Michael Scofield está encarcelado en la Penitenciaría Estatal de Fox River. Encuentra a su hermano, Lincoln Burrows, quien es un prisionero condenado a muerte, y le dice que va a sacarlos a ambos de la prisión.

Los problemas son inevitables en la prisión, con un motín racial inminente. Michael tiene problemas para recuperar un tornillo de las gradas. Veronica recibe una cinta de seguridad que muestra a Lincoln disparando a Terrence Steadman.

Michael obtiene más de las herramientas y personas que necesita, pero alguien muy importante ha tomado nota y ha empezado a preguntarse qué está tramando.

C-Note escucha a Michael y Lincoln discutir que hay demasiados fugitivos para el tiempo disponible y comparten la información con el grupo diciendo que uno deberá quedarse atrás. T-Bag se siente amenazado y llama a su primo James Bagwell, revelando el plan de escape y pidiéndole a James que llame al Alcaide Pope en caso de que T-Bag no se comunique con él más tarde. Abruzzi le pide a su hombre de confianza que secuestre a James, pero las cosas salen mal y el mafioso mata a James y a su hijo de cinco años, Jimmy. Abruzzi se siente culpable por la muerte del niño y siente la necesidad del perdón de Dios, pero T-Bag traiciona a Abruzzi como Judas. Mientras tanto, Veronica y LJ llevan a Nick al hospital y mientras está en cirugía, LJ escapa para ver el funeral de su madre. Daniel Hale ve al adolescente en el cementerio pero no lo arresta; más tarde le dice a su esposa que deberían mudarse al oeste y hace una llamada anónima a Veronica para programar una reunión en el Highland Cafe. Maricruz le dice a Sucre que está embarazada pero se casará con Héctor. El Capitán Bellick presiona a David para que delate a Michael, informando todo lo que dice. Michael prueba el plan de escape e informa al grupo que están listos para ir esa noche, pero Lincoln es enviado a confinamiento solitario protegiendo a su hermano.

Los flashbacks proporcionan exposición sobre cómo los reclusos llegaron a la Penitenciaría de Fox River, desde la incriminación de Lincoln por parte de The Company hasta la creación del plan de Michael para salvar la vida de su hermano.

Michael Scofield y Sara Tancredi no logran obtener la cinta del club de cigarros Corona de Oro en Chicago, donde la seguridad estaba preparada, y acuden al exdirector de la prisión Henry Pope, miembro del club, pero él quiere llamar a la policía. Michael saca su pistola y se la entrega para demostrar su veracidad; Sarah lo convence de entrar con la llave del humidor de su difunto padre y encuentra una memoria USB. En México, Fernando Sucre tiene problemas con su coche y recibe un aventón de un empleado de seguridad del aeropuerto de Ixtapa que ve su cartel de búsqueda justo después de separarse en el aeropuerto, por lo que debe huir con su novia. T-Bag y su familia forzada encuentran su propia casa vandalizada y saqueada, excepto por la biblia familiar, lo cual le hace recordar los recuerdos de juventud de su padre pervertido, y asegura a Suzy que desea su amor y está feliz de ser infértil, su linaje debería ocupar el lugar de los Bagwell. Cuando ella se niega, él los encierra, considera asesinarlos con un hacha pero finalmente los deja atrás. El agente especial del FBI Alexander Mahone ha localizado a Benjamin Miles "C-Note" Franklin y a su hija, pero los deja escapar en un autobús en lugar de dispararle al niño. C-Note la lleva a un médico preocupado por la enfermedad renal PKD, pero se niega a permitir la inserción de un catéter, en su lugar se entrega a Mahone, quien está con su propio hijo en Colorado, y hace un trato para conseguir a Scofield. Pope ya no está en el club, pero es recibido en la entrada por el agente especial del Servicio Secreto William "Bill" Kim, a quien solo Paul Kellerman, observando desde un techo con Linc, conoce por su apariencia. Michael atropella a Kim y escapa con Pope, Sarah y Linc, dejando a Kellerman afuera. Cuando Michael les dice a los demás que está dispuesto a cumplir su promesa a Pope (que los demás no conocían

El Capitán Brad Bellick entra a la oficina del FBI exigiendo que Mahone le pague. Michael y sus compañeros están impresionados con las grabaciones en el dispositivo, pero solo ayudará si los contactos de Kellerman en Washington lo usan adecuadamente, en particular el alto funcionario de Justicia, Cooper Green, quien acepta reunirse y cooperar, pero es seguido por hombres de Kim. Linc llama a su hijo L.J., quien se niega a renunciar a su vida relativamente normal hasta nuevo aviso. Sarah se encuentra con Bruce Bennett. Bellick intenta sobornar al primo encarcelado de Sucre para que revele su paradero en México. T-Bag encuentra al terapeuta Dr. Stammel, quien se parece a él, y lo asesina para robar su identidad. Mahone recibe la orden de deshacerse de C-note de una vez por todas cuando Kim cree que tiene a Scofield; promete seguir cuidando de la familia de C-note, pero solo si utiliza el contenido de un paquete que enviará a su celda: una soga. Sarah llega demasiado tarde para llamar a Linc, el verdadero Cooper Green está en su oficina, pero Michael engaña al falso, quien fingía tener asma, justo a tiempo y lo derriba. Paul Kellerman visita a su hermana Kristine. Fernando Sucre está en el cielo en la cama con Maricruz Delgado cuando su bebé patea. El verdadero Cooper Green podría ayudar con la cinta, pero luego descubre que el dispositivo de memoria tiene la fecha de copia, no la fecha de grabación, sin la cual no es admisible como prueba, solo para chantajear al presidente para que firme un indulto.

C-note ha saltado con la soga alrededor de su cuello, pero es salvado por los carceleros; le dicen a Mahone que aún lo hará. En un hotel de Chicago, se espera la llegada de la presidenta Caroline Reynolds para un discurso. Michael envía al verdadero Cooper Green lejos y acuerda un punto de encuentro con Linc y Sarah. Mahone entra en la habitación de Sarah y solo finge no encontrarla debajo de la cama para atraparla, ella finge que los hermanos la dejaron. En México, T-bag descubre que Bellick está esperando en la cinta transportadora de equipaje y debe obtener el suyo desde el lado del servicio, pero el obrero al que golpea cae sobre él, por lo que debe huir. Lincoln sorprende a su antiguo compañero Derrick Sweeney y le pide un favor: tres boletos en un barco de carga para Panamá. Kellerman está listo para dispararle a la malvada presidenta, pero cuando está a la vista de Michael, es arrestado justo después de estrecharle la mano, y es interrogado por Kim, quien exige estar a solas con él, para preguntarle dónde está Linc, luego intenta literalmente sacarle la información a golpes; la presidenta entra y saca a Kim justo cuando estaba a punto de dispararle a Michael; le dice que la cinta es una conversación delicada que tuvo con su hermano después de su "muerte", y aún tiene copias en veinte lugares. Fernando ve en la televisión que T-bag está en México y fue grabado intentando robar, por lo que deduce que los $5,000,000 deben estar cerca y le dice a Maricruz que regresará enseguida; a su regreso, solo está Bellick, armado y esposando a Sucre, para cobrar la recompensa, por lo que Fernando ofrece compartir los $5,000,000 encontrando a T-bag. Sarah adivina correctamente que Mahone está bajo el efecto de una droga adictiva. Caroline llama a Linc, quien reproduce la cinta que demuestra que su hermano estaba vivo

Después de recibir malas noticias de Lincoln, Michael se dispone a encontrar a un prisionero llamado James Whistler, quien tiene la clave de su libertad. Eso es más fácil decirlo que hacerlo: James Whistler se está escondiendo en Sona porque hay un precio por su cabeza, y Lechero no está dispuesto a ayudar a Michael a encontrarlo. Además, tanto Mahone como Bellick también quieren llegar a Whistler. Mientras tanto, T-Bag no permitirá que un poco de humillación le impida ganarse el favor de Lechero.