El cursor de un viejo ordenador está a la espera de un comando mientras emite una señal sonora. Un hombre misterioso sale de la cama y escribe en el teclado antes de pulsar el botón ejecutar. Posteriormente toma un sano desayuno, pone su música favorita y hace un poco de ejercicio antes de inyectarse una sustancia. Pero alguien perturba su paz y el desconocido corre hacia otro cuarto, abre la combinación de su cerradura y allí hace acopio de algunas de las muchas armas que hay mientras vigila el acceso a su vivienda gracias a un periscopio y al uso de distintos espejos distribuidos por un largo túnel. Mientras el vigila la entrada Jack y Locke miran desde la entrada de la escotilla, porque el hombre misterioso está dentro de ella. La segunda temporada comienza allí donde terminó la primera, los supervivientes han dejado a Jack, Locke y algunos otros dirigiéndose a la trampilla para descubrir qué hay allí. Después de abrir la escotilla, que tiene grabada en ella los números que Hurley considera malditos, Jack se da cuenta que no podrán bajarlos a tiempo a todos por lo que decide abandonar la idea, pero Locke está impaciente por investigarla construyendo un arnés con el cable del fuselaje y él y Kate lo intentan a pesar de todo. Pero, tal y como han podido comprobar en los más de cuarenta días que llevan en la isla, el peligro y los misterios acechan tras todas las esquinas, y aquellos en quienes se podía confiar, se vuelven contra ellos. Incluso los héroes más admirados esconden secretos. Finalmente, Jin, Michael y Sawyer sobreviven al ataque a su embarcación por parte de “los otros” mientras que Walt continúa perdido en la mar. Flashback de Jack Sarah (Julie Bowen) llega a urgencias del hospital St. Sebastian tras pinchar un neumático de su coche mientras un hombre llamado Adam Rutherford que ha sido embestido por ella llega también en estado grave. Jack ha de decidir cual de los dos trata ya que ambos se encuentran en estado crí

Durante una noche romántica junto a Sayid, Shannon tiene una visión en la que ve donde se encuentra Walt, el hijo de Michael. La joven quiere salir en su busca esa misma noche, pero Sayid no le deja y se desata una fuerte discusión entre la pareja. Esto hace que Shannon recuerde los duros momentos que tuvo que vivir cuando se enteró de la muerte de su padre, la relación con su madrastra y con Boone. A la mañana siguiente, con la ayuda de su perro Vicent, la joven sale a buscar a Walt, ya que teme por su vida. Sayid descubre que su novia se ha adentrado en la selva y la sigue. Charlie empieza a sentir celos por el gran interés que está teniendo Locke por Claire. Al otro lado de la isla, el otro grupo de supervivientes tratan de atajar por el interior de la selva, con el temor de encontrarse con “los otros”. El camino es muy difícil, y Sawyer, deshidratado y con fiebre, pierde el conocimiento. Flash back de Shannon En los flash backs de Shannon vemos como afrontó la muerte de su padre, y el tener que vivir con su madrastra quien la odia, cuando Boone vuelve a casa a ayudar a Shannon, pero su madre les pone en contra; y vamos comprobando por que Shannon acabó convirtiéndose en la persona que es.