El inspector Lastarza de la Unidad de Crimen Organizado le dice al teniente Fancy y a Kelly que dejen de presionar a la mafia local en su persecución de Angelo Marino, ya que esto está perjudicando la investigación del FBI para atrapar a Marino. Mientras tanto, Sipowicz recobra el conocimiento en el hospital después del tiroteo, pero no tiene memoria del intento de asesinato porque estaba borracho en ese momento. Laura y John Kelly se separan oficialmente y ella decide unirse a un bufete de abogados privado. Josh "4B" Goldstein se vuelve más paranoico con respecto a su asalto y lleva un arma al cuarto de lavado todas las noches con la esperanza de atrapar a su atacante. Kelly intenta razonar con un hombre trastornado que ha tomado como rehén a un juez que dejó libre al asesino de su hijo. En otro lugar, Angelo Marino presiona a Janice para que asesine a Kelly, pero ella lo mata a él y a su chófer/guardaespaldas y escapa.

El sicario de la mafia que mató a Giardella y que Laura puede identificar, está atrapado en el techo del edificio con un rehén. Martinez trabaja en su primer caso como detective, que involucra a una máquina falsa de cajeros automáticos que está robando dinero a la gente. Mientras tanto, Fancy y su esposa se preparan para enfrentar una fecha en el juzgado cuando se les ordena que devuelvan a un niño adoptivo que han estado cuidando a la madre biológica que acaba de salir de un programa de rehabilitación de drogas. Sipowicz y Kelly investigan el tiroteo del mafioso Tommy Linardi, quien había tomado el control de la organización del difunto Angelo Marino, y encuentran un cuaderno que Marino guardaba con el nombre de Janice. Janice le pide ayuda a Kelly, quien decide robar el cuaderno para protegerla de una mayor investigación por el asesinato de Marino, mientras Fancy nuevamente choca con el inspector Lastarza por el manejo del caso.

El teniente Fancy insiste en que Larson se someta a una prueba de drogas y cuando da positivo en el uso de metanfetaminas, es despedido. Una de las confidentes/novias del detective Mike Roberts llega a la comisaría y le causa problemas, especialmente cuando luego aparece muerta, y Roberts se convierte en sospechoso. Aunque Roberts termina siendo absuelto, su reputación está arruinada y decide renunciar a la fuerza policial. Mientras tanto, Sylvia tiene problemas para comunicarse con Sipowicz y darle otra oportunidad a su relación. Además, Laura pide a Kelly que la ayude a revisar un caso que está llevando en el que se acusa a una mujer de asesinar a su esposo abusivo, y Martinez y Medavoy investigan a un testigo y descubren algunos hechos contradictorios en el caso.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de un dueño de un bar gay durante las vacaciones de Navidad. Mientras tanto, la esposa de Fancy entra en trabajo de parto para tener a su bebé. Breen rompe su promesa a Sipowicz al investigar a su hijo y decide volver con él, lo cual resulta fatal cuando el hijo de Breen lo mata y Sipowicz tiene que arrestarlo.

Simone lidia con una mujer emocionalmente frágil, llamada Joyce Novak, quien es testigo de un doble asesinato pero cambia constantemente su versión, ya que en realidad solo está interesada en coquetear con él. Mientras tanto, Sipowicz participa en la investigación de un robo en un negocio familiar en el que solía trabajar, y la esposa del dueño es asesinada. Después de que Donna se va de la ciudad de vacaciones (y para alejarse del molesto Medavoy), su reemplazo temporal, John Irvin, es un hombre abiertamente gay que Simone solía conocer de su antigua comisaría. Pero Irvin hace sentir incómodo a toda la estación, incluido el intolerante Sipowitz. Además, Martinez participa en un torneo de boxeo del departamento de policía.

Fancy no está entusiasmado cuando Ronnie Drucker, un detective bajo vigilancia de Asuntos Internos, es asignado al equipo y se le pide a Simone que lo vigile. Tanto Drucker como Simone trabajan en un caso en el que se acusa a un anciano de exhibirse ante un niño. Sipowicz, Martinez y Russell investigan el asesinato de un proxeneta en una lavandería que es presenciado por una joven sin hogar que resulta ser Holly, la adolescente fugitiva que ayudó a los detectives en un caso anterior (del episodio 'The Bank Dick'). Mientras tanto, John Irvin le pregunta a Sipowicz si debería acercarse a Lesniak para felicitarla por "salir del clóset". Pero ella no quiere escuchar su discurso sobre el orgullo gay, al igual que todos los demás.

Simone and Sipowicz look into the death of a young woman whose body is found burned beyond recognition, except for a tattoo on her back. Detective Vince Gotelli arrives from another precinct to assist Simone and Sipowicz with their case and puts his two cents in, much to Sipowicz's delight and one of the victim's roommates becomes the prime suspect. Meanwhile, Medavoy pulls double shifts for himself (to get away from problems at home) and is assigned to watch an informant who has a penchant for playing poker with his friends.

Simone entra en contacto con Ferdinand Hollie, un antiguo informante, quien quiere ayudarlo a capturar a un par de traficantes de drogas colombianos que mataron a una joven en su fuego cruzado. Pero Hollie, un adicto a las drogas que es VIH positivo, tiene su propia agenda para robar a los colombianos. Mientras tanto, Russell es emparejado con el sargento Ray Kahlins, un "fanfarrón" de la unidad federal antidrogas que está más interesado en cobrar horas extras que en atrapar a otro par de traficantes de drogas durante una vigilancia. Pero las tácticas arrogantes de Kahlins y su falta de respeto hacia Simone y su informante Hollie ponen en riesgo ambos casos. Además, Medavoy y Martinez investigan el asesinato de un sacerdote de Santería encontrado en un alcantarillado local e intentan vincular a un oficial de libertad condicional y a un reciente liberado con el crimen.

Sipowicz se reúne con un sacerdote para hablar sobre sus problemas y finalmente ve la luz. Después, él, Simone y Russell trabajan juntos para investigar un robo en el que un mecánico de automóviles fue asesinado a tiros. Tras la captura de un sospechoso herido, los detectives también arrestan al hermano menor del sospechoso que se niega a hacer una declaración en contra de su hermano por lealtad ciega. Mientras tanto, Medavoy busca un nuevo lugar para vivir mientras él, Martinez y Lesniak trabajan en encontrar al sospechoso de un doble asesinato relacionado con drogas. John Irvin reparte avisos de despedida a los empleados cuando anuncia que se está mudando de nuevo a la 1ª Comisaría del centro. Simone y Russell planean un viaje a la playa. Medavoy conoce a Anne McGuire, una nueva detective, mientras trabaja en su caso. En otro lugar, Lucy causa disturbios en el trabajo y Fancy intenta encontrar una forma de trasladarla fuera del edificio. El bebé Theo es bautizado, lo que parece reunir a Sipowicz y Sylvia.

Un príncipe y una princesa extranjeros son agredidos: la princesa entra en coma. Sipowicz y Simone investigan, con la ayuda de Mike Roberts, quien les proporciona información sobre los contactos del príncipe Foresmann con obras de arte robadas. Mientras tanto, la primera situación delegada de Martinez tiene una resolución que mantiene a la Oficial Ortiz fuera de problemas con el departamento. Sin embargo, esto no sale según lo planeado cuando dos mujeres que afirman ser su esposa son arrestadas en una pelea. Russell comienza un nuevo trabajo encubierto que implica establecer una relación con el presunto traficante de drogas, Jimmy Liery, lo que podría requerir que ella vuelva a beber. En otro lugar, Geri continúa intentando ganarse el afecto de Sipowicz y Medavoy, por una vez, se siente bien consigo mismo después de su dieta. Además, Martinez invita a salir a Gina Colon, la asistente de la división de anti-crimen.

Sipowicz and Simone investigate the murder of a woman whose body was found dumped in an alley and information about the mystery woman reveals that the woman was a mail-order bride from Russia who was looking to divorce her husband. Meanwhile, Medavoy and Martinez look into the drive-by shooting on a city bus. When one of the passengers mouths off his hatred of gays, both Medavoy and Abby become angry in which Medavoy slides on a further decline when he breaks his diet and begins to show off aggressive methods against the smart-mouthed gang members they bring in for interrogation. Elsewhere, Sipowicz starts working a part-time job for the U.S. Marshall by doing garbage detail at J.F.K. airport.

La continua participación de Simone en la operación encubierta del FBI contra Joey Salvo pone en peligro su carrera cuando los hombres de Asuntos Internos lo investigan y lo suspenden de sus funciones. Mientras tanto, Sipowicz y Russell investigan el espantoso asesinato de una joven, donde un psiquiatra llamado Dr. Wentzel insiste en implicar al padre de su paciente en el asesinato. Martinez y Medavoy tienen problemas con una víctima arrogante de un robo, que es escritora de una revista local que escribió una historia negativa sobre la policía de la ciudad de Nueva York. La participación de Simone con el FBI alcanza un clímax impactante cuando, en una reunión secreta con Salvo, el mafioso es alcanzado por disparos de un asesino invisible. Sipowitz, siguiendo a Simone, llega a la escena y ve a Simone parado sobre el cadáver de Salvo... ¡y piensa que Simone lo mató!

Medavoy inicia su propia investigación cuando Abby, y su novia Kathy, son disparadas por un intruso en su apartamento, en el que Kathy muere y una Abby afligida no puede responder a las preguntas de Medavoy sobre su pasado y su ex amante que podría haber sido el agresor. Mientras tanto, Simone, Sipowicz y Russell investigan a un sospechoso después de que se encuentra el cuerpo carbonizado de una joven en un vehículo abandonado. Además, Gina tiene complicaciones con su embarazo y se retira del trabajo durante unas semanas.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de dos compañeros de cuarto. Mientras tanto, Medavoy investiga una historia de un viejo amigo acerca de un hombre que quiere contratar a un sicario para un trabajo, y recluta a Martinez para interpretar el papel del sicario para poder atrapar el crimen en el acto. Kirkendall y Russell investigan la afirmación de una mujer adinerada de que su empleada doméstica no donó accidentalmente el diamante que la mujer guardaba en un lugar seguro disfrazado como una lata de sopa.

Simone y Sipowicz investigan el asesinato de una enfermera donde los sospechosos incluyen a un actor en apuros, un hombre loco y finalmente un oficial uniformado de la comisaría llamado Tommy Richardson. Mientras tanto, Medavoy y Kirkendall investigan la muerte de un mensajero en bicicleta que fue asesinado por intentar ayudar a un hombre cuya mochila fue robada, por lo que determinan que la mochila contenía drogas. Cuando logran detener a un sospechoso, Kirkendall encuentra una manera ingeniosa de obtener una identificación del sospechoso que no quiere cooperar. Además, el médico de Sipowicz intenta hablar con él sobre cómo lidiar con su problema médico, pero Sipowicz no quiere escuchar.

Simone y Sipowicz trabajan con Cohen para investigar la muerte de uno de los testigos de Cohen y su hijo. Las pruebas apuntan a que el abogado contrario tiene cierta implicación en el arreglo del homicidio. Mientras tanto, Russell y Kirkendall intentan ayudar a un hombre a encontrar a su hija desaparecida. Medavoy y Martinez investigan una corporación que se dedica a la venta de artículos deportivos falsificados, donde Medavoy se siente atraído por las empleadas rubias que le recuerdan a la fallecida Donna. Además, cuando Sipowicz piensa en sus problemas sexuales, su médico le receta la maravillosa droga Viagra. En medio de todos los casos, Simone y Russell deciden casarse durante su hora de almuerzo, pero sus casos se interponen en todo eso.

Los detectives investigan un horrible asesinato en el que las manos y los pies de una anciana fueron cortados. La salud de Simone sigue deteriorándose.

Los detectives se encuentran atrapados entre el F.B.I. y Asuntos Internos cuando un oficial fuera de servicio es asesinado durante un robo. Medavoy se convierte en víctima de la travesura traviesa de Sipowicz.

Sorenson y Sipowicz investigan cuando un compañero oficial dispara a un traficante de drogas; Russell y Kirkendall intervienen en favor de Gotelli cuando un hombre descontento vandaliza repetidamente el auto de su vecino mafioso.

Andy está encontrando a Theo todo un desafío. Se encuentra muerto un hombre en una bañera de hotel, sin una parte de su anatomía y algunos efectos personales. Una madre lleva a su hijo a casa porque cree que ha estado robando.

Fancy intenta reconstruir su relación con Abner; Andy y Danny investigan el asesinato de un dueño de un club; Jones desahoga su frustración con un hombre sospechado de violar y golpear a una mujer.

Una oficial mujer es disparada después de un robo en una tienda de papelería y luego muere en el hospital. Danny intenta mantener a Diane a salvo. Llega un nuevo fiscal adjunto. Katie decide regresar a casa.

Danny podría estar en serios problemas por maltratar a un sospechoso. La detective Connie McDowell se une al equipo por el día.

Sipowicz es aclamado como un héroe después de matar al hombre responsable del asesinato de Sorenson. Mientras el teniente Rodríguez se une a otra comisaría para investigar el robo a su madre, el equipo investiga el asesinato de dos hombres afiliados a la NYU.

Cuando le roban la placa a Clark, el equipo se apresura a encontrar al ladrón antes de que Clark deba informar la pérdida, lo que podría arruinar su carrera. McDowell y Gibson investigan un asesinato que involucra a una joven embarazada.

Sipowicz, Clark, Medavoy y Jones investigan un doble homicidio en un restaurante latino. McDowell y Ortiz lidian con una mujer posiblemente mentalmente inestable que se hace pasar por policía.

Los detectives investigan dos crímenes: el asesinato de un cirujano estético clandestino y una violación violenta; Clark finalmente reta a Laughlin en el ring de boxeo.

El compañero de Maya en la lucha contra el crimen es asesinado. Una niña es secuestrada de la calle. Connie se convierte en madre adoptiva de su sobrina.

IAB comienza a entrevistar a los oficiales que estaban en el diario, y Sipowicz y Clark son acusados de ser soplones. Aparece una trabajadora social que aparentemente se ha quitado la vida. Un ex policía quiere que sus cenizas sean enterradas en la comisaría.

Sipowicz y Clark investigan cuando Julian Pisano resulta herido en un incidente de tiroteo; McDowell y Ortiz ayudan a una mujer que persigue obstinadamente la justicia cuando la engañan y le quitan $100; Clark se preocupa cuando su padre deja de devolverle las llamadas telefónicas.

Sipowicz y Clark buscan a un conductor afroamericano que huyó de la escena de un accidente de atropello y fuga después de atropellar sin saberlo a la hija pequeña de un mafioso italiano.

Andy y John se acercan a la Sra. Clifton en busca de ayuda con el asesinato de su hija. Jennifer aparece de repente, aparentemente sin tomar su medicación. Un hombre es disparado, aparentemente por causa de una iglesia y una cinta de video.

Los detectives buscan a un sospechoso que mató a un empresario al hacer explotar su auto; y Ortiz y Murphy investigan la muerte a golpes de un estudiante.