Se descubre una cámara del tesoro debajo de Camelot, con el elemento central siendo una piedra azul brillante en la tapa del sarcófago de Cornelius Sigan. Décadas atrás, Sigan fue ejecutado por brujería y murió jurando venganza. Cedric, codicioso, al enterarse solo del tesoro, llega a Camelot. Al descubrir que Arthur tiene la única llave de la bóveda, se gana la confianza del joven príncipe y la roba, saqueando la cámara y arrancando la piedra (que en realidad es el alma malvada de Sigan). Como consecuencia de estar poseído por el espíritu de Sigan, Cedric adquiere sus poderes mágicos y anima a las gárgolas del castillo, las cuales aterrorizan la ciudad. A cambio de una promesa de liberarlo algún día, Merlin adquiere poderes adicionales del Gran Dragón y lucha contra Cedric, salvando una vez más a Camelot. A raíz de lo sucedido, Uther está más convencido de que la magia es solo maligna.

Al darse cuenta de que sus oponentes en las justas siempre le dejan ganar porque es el príncipe real, Arthur finge abandonar la corte y entra en la lista disfrazado para ganar por mérito propio. Se queda con Guinevere, quien le dice algunas verdades sobre su arrogancia, y se besan. Myror, un asesino moro pagado por el rey vecino Odin (cuyo hijo desafió a un renuente Arthur a un duelo y perdió la vida), llega a Camelot para matar al joven príncipe. Entra en la justa con una lanza que oculta una daga en su punta, pero Merlin usa la magia para derrotarlo y matarlo. Arthur ha aprendido algo de humildad a través de su experiencia, pero le dice a Guinevere que Uther se opondría a cualquier romance entre ellos.

Cuando las pesadillas de Morgana alcanzan las horas de vigilia, siente miedo de poseer el poder de la magia. Gaius está decidido a ocultarle la verdad por su propio bien, pero Merlín no estará dispuesto a ver a su amiga sufrir. Sabe exactamente lo que está pasando y que necesita la verdad. ¿Estará Merlín a punto de revelar su secreto al fin?

Gwen es confundida con Morgana y secuestrada por Hengist un salvaje al margen de la ley. Uther se niega a pagar su rescate, por lo que Arthur desafía a su padre y se dirige a territorio enemigo peligroso para luchar por la libertad de Gwen. Merlin sospechosa que la devoción de Arturo para Gwen es más que la de un príncipe a uno de sus súbditos. ¿Cómo reaccionará Arturo cuando descubra que Gwen no está sola en el castillo de Henguist? Ella y Lancelot se han encontrado de nuevo, y reavivan sentimientos poderosos.

Lady Catrina y su extraño criado Jonas llegan a Camelot, donde son bienvenidos a quedarse por un encantador rey Uter, quien se ve cautivado por su último huesped. Arthur, por el contrario, lejos de compartir el entusiasmo de su padre y en vista de los coqueteos, está muy consternado por la situación. Merlin y Gaius tiene la sensación de que no es lo que parece y sus sospechas han demostrado ser ciertas cuando Merlín descubre que Lady Catrina es un troll y que, por desgracia, sus intenciones van mucho más allá del premio del corazón de un rey. Horrorizado, le revela la verdad a Arturo, que no le cree. Merlin se embarca en la tarea de probar la naturaleza real de la mujer, mientras que al mismo tiempo salvar a Uther de la ruina y de la caída de Camelot. ¿Será capaz el joven brujo de superar la poderosa magia de los trolls, antes de que sea demasiado tarde?

Merlín espía al troll y roba la poción que ella usa para parecerse a Catrina, reemplazándola por una falsa hecha por Gaius. En consecuencia, ella vuelve a convertirse en un troll, a la vista de todos, pero Uther, aún hechizado por ella, no se da cuenta de esto. Merlín descubre que la única forma de romper el hechizo sobre él es hacerlo llorar lágrimas reales. Así que Gaius prepara otra poción, que Arthur bebe, y parece estar muerto. Esto funciona y el rey finalmente recupera el sentido. Arthur mata al troll y a Jonas y agradece a Merlín por sus esfuerzos.

En su determinación de erradicar la magia de Camelot para siempre, Uther contrata los servicios de Aredian, un aterrador cazador de brujas que es temido debido a que no se detiene ante nada en su búsqueda por descubrir todo tipo de hechicería. Aunque nadie está bajo sospecha directa, varias personas en Camelot temen que el cazador de brujas pueda ver a través de ellos: Morgana está preocupada de que Uther pueda ejecutarla y Gaius está preocupado por el destino de Merlin y el suyo propio, ya que cuidar al joven hechicero se considera un crimen y traición. ¿Podrán los tres escapar de un destino terrible?

Cuando un misterioso guerrero desafía a Arturo a un duelo, nadie podría prever la devastadora cadena de eventos que desencadena, especialmente el joven príncipe mismo. Arturo y Merlín pronto se encuentran en una extraña búsqueda por orden de la hermosa Morgause. A través de ella, Arturo descubre un oscuro secreto que amenaza con provocar la caída del reino.

Merlín salva a una chica druida de la jaula de un cazador de recompensas, pero hay más de lo que aparenta a simple vista.

Los gobernantes de los Cinco Reinos convergen en Camelot para una conferencia de paz, incluyendo al rey Olaf y su mimada y sobreprotegida hija Vivian. También está presente el rey Alined, junto con su bufón, el mago Trickler. Él es una fuerza disruptiva que quiere causar discordia entre Olaf y Uther para obtener el poder supremo para sí mismo. Con este fin, hace que Trickler embruje a Vivian y Arthur para que se enamoren e incurran en la molestia de Olaf, quien desafiará a Arthur a un duelo. Esta vez, es Guinevere, en lugar de Merlin, quien romperá el hechizo.

Mordred lleva a un brujo, Alvarr, para ver a Morgana, y la persuaden para que robe un cristal con propiedades mágicas de las bóvedas de Camelot. Alvarr le dice que puede ser utilizado para ayudar a personas como ellos con poderes especiales, aunque en realidad tiene la intención de destruir Camelot con él. Merlin y Arthur lo persiguen, devolviéndolo a él y al cristal a la corte. Mordred escapa y Morgana (habiendo renegado de Uther) libera a Alvarr de la prisión drogando a los guardias. Merlin, luego de haber mirado dentro del cristal, se alarma por una visión de caos, pero Gaius le asegura que eso está muy lejos en el futuro.

Usando un conjuro, Morgause revive a los mortales Caballeros de Medhir y, mientras Merlín y Arturo son los únicos sobrevivientes del grupo enviado a vencer a los caballeros, Morgause utiliza a Morgana para hechizar Camelot, haciendo que todos, excepto Morgana misma, se duerman, dejando la corte indefensa cuando los caballeros se acercan con la intención de matar al rey. Merlín aprende del Gran Dragón que la única forma de romper el hechizo es matar a Morgana, así que la utiliza como moneda de cambio para obligar a Morgause a cancelar el ataque. Como consecuencia, debe cumplir su promesa de liberar al dragón.

Morgana se ha ido con Morgause, y el dragón, liberado por Merlin, ataca repetidamente Camelot, causando enormes daños por el fuego. Solo un señor de los dragones es capaz de contener a la bestia, hombres a quienes Uther persiguió años atrás, de los cuales solo uno sigue vivo (Balinor), quien vive como un ermitaño en una cueva. Gaius, quien lo ayudó a escapar de Camelot, le dice a Merlin que él es su padre, y cuando Merlin y Arthur lo encuentran, Merlin se revela ante Balinor (aunque lo mantienen en secreto de Arthur). Balinor acepta ir a Camelot para ayudar, pero hay más drama antes de que Merlin demuestre ser hijo de su padre y derrote al dragón.