Tras un duro combate, Arturo consigue rescatar a Morgana, que llevaba meses desaparecida. La vuelta de Morgana a Camelot supone una gran alegría para todos, sobretodo para Uther. Morgana se muestra afectuosa y se reconcilia con Merlín, tras el dramático final que vivieron ambos en la temporada anterior. Pero todos esos sentimientos de Morgana son falsos.En realidad, Morgana ha pasado todos estos meses al lado de Morgause, y juntas han ideado un plan para derrocar a Uther. Así pues, la vuelta de Morgana a Camelot es un montaje para que así ella pueda colaborar con Morgause en su plan, desde Camelot, sin levantar sospechas. El plan consiste en un hechizo que hace que Uther pierda el juicio, y que el histórico enemigo rey Cenred aproveche esa debilidad para acabar con Camelot. Merlín se acaba percatando de la situación y acude a investigar, pero Morgause le tiende una trampa mortal, bajo la mirada satisfecha y maliciosa de Morgana. Merlín no tiene salida, y sólo le queda una opción desesperada: invocar al gran dragón.

Morgana y Morgaus continúan con su malvado plan. Tienen incapacitado mentalmente a Uther, convencen a su enemigo, Cenred, para invadir Camelot. El destino del reino descansa ahora sobre los hombros de Arturo. El príncipe y sus caballeros resisten a los invasores, pero los soldados de Cenred no son la única amenaza que enfrentan, ya que Morgana desde adentro del reino ayuda a Morcadeés a derrotar Camelot.

Gwen se enfrenta a un dilema imposible cuando se ve obligada a elegir entre salvar la vida de su hermano distanciado (Elyan) o la de Arthur.

Sir Leon es cuidado hasta recuperar la salud por los druidas usando la Copa de la Vida después de ser el único superviviente de un ataque de los hombres de Cenred. Supuestamente otorga inmortalidad a aquellos que beben de ella, y Arthur y Merlin la recuperan de los druidas para evitar que caiga en manos de Cenred. Sin embargo, ellos, junto con Gwaine, son emboscados y la copa es robada. Después de matar a Cenred, Morgause hace que sus soldados beban de ella y, bajo sus órdenes, atacan con éxito a Camelot. Para cuando los tres jóvenes regresan a la corte, Uther está encadenado y Camelot tiene un nuevo gobernante.