Sydney logra memorizar junto con su homóloga, la espía rusa Ann, un código que posee una antigüedad de 500 años. El código completo revela una localización geográfica que le lleva a una iglesia en Málaga donde Ann y Sydney coincidieron hace mucho tiempo como rivales. Por su condición de doble agente, Sydney se ve envuelta en una nueva peligrosa misión ya que debe proporcionarle el código secreto al SD-6. Dixon y Sydney viajan a Casablanca para investigar el complot que pretende eliminar la Organización de Comercio Unido (OCU). Allí la agente se hace pasar por una turista canadiense de habla francesa. Más tarde, ambos agentes viajan a Sao Paolo, ciudad en la que se celebra una conferencia de la OCU y que tiene como invitado de honor al Premio Nobel de la Paz, Dhiren Patel. En Brasil, Sydney tendrá que evitar la explosión de una pequeña bomba que el Nobel tiene instalada en su marcapasos.

Ana irrumpe en la operación de Argentina sorprendiendo a Dixon y a Sydney. Ana desparece con el diario de Rambaldi dejando a Dixon herido, Sydney consigue salir del pozo y cuando encuentra a Dixon herido no tiene otro remedio que pedir ayuda a la CIA aunque esté en una misión del SD6. Sydney trata de encubrir el rescate de la CIA pero en el SD6 desconfían de ella aunque superara el detector de mentiras. Sloan decide enviar a Sydney a la Toscana, quiere tender una trampa para descubrirla: filtra a la CIA una orden de ejecución contra ella para que estos intervengan, pero Jack, el padre de Sydney conoce demasiado bien a Sloan como para dejarse engañar. Tras Toscana Sydney viaja a Ginebra a retirar unos fondos en una misión del SD6, la contra-misión de la CIA es que lleve un trasmisor indetectable que no conseguirá serlo para el SD6.

El SD6 trata de minimizar los riesgos tras la filtración del agente doble. Retienen a Sydney para torturarla e interrogarla. Sloan hace creer a Sydney que su compañero Russeck también es sospechoso de ser un agente doble, Sloan espera que Sydney ante el sufrimiento de un compañero se desplome y confiese todos los datos que le ha dado a la CIA. Jack Bristow tiene que actuar nada más enterarse de la situación de su hija. Sin posibilidad de que la CIA le ayude logra por sus propios medios salvar a su hija. Sydney con la confianza ganada de nuevo frente a Sloan. La nueva misión de Sydney es viajar a Kenia para descubrir la nueva identidad de Hassan, un traficante de armas. Jack debe viajar a Cuba para encontrarse con Hassan y matarlo, pero esa es la misión del SD6, la CIA lo quiere vivo para conseguir su lista de clientes.