Sydney está aturdida tras conocer la muerte de cuatro agentes de la CIA en una explosión. Además se entera de que su padre, Jack, no trabajará más tiempo a su lado en el SD-6 y que el accidente que causó la muerte de su madre estaba relacionado con la actividad como espía de su padre. Por todo ello, comienza a sospechar de las intenciones de Jack y pide consejo a Michael, que es la única persona que la puede escuchar. Marshall descubre que la red informática de la CIA tiene una infiltración. Mientras Francie vuelve a quedar con su novio y descubrirá para su tranquilidad que sus intenciones que no tienen nada que ver con lo que ella creía. Por otro lado, Will descubre la identidad de la mujer que declaró haber conocido a Danny antes de su muerte.

Sydney es secuestrada en un psiquiátrico de Bucarest, Rumanía, tras encontrar a otro agente del SD-6 muerto. Los secuestradores quieren interrogarla para saber si recibió información de un hombre, Shepard, que está interno en el psiquiátrico con un cuadro de amnesia que le impide recordar su pasado. Sydney intenta que Shepard colabore con ella para huir y así lograr la información que necesita para la misión. Pronto descubrirá que este hombre está relacionado con un hecho importante de su vida. Por otra parte, Jack se sincera con su hija y le explica su verdadera implicación con la muerte de su madre hace veinte años. Mientras en Los Ángeles, Will sigue investigando la muerte de Danny y descubre que hay otro asesinato relacionado e intenta que este caso sea publicado, aunque tendrá cierta oposición de su jefa. Y a la vuelta a casa de Sydney, Francie tiene preparada la cena de Acción de Gracias, para celebrarlo juntas.