Tras la muerte de sus padres, Peter Parker, un tímido estudiante, vive con su tía May y su tío Ben. Precisamente debido a su retraimiento no es un chico muy popular en el instituto. Un día le muerde una araña que ha sido modificada genéticamente; a la mañana siguiente, descubre estupefacto que posee la fuerza y la agilidad de ese insecto. Las aventuras del hombre araña se basan en el famoso cómic de Stan Lee y Steve Ditko.

Han pasado dos años desde que el tranquilo Peter Parker dejó a Mary Jane Watson, su gran amor, y decidió seguir asumiendo sus responsabilidades como Spider-Man. Peter debe afrontar nuevos desafíos mientras lucha contra el don y la maldición de sus poderes equilibrando sus dos identidades: el escurridizo superhéroe Spider-Man y el estudiante universitario. Las relaciones con las personas que más aprecia están ahora en peligro de ser descubiertas con la aparición del poderoso villano de múltiples tentáculos Doctor Octopus, "Doc Ock".

Parece que Parker ha conseguido por fin el equilibrio entre su devoción por Mary Jane y sus deberes como superhéroe. Pero, de repente, su traje se vuelve negro y adquiere nuevos poderes; también él se transforma, mostrando el lado más oscuro y vengativo de su personalidad. Bajo la influencia del nuevo traje, Peter se convierte en un ser egoísta que sólo se preocupa por sí mismo. Tiene, pues, que afrontar un dilema: disfrutar de sus nuevos poderes o seguir siendo un héroe compasivo. Mientras tanto, sobre él se cierne la amenaza de dos temibles enemigos: Venom y el Hombre de Arena.

Peter Parker lleva una vida muy ocupada, compaginando su tiempo entre su papel como Spider-Man, acabando con los malos, y en el instituto con la persona a la que quiere, Gwen. Peter no ve el momento de graduarse. No ha olvidado la promesa que le hizo al padre de Gwen de protegerla, manteniéndose lejos de ella, pero es una promesa que simplemente no puede cumplir. Las cosas cambiarán para Peter cuando aparece un nuevo villano, Electro, y un viejo amigo, Harry Osborn, regresa, al tiempo que descubre nuevas pistas sobre su pasado.

Peter Parker comienza a experimentar su recién descubierta identidad como el superhéroe Spider-Man. Después de la experiencia vivida con los Vengadores, Peter regresa a casa, donde vive con su tía. Bajo la atenta mirada de su mentor Tony Stark, Peter intenta mantener una vida normal como cualquier joven de su edad, pero interrumpe en su rutina diaria el nuevo villano Vulture y, con él, lo más importante de la vida de Peter comenzará a verse amenazado.

Peter Parker decide dejar sus heroicidades a un lado durante unas pocas semanas, y sale de viaje por Europa con sus amigos Ned, MJ y el resto de compañeros de instituto. Pero las vacaciones de verano darán un giro inesperado cuando aparezca Nick Furia, que tiene trabajo para Peter. Los Elementales, criaturas de arena, piedra, agua y fuego, están creando el caos y la destrucción en todo el continente. El joven Spider-Man deberá desentrañar el misterio de estos ataques. Solo y con sus amigos en apuros, además de con la nueva aparición de Mysterio, Peter tendrá que asumir toda la responsabilidad ahora que Iron Man/Tony Stark ya no está.

Después de que Mysterio desvelara la identidad de Spider-Man a todo el mundo en Lejos de casa, Peter Parker, desesperado por volver a la normalidad y recuperar su anterior vida, pide ayuda a Doctor Strange para enmendar tal acción. El Hechicero Supremo accede a ayudar al joven Spider-Man, sin embargo, algo sale mal y el multiverso se convierte en la mayor amenaza hasta el momento.