A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

Los Tok'ra se ven obligados a evacuar su base recién establecida, que está siendo atacada por los Goa'uld. Huyen al sitio Alpha del SGC. Las tensiones aumentan entre las facciones aliadas, los Jaffa Libres, los Tau'ri y los Tok'ra. Jacob y Selmak sienten que el fin de los Tok'ra está cerca, y Sam descubre que un generador de Naquadah ha sido saboteado para funcionar como una bomba. Jack sospecha de los recién llegados Tok'ra y trata de descubrir al traidor.

In a firefight with Jaffa, Teal'c takes a staff blast to the gut. Without his symbiote, he cannot regenerate as he once did. Daniel feels that he cannot remember something important, so he goes searching through the logs for any sign of his lost knowledge. Teal'c expresses his feelings that the Tritonin has made him weak.

Bra'tac y Teal'c se encuentran con un enemigo fuertemente armado con un escudo que lo protege de las armas Goa'uld y que ha eliminado a dos guardias personales Goa'uld. A duras penas logran derrotarlo y lo llevan de vuelta al SGC para su estudio, pero esta nueva amenaza plantea un problema mayor para los Tau'ri.

Los Tau'ri y Tok'ra han utilizado a su super soldado capturado para determinar su planeta de origen. Con Daniel, el Dr. Lee y el dispositivo antiguo que encontraron en manos de secuestradores hondureños, el SGC debe encontrar una forma de rescatarlos si quieren tener alguna oportunidad de derrotar a los nuevos super soldados que han encontrado.

La flota Asgard logra destruir la nave Replicadora, con Carter a bordo, pero no puede contener los escombros. Las negociaciones se rompen con los Señores del Sistema, terminando en el envío de un Ha'tak para probar las nuevas capacidades defensivas de la Tierra. El Prometeo espera para enfrentar al enemigo entrante, pero Thor llega en la Daniel Jackson, con Teal'c a bordo. Solicitan la ayuda de Daniel y Jack, todavía en estasis, para eliminar la amenaza de los replicadores en el nuevo hogar Asgard.

El general O'Neill todavía está en los primeros días de comandar el SGC y enfrenta un problema importante cuando el recién llegado coronel ruso Alexi Vaselov colapsa en sus aposentos. La creencia de la Dra. Brightman de que Vaselof podría ser contagioso parece ser correcta cuando Daniel, quien estaba con el ruso cuando colapsó, aparentemente enloquece e intenta salir de la base a través de la puerta. O'Neill asegura el SGC pero el problema no es el contagio: la esencia de Anubis está viva y bien, y busca un nuevo huésped.

Como el nuevo jefe del SGC, el General O'Neill empieza a sentir el peso de su responsabilidad y comienza a tener dudas sobre toda la idea, cuestionando su propia competencia.

Cuando el Stargate es teletransportado fuera de la SGC en medio de la noche, Teal'c queda atrapado en otro mundo. El Dr. Jackson y la Coronel Carter intentan recuperar la puerta.

Un hombre irrumpe en la casa de Jack y lo amenaza con una pistola, afirmando que Jack arruinó su vida. Hace siete años, encontró un artefacto antiguo en una venta de garaje que le permite ver todas las misiones de SG-1.

Daniel se encuentra en un tiempo y lugar extraños: un restaurante donde Oma trabaja como camarera. Ella le ofrece una elección clara: puede elegir morir o ascender, pero si elige lo segundo, no podrá ayudar a sus amigos a luchar contra Anubis, quien aún no ha sido eliminado. Entabla una conversación con otro cliente, Jim, quien tiene su propia opinión sobre la situación. Mientras tanto, Sam decide que ha llegado el momento de que su prometido conozca a su padre, Jacob. Sin embargo, Jacob no está bien, algo que ha ocultado a Sam durante varias semanas. Después de que Pete la sorprende -él cree haber encontrado la casa perfecta para ambos- Sam se da cuenta de que debe enfrentar sus sentimientos hacia otra persona. Teal'c y el Maestro Bra'tac tienen información de que Anubis podría estar reuniendo lo que queda de sus fuerzas para atacar Dakara.

Cameron Mitchell must go undercover inside the Lucian Alliance to find the location of the hijacked Odyssey.