Michael obtiene una pieza de información necesaria para lograr su escape, pero ¿podrá evitar que el Director lo eche?

Los flashbacks proporcionan exposición sobre cómo los reclusos llegaron a la Penitenciaría de Fox River, desde la incriminación de Lincoln por parte de The Company hasta la creación del plan de Michael para salvar la vida de su hermano.

La Patrulla Fronteriza arresta a Michael y Lincoln, salvándolos de Mahone que afirma que quiere recuperar su vida. Sucre cruza la frontera y salta en paracaídas en el Desierto de Sonora en México. T-Bag va a un bar de veteranos de guerra en Pratt, Kansas, y roba un trabajo protésico a un sargento veterano. Michael y Lincoln son detenidos en la Instalación de Detención de la Patrulla Fronteriza, en Las Cruces, Nuevo México, esperando el transporte a la Prisión Fox River, pero Bill Kim ordena a Mahone que los mate. T-Bag conoce a Denise, que trabaja en la oficina de correos, y la seduce para obtener la dirección de Susan Hollander. Bellick es enviado al Tribunal de Distrito en el Condado de Greeley, Kansas, y le niegan la fianza. Hace un trato para ser enviado a la Prisión Fox River esperando tener una buena vida. Sin embargo, el nuevo director decide usarlo como ejemplo de la nueva administración. Mientras tanto, Mahone intenta transportar a los prisioneros, pero el procedimiento estándar no lo permite. Kellerman hace un acuerdo para interceptar el convoy en un túnel bloqueado y matar a los prisioneros. Sin embargo, Michael y Lincoln son ayudados por un aliado sorprendente. T-Bag encuentra a Susan.

Lincoln llama a Sara desde Miami para preguntar por noticias sobre Michael y le cuenta que está intentando recuperar Scylla para La Compañía con Gretchen, T-Bag y Self. Encuentran una pista en el Club Grafton, y Lincoln va al lugar donde secuestra a Tia Hayden intentando encontrar al representante del dueño de Scylla. Mientras tanto, Michael despierta encerrado en una casa en el bosque bajo la vigilancia de los guardaespaldas de La Compañía. El psiquiatra, Dr. Roger Knowlton, le dice que su madre está viva y trabaja para "La Compañía" en la selva tropical de Madagascar. Quiere preparar a Michael para unirse a "La Compañía" y usar sus habilidades a nivel global trabajando con su madre. Tia engaña a Lincoln y logra escapar, pero él se queda con su cartera y encuentra su dirección. Sara le dice al General Krantz que quiere quedarse con Michael, pero él se lo niega. T-Bag y Self van a la casa de Tia y Self conspira contra el liderazgo de Lincoln. Traen fotos y un disco duro que encontraron en la casa. Self discute con Lincoln y Mahone llega para equilibrar la situación. Michael ve fotos de su infancia y recuerda la reunión familiar mientras el Dr. Knowlton lo evalúa para el General Krantz y se ve presionado para usar un proceso rápido y desagradable para forzar a Michael a unirse a La Compañía. Lincoln y Mahone van al puerto deportivo para investigar al representante del dueño de Scylla. Sara recibe un misterioso mensaje en su teléfono celular para una reunión y es secuestrada cerca de un teléfono público por hombres de Lisa, y Lisa le dice que Michael está a 60 millas al noreste del centro. Gretchen encuentra a Scott, el representante del dueño de Scylla, mientras investiga en una base de datos, pero engaña al resto del grupo y se encuentra con Scott, quien le promete diez millones de dólares. T-Bag escucha la conversación entre Sara y Lincoln y llama al General Krantz. Él,