Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le h acambiad. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.

Armada con los viejos expedientes de HRG y un "taser", Claire intenta acabar con su primer objetivo -- Stephen Canfield, uno de los que se escaparon del Nivel 5 con el poder de crear agujeros negros -- sin percatarse de que los otros están cerca. Mientras, horrorizado, Peter huye de toda la muerte y destrucción en el futuro, sólo para descubrir lo mucho que esa experiencia le ha cambiado. Frustrado por culpa de que Adam Monroe no le acercara a la fórmula, Hiro toma la determinación de aliarse con Daphne y su nuevo asociado Knox, pese a no contar con el beneplácito de Ando. Por otra parte, la urgencia de Suresh en corregir los errores de su investigación deja a Maya, entre otros, en una situación comprometida. Linderman aconseja a Nathan que se acerque a Tracy, haciéndole ver que juntos podrían llegar muy lejos. En África, Matt ve como se desvanece su visión del "fueron felices y comieron perdices".

Impresionados por la sorprendente crueldad de Hiro, los villanos Knox y Daphne le llevan, junto a otros, a las instalaciones de Pinehearst, y le asignan su primera misión. Con Angela y la Compañía paralizadas por los recientes acontecimientos, Peter va directamente a Pinehearst buscando respuestas, aunque cambia de idea tras encontrarse con su inesperado fundador. Mientras tanto, Claire y su madre Sandra intentan liberar a Meredith de las garras del villano Doyle, quien tiene el poder de tomar el control física y psicológicamente de los demás. Más tarde, Nathan lleva a Tracy hasta Suresh, esperando que él pueda ayudarla a saber más sobre el origen de sus poderes.

Después de reunir a Sylar y Elle, Arthur les ordena que encuentren a Claire y que se la traigan. Matt, Hiro y Ando se reunen como equipo y siguen a Daphne a su lugar de nacimiento de Atenas, Georgia, para así descubrir lo que ella tanto esconde. Mientras, Nathan y Peter Petrelli viajan juntos a Haiti en busca del único hombre que puede detener a su padre en la destrucción del mundo, el Haitiano.

Tras lo sucedido con Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli de repente se encuentran luchando contra ellos mismos y Nathan lleva a cabo un movimiento que tendrá repercusioes globales. Mientras, Sylar mantiene como rehenes a Claire, H.R.G., Meredith y Angela en Primatech y tendrá lugar un enfrentamiento. Por otra parte, Ando, Matt y Daphne continuan con su intento de rescatar a Hiro. El Doctor Suresh quizás sea su única esperanza.

Después de recibir un consejo de "Rebel", Matt y Peter se dirigen al "Building 26" para rescatar a Daphne y recuperar unos archivos que descubrirán a todo el mundo los planes del gobierno contra los que tienen poderes. Claire encuentra ayuda por parte de una fuente poco corriente en el contrabando de Alex fuera de la ciudad. Sylar y Luke continuan su viaje por carretera, Sylar comienza a tener recuerdos sobre su padre que le conducen hacia la verdad de su madre. Mientras, "The Hunter" pone su propio plan en marcha con una sorpresa explosiva para uno de los heroes.

Cuando Sylar se encuentra cara a cara con su padre perdido desde hace tiempo, al final la reunion llega a ser lo que menos se esperaba. Por otro lado, al recibir un mensaje por parte de “Rebel”, Claire deberá decidir si va a ayudar a su temido enemigo, Eric Doyle, a que se libre de que le capturen. Mientras, The Hunter planea sacar a la luz los planes secretos de la familia Petrelli y tomar el control de la operación de Nathan, Matt se encuentra en el punto de mira y al borde de la regulación de Capitol Hill.

HRG convence a Emile Danko, más conocido como The Hunter, para que libere a Tracy del "Edificio 26"(Building 26), con la esperanza de que ella le conduzca a Rebel. Cuando Angela evita la captura, ella visita a una vieja amiga en busca de ayuda. En Los Angeles, Hiro y Ando continuan con su última misión encomendada por Rebel para proteger a un nuevo héroe.

Noah descubre que la brújula ha desaparecido y que Claire tiene muchas posibilidades de habérsela llevado. Lauren se ofrece para utilizar la tecnología de la CIA con el objetivo de localizar el teléfono móvil y averiguar así hacia dónde se dirige la joven.

Samuel trata de captar a Emma para su causa regalándole los oídos y diciéndole lo especiales que le parecen sus poderes. Mientras tanto, en la feria de los hermanos Sullivan, Claire cada vez sospecha más de las auténticas intenciones del hombre. La animadora deberá vérselas no sólo con la mano derecha de Samuel, Eli, sino también con Eric Doyle. Por otro lado, Hiro regresa a Japón y habla en clave a Ando para tratar de convencerle de que rescaten a Mohinder del psiquiátrico de Florida en el que se vio obligado a internarlo para protegerlo de Samuel.

Claire asiste al funeral de Nathan mientras Peter trata de calmar su dolor a su manera: buscando venganza. Mientras tanto, Noah y Lauren interrogan a Edgar, al que han capturado, para obtener información sobre la situación exacta de la feria de Samuel. Por otro lado, Sylar regresa a la feria, donde tratará de introducirse en la mente del asesino con la ayuda de Lydia y descubrir así qué es lo que le atormenta.

Preocupado por su sueño sobre Emma, Peter convence a Angela para que le diga dónde encontrar a Sylar. Éste se encuentra con Matt y quiere que acabe con sus poderes para poder llevar una vida totalmente diferente. Matt cree que no podrá lograrlo, pero le promete intentarlo cuando Sylar amenaza la vida de su familia.

La serie se despide de sus seguidores con un episodio en el que Eli aparece en casa de Matt tratando de prevenir a Peter y Sylar de encontrar a Samuel. Éstos no le hacen caso y siguen con su búsqueda. Mientras tanto, el oxígeno se acaba en la caravana de Samuel.