega Lechero y él esconde el cuchillo. Michael le pide a McGrady que le pida a su padre que llame a Lincoln y le dé un mensaje: "No vuelvas a casa para cenar". Mahone fracasa en la audiencia y es enviado de vuelta a Sona. Lincoln, Sucre y Sofia son atacados por los agentes de la Compañía y los hermanos se dan cuenta de que algo está ocurriendo, es decir, la Compañía ya no los necesita. Cuando comienza la operación "Bang and Burn", Michael atrapa a Whistler y Gretchen falla en su intento. El General Zavala hace que Michael sea llevado para ser interrogado por el intento de fuga.

Después de que el helicóptero no logra rescatar a Whistler, el nuevo comandante de Sona, el General Zavala, decide hacer que Michael hable poniéndolo en una caja caliente de aislamiento expuesta al sol. Promete ayudar a cambio de la verdad, verifica la situación de L.J. y le dicen que se trata de Whistler. Whistler, dándose cuenta de que el túnel no funcionará sin el ingeniero Scofield, niega rotundamente conocer algo ante Zavala y es amenazado con tortura hasta que admite colaborar con Michael, quien lo convence de revelar el nombre de Susan/Gretchen. Mientras tanto, Lincoln tiene un breve encuentro con L.J. como motivación. Mahone está de vuelta en Sona, desesperado sin su droga. T-Bag y sus aliados están principalmente preocupados por la sucesión esperada de Lechero y otra pelea a puño limpio, ganada por Bellick. Gretchen recluta a Sucre como espía doble (o triple para Linc); luego el General Zavala la arresta y tortura. Solo la confesión de Whistler la hace admitir el secuestro de L.J. y los lleva hasta allí, pero ella logra matar al General y escapar. Michael y Whistler son devueltos a la población general, Mahone y T-Bag se unen al grupo de escape a través del túnel. El primo de Lechero, Augusto, le pide a Sammy que abra el paquete: un arma.

Sammy le recuerda a Lechero que Papo está muerto y presiona a Lechero para que mate a Michael. Lechero responde que también quiere a Michael muerto, pero no quiere una revuelta en Sona. Mahone recibe una foto de su hijo por correo. Lechero, Michael, Mahone, Whistler y T-Bag inspeccionan el agujero en el túnel y Michael solicita una sierra y un martillo para apoyar el túnel. Sammy toma el control de Sona con la pistola entregada por Augusto y otros tres pandilleros, y promete una caja de botellas de ron para el recluso que mate a Michael. T-Bag convence a Bellick de entregarle el pie de pollo a Sammy, prometiéndole un lugar en el equipo de escape. Cuando Bellick descubre que ya no hay acetona, intenta sin éxito cancelar la pelea. Mientras tanto, Lincoln y Sofia visitan a Osberto y compran una bomba. Sucre coloca la bomba debajo del asiento del coche de Gretchen, pero ella descubre eso, diciendo que encontró a Maricruz rastreando el cheque de 25.000 dólares que le dio. Sammy deja la pelea con Bellick para perseguir a Michael, quien está encerrado detrás de la puerta en el túnel con Mahone. Sammy golpea a Whistler, quien se quedó atrás, tratando de obtener la combinación de la puerta. Michael retira una cuña del agujero y el túnel se derrumba sobre Sammy, enterrándolo, mientras Lechero y Mahone matan a los otros tres pandilleros. Sofia encuentra una billetera escondida en la bolsa de Whistler.

A medida que Michael finaliza los planes para la escapada, sus compañeros conspiradores comienzan a traicionarlo. Mientras tanto, Whistler considera traicionar a Michael cuando Sofia es amenazada.

Michael, Whistler, Mahone y McGrady escapan de Sona, pero no todo sale según lo planeado y el intercambio se ve comprometido.

LJ y Whistler son intercambiados, pero más sorpresas surgen. Mientras tanto, los planes de T-Bag finalmente tienen éxito.

Michael, Mahone, Sucre y Lincoln intentan ingresar a la casa donde se encuentra guardada Scylla. T-Bag y Sancho se dirigen a San Diego en el desierto.

La pandilla tiene que infiltrarse en la casa bien protegida del hombre de negocios Stuart Tuxhorn. Mientras tanto, T-Bag debe llegar a extremos para sobrevivir.

Michael y el equipo tienen un día para localizar al próximo poseedor de la tarjeta o corren el riesgo de volver a la prisión. Mientras tanto, Mahone busca venganza contra Wyatt.

Para obtener la siguiente tarjeta de datos, Michael, Lincoln y Sucre deben arruinar un evento benéfico de la policía. Mientras tanto, T-Bag levanta sospechas en su primer día de trabajo nuevo.

La pandilla, con la ayuda de Don, debe entrar en una caja fuerte en el Departamento del Tesoro para obtener la siguiente tarjeta de Scylla. Mientras tanto, Gretchen logra escapar.

Mahone es arrestado, poniendo en peligro a todo el grupo y dejando a Mahone directamente en la mira de Wyatt. Mientras tanto, se descubre el engaño de T-Bag.

Lincoln, Sucre, Sara y Roland siguen a un poseedor de tarjeta Scylla a Las Vegas, donde Roland tiene su dispositivo confiscado después de ser atrapado apostando.

Se trama un audaz plan para obtener la última carta de Pad Man, y se forma una alianza incómoda con Gretchen, pero hay un traidor entre las filas.

El equipo necesita abrirse paso a través de una tubería de agua de 30,000 galones para llegar a Scylla. Mientras tanto, T-Bag se defiende de una investigación.

Michael se desploma y debe ir al hospital. En otro lugar, Sucre pisa una mina terrestre y se descubre el sorprendente secreto de Trishanne.

El equipo necesita abrirse paso a través de una tubería de agua de 30,000 galones para llegar a Scylla. Mientras tanto, T-Bag se defiende de una investigación.

Michael se desploma y debe ir al hospital. En otro lugar, Sucre pisa una mina terrestre y se descubre el sorprendente secreto de Trishanne.

Para obtener la siguiente tarjeta de datos, Michael, Lincoln y Sucre deben arruinar un evento benéfico de la policía. Mientras tanto, T-Bag levanta sospechas en su primer día de trabajo nuevo.

Después de que el helicóptero no logra rescatar a Whistler, el nuevo comandante de Sona, el General Zavala, decide hacer que Michael hable poniéndolo en una caja caliente de aislamiento expuesta al sol. Promete ayudar a cambio de la verdad, verifica la situación de L.J. y le dicen que se trata de Whistler. Whistler, dándose cuenta de que el túnel no funcionará sin el ingeniero Scofield, niega rotundamente conocer algo ante Zavala y es amenazado con tortura hasta que admite colaborar con Michael, quien lo convence de revelar el nombre de Susan/Gretchen. Mientras tanto, Lincoln tiene un breve encuentro con L.J. como motivación. Mahone está de vuelta en Sona, desesperado sin su droga. T-Bag y sus aliados están principalmente preocupados por la sucesión esperada de Lechero y otra pelea a puño limpio, ganada por Bellick. Gretchen recluta a Sucre como espía doble (o triple para Linc); luego el General Zavala la arresta y tortura. Solo la confesión de Whistler la hace admitir el secuestro de L.J. y los lleva hasta allí, pero ella logra matar al General y escapar. Michael y Whistler son devueltos a la población general, Mahone y T-Bag se unen al grupo de escape a través del túnel. El primo de Lechero, Augusto, le pide a Sammy que abra el paquete: un arma.

Se trama un audaz plan para obtener la última carta de Pad Man, y se forma una alianza incómoda con Gretchen, pero hay un traidor entre las filas.

Mahone está seguro de que todo lo que tiene que hacer es decir la verdad, disfrutando de inmunidad total. Michael le dice a Whistler que su pelea es parte de una distracción, la escapatoria es ahora o nunca, antes de que el efecto de la droga en el café del guardia desaparezca. Justo cuando el reflejo crítico del sol ciega al otro guardia de la torre, deben esperar y esconderse hasta que Sammy haya pasado, pero pasar por las barras cortadas. Bajan, pero el resplandor desaparece, así que deben subir de nuevo porque no hay suficiente tiempo para escapar. Regresan a tiempo y salen al patio, pero Lechero se niega a permitirles cancelar su duelo a muerte en el patio, que había sido planeado como una distracción falsa. Sofia saca un arma a Lincoln para evitar que entregue a Whistler a los asesinos. Él responde que eso condenaría a L.J., un inocente, a la muerte. Los guardias despiertan al Capitán Hurtado desmayado, ven la cuerda de escalada y entran en la prisión. El Coronel dispara a Papo, uno de los hombres de Lechero, "por no contar" y revela su trato con Lechero, cuestionando si es el hombre adecuado para el trabajo. Al escuchar la sirena de Sona, Linc huye en coche y cuando Susan llama, él miente, diciéndole que tiene a los "fugitivos" en el maletero, pero Pike, otro operativo de la compañía, la llama: el recuento de reos estaba completo. Sucre detiene su furgoneta chocando contra ella, pero incluso cuando Linc la amenaza con un arma, su cómplice no cambiará a L.J. La libera y obtiene una breve prórroga para averiguar qué sucedió. Ante una audiencia fallida, Malone ahora cree que el funcionario de Justicia Richard Sullins lo está tramando para que confiese. Michael es arrastrado ante Lechero, pero no para ser castigado, sino para llevar

Michael, Mahone, Sucre y Lincoln intentan ingresar a la casa donde se encuentra guardada Scylla. T-Bag y Sancho se dirigen a San Diego en el desierto.

Sammy le recuerda a Lechero que Papo está muerto y presiona a Lechero para que mate a Michael. Lechero responde que también quiere a Michael muerto, pero no quiere una revuelta en Sona. Mahone recibe una foto de su hijo por correo. Lechero, Michael, Mahone, Whistler y T-Bag inspeccionan el agujero en el túnel y Michael solicita una sierra y un martillo para apoyar el túnel. Sammy toma el control de Sona con la pistola entregada por Augusto y otros tres pandilleros, y promete una caja de botellas de ron para el recluso que mate a Michael. T-Bag convence a Bellick de entregarle el pie de pollo a Sammy, prometiéndole un lugar en el equipo de escape. Cuando Bellick descubre que ya no hay acetona, intenta sin éxito cancelar la pelea. Mientras tanto, Lincoln y Sofia visitan a Osberto y compran una bomba. Sucre coloca la bomba debajo del asiento del coche de Gretchen, pero ella descubre eso, diciendo que encontró a Maricruz rastreando el cheque de 25.000 dólares que le dio. Sammy deja la pelea con Bellick para perseguir a Michael, quien está encerrado detrás de la puerta en el túnel con Mahone. Sammy golpea a Whistler, quien se quedó atrás, tratando de obtener la combinación de la puerta. Michael retira una cuña del agujero y el túnel se derrumba sobre Sammy, enterrándolo, mientras Lechero y Mahone matan a los otros tres pandilleros. Sofia encuentra una billetera escondida en la bolsa de Whistler.

Después del accidente, Kellerman intenta asfixiar a Lincoln, pero es salvado en el último momento por un desconocido. Sucre sale del confinamiento solitario y Michael les dice a sus compañeros que ha completado el mapa, pero necesita la llave de la enfermería. Abruzzi regresa a Fox River, aparentemente convertido en un hombre religioso. El director Pope envía al Capitán Bellick a buscar a Lincoln antes de notificar a las autoridades. Nick intenta convencer a Veronica de que están perdiendo tiempo revisando las llamadas del teléfono celular de Quinn. Michael besa a Sara y le pide que espere por él. Tweener tiene problemas con Avocado y castra al abusador. Lincoln ve que el desconocido es en realidad su padre, y este le explica que trabajaba para una poderosa compañía y que Lincoln es víctima de una gran conspiración en su contra. Había filtrado información de EcoField y lo utilizaron a él para obligarlo a presentarse. Michael pide ayuda a Nika. Veronica encuentra muchas llamadas de Montana en el teléfono de Quinn. El Vicepresidente le dice a su hermano que está vivo solo gracias a ella, y él responde que no entiende cómo no la han matado aún. Abruzzi se encuentra con T-Bag y le pide que olvide todo, y hacen una tregua. Nika busca a Sara y le cuenta sobre su vida y cómo Michael la ayudó, pero en realidad roba la llave de Sara. Un chico ve el Mustang en un desguace donde Aldo y Lincoln están escondidos, pero Kellerman intercepta la conversación y se dirige al lugar. Sin embargo, la policía llega y el Capitán Bellick arresta a Lincoln, salvándolo de Kellerman. Sara busca su llave y recuerda su encuentro con Nika Volek; llama al servicio de mantenimiento para reemplazar la cerradura. Nick trabaja para Abruzzi. Michael invita a David y este traiciona el plan al Capitán Bellick. Lincoln regresa a Fox River bajo vigilancia las 24 horas del día.

Un prueba con una rata demuestra que los francotiradores de la torre son muy buenos, por lo que Michael concluye que la única opción para sacar a Whistler de la cárcel en menos de 24 horas es a las 3 PM, durante la distracción del partido de fútbol. Sucre acepta $5,000 de Augusto, el primo de Lechero, para introducir un paquete en Sona. Linc se encarga de organizar el transporte afuera, pero él y Sofia son rechazados bruscamente por una patrulla militar a dos millas de distancia. Él le dice que Sara ya ha sido asesinada. Decide ocultárselo a Michael, ya que su máxima prioridad es LJ. El nuevo prisionero Andrew Tyge es robado hasta quedarse en calzoncillos al llegar, y reconoce a Whistler (quien lo niega), mencionando a McFadden, Nice en 1997. Mahone lo advierte y le pide que se aleje de Michael y Whistler. Planifican un dispositivo de interferencia de señal eléctrica para distraer a la torre de vigilancia. Antes de que puedan actuar, ven el reflejo de los prismáticos: los soldados se acercan y los encuentran en su celda. Michael admite que son suyos. Cuando el comandante está a punto de dispararle, Whistler afirma que son suyos para observar aves, y lo demuestra mostrando el libro de ornitología (el que Linc no pudo conservar).