Cuando Michael se somete a una cirugía, tiene visiones de Westmoreland. Mientras tanto, Lincoln y Sucre intentan recuperar Scylla antes de que Don y Gretchen la vendan.

Lincoln llama a Sara desde Miami para preguntar por noticias sobre Michael y le cuenta que está intentando recuperar Scylla para La Compañía con Gretchen, T-Bag y Self. Encuentran una pista en el Club Grafton, y Lincoln va al lugar donde secuestra a Tia Hayden intentando encontrar al representante del dueño de Scylla. Mientras tanto, Michael despierta encerrado en una casa en el bosque bajo la vigilancia de los guardaespaldas de La Compañía. El psiquiatra, Dr. Roger Knowlton, le dice que su madre está viva y trabaja para "La Compañía" en la selva tropical de Madagascar. Quiere preparar a Michael para unirse a "La Compañía" y usar sus habilidades a nivel global trabajando con su madre. Tia engaña a Lincoln y logra escapar, pero él se queda con su cartera y encuentra su dirección. Sara le dice al General Krantz que quiere quedarse con Michael, pero él se lo niega. T-Bag y Self van a la casa de Tia y Self conspira contra el liderazgo de Lincoln. Traen fotos y un disco duro que encontraron en la casa. Self discute con Lincoln y Mahone llega para equilibrar la situación. Michael ve fotos de su infancia y recuerda la reunión familiar mientras el Dr. Knowlton lo evalúa para el General Krantz y se ve presionado para usar un proceso rápido y desagradable para forzar a Michael a unirse a La Compañía. Lincoln y Mahone van al puerto deportivo para investigar al representante del dueño de Scylla. Sara recibe un misterioso mensaje en su teléfono celular para una reunión y es secuestrada cerca de un teléfono público por hombres de Lisa, y Lisa le dice que Michael está a 60 millas al noreste del centro. Gretchen encuentra a Scott, el representante del dueño de Scylla, mientras investiga en una base de datos, pero engaña al resto del grupo y se encuentra con Scott, quien le promete diez millones de dólares. T-Bag escucha la conversación entre Sara y Lincoln y llama al General Krantz. Él,

Lincoln y su equipo (Self, T-Bag, Mahone) están tratando de encontrar Scylla. Intentan encontrar una pista para la llave del comprador falso que mató a Gretchen. Encuentran una iglesia y una mansión que coinciden con la llave. Cuando Lincoln y Mahone investigan la mansión, Lincoln encuentra una foto de él con su madre. Mahone descubre que la foto fue editada y contiene una pista sobre el lugar de encuentro. Lincoln va al encuentro y encuentra a su madre. Christina quiere dos días de Lincoln para eliminar a Krantz. Mientras tanto, los hombres de la Compañía encuentran a Michael y Sara, pero ellos escapan en un camión. Finalmente, Lincoln regresa al lugar de encuentro y comienza el fin.

Michael and Lincoln square off over Scylla as Christina sets her plan in motion. Meanwhile, T-Bag causes a scene at the Indian embassy.

Michael tiene un reencuentro incómodo con Christina, quien revela una noticia impactante sobre Lincoln. Mientras tanto, Lincoln corre para detener el plan mortal de Christina.

El pandemonio estalla en el Hotel Panda Bay después de un asesinato en la conferencia global de energía.

Mientras rostros familiares regresan para ayudar a Michael en su misión de derribar "The Company", Lincoln hace un descubrimiento sobre su relación con Michael.

Después de que el general atrapa a los hermanos y aumenta las apuestas secuestrando a más de sus familiares, Michael escapa con Scylla.

La felicidad recién encontrada de Michael y Sara es efímera, ya que Sara pronto se encuentra en prisión, y Michael debe rescatarla antes de que Krantz, sediento de venganza, la mate.