Mientras gente de todo el mundo se encuentra con sus vidas desbaratadas por sus nuevas y extraordinarias habilidades, las autoridades investigan varios extraños y espantosos asesinatos. En el lugar extraño y espantoso de un crimen, el policía de Los Angeles Matt Parkman es el único que puede escuchar el llanto de una niña pequeña desaparecida. Claire casi hace público su secreto después de que la cinta donde grababa los intentos de hacerse daño haya desaparecido. Pensando que se está volviendo loca, Niki, tras despertarse y encontrar varios matones muertos en su garaje, no recuerda lo que pasó en las horas previas. Además deberá hacer frente a los servicios sociales por Micah. Mientras Hiro investiga Nueva York, Nathan se enfrenta a Peter, siguiéndole tras lanzarse desde un edificio.

Mientras los "Héroes" siguen probando sus recientemente descubiertos superpoderes, Claire trata de mantener una vida social normal cuando un romance con el quarterback del equipo, toma un giro trágico. Por su parte Hiro convence a su amigo Ando de que están destinados a viajar a América para salvar al mundo. Una asustada Niki sigue instrucciones de una misteriosa fuente que le llevan al medio del desierto. Por otro lado, Nathan usa el accidente de Peter para relanzar su carrera política. El escurridizo Sylar es cazado por Matt y el FBI, con la colaboración de Suresh, ya que el diario de su padre contenía pistas valiosas.

Cuando se enfrenta a una crisis que implica a su hijo, una distraída Niki confiesa sus problemas personales a una amiga. Dejando de lado sus problemas en casa, Matt ayuda en la investigación de Audrey, que acaba con otro rarísimo asesinato. Su persecución de Sylar, el misterioso asesino en serie, da un giro inesperado. Después de fallar como "superhéroe" cuando se enfrentó al peligro, Hiro se cuestiona su heroísmo. Nathan y su mujer Heide planean estrategias sobre cómo ganar las elecciones al congreso. Claire se sorprende tras descubrir dónde estaba la cinta que descubre su particular "habilidad". Mientras tanto, su padre está muy decepcionado cuando escucha unas noticias por parte de uno de sus asociados.

De vuelta a la India para llorar la muerte de su padre, Mohinder tiene varios sueños del pasado que le obligan a preguntase qué camino tomar. En su viaje a Nueva York, Hiro y Ando hacen una parada en un bar y conocen a alguien bastante interesante. Claire por su parte intenta hacer una vida normal, centrándose en un baile del instituto sin saber todo lo que está por llegar. El hombre de las gafas de pasta y un aliado suyo bastante sorprendente centran su atención en otro "héroe".

Los trágicos sucesos en Texas han tenido tristes y serias repercusiones para muchos de los "héroes", sus familias y amigos. Se revelan los impactantes detalles sobre la predicción de Isaac sobre la bomba nuclear en Nueva York. El nuevo cuadro de Isaac tiene increíbles implicaciones con el futuro de un héroe en crisis. Suresh ya da sus primeros pasos en su nuevo camino. Matt y la agente del FBI Audrey Hanson investigan una brecha en el caso de Sylar. Aterrorizada por los nuevos hechos de Jessica, Niki toma una difícil decisión para proteger a su familia.

La historia se sitúa cronológicamente dos semanas después de lo ocurrido en el último capítulo, con Nathan determinado por salvar a un Peter comatoso, lo que le lleva a acudir a Simone pidiéndole ayuda. La pintura de Isaac "Hiro contra T-Rex" inspira a Hiro y Ando, que comienzan la búsqueda de la espada Samurai. Jessica sigue sin admitir la decisión de Niki de entregarse a la policía. Con su socia Eden muerta y Matt en los talones, H.R.G. intenta centrar sus órdenes respecto a Sylar. Después de que el Haitiano ofreciera a Claire una segunda oportunidad, Claire lucha con los cambios que ha producido la decisión que ha tomado. Retomando la búsqueda de su padre, Suresh intenta compartir la información que tiene sobre quién está "en la lista" de gente con especiales poderes y las amenazas que pesan sobre sus vidas. Mientras tanto, un nuevo héroe hace un impactante debut.

Cuando está todo preparado para convertirse en un miembro del Congreso, Nathan considera el coste que traerá a sus seres queridos, con el consejo de su madre y la profecía de Linderman. Mientras se prepara para enfrentarse a muerte con Sylar, Hiro recibe novedades de su linaje por parte de su padre. Varios "héroes" llegan a Nueva York, mientras que Peter y Ted intentan abandonarla antes de la ya inevitable explosión. H.R.G. y Matt descubren la sorprendente verdad que hay detrás del sistema de seguimiento usado con personas con habilidades especiales.