David Haller está siendo interrogado por funcionarios del gobierno que creen que puede ser el mutante más poderoso descubierto. Explica que fue diagnosticado con esquizofrenia cuando era joven, y fue llevado al Hospital psiquiátrico Clockworks después de intentar suicidarse. Pasó seis años como paciente allí, tiempo durante el cual conoció a Sydney "Syd" Barrett, una chica que se niega a ser tocada. Ella acepta ser su novia, pero finalmente es dada de alta del hospital. Antes de irse, David le da un beso de despedida, haciendo que sus mentes cambiaran de cuerpo. Perdiendo el control, desató habilidades del cuerpo de David que mataron a su amiga Lenny Busker y atraparon a los otros pacientes en sus habitaciones. Más tarde, David regresa a su cuerpo, y va a buscar a Syd. David se encuentra siendo perseguido por dos personas hasta que es capturado por el gobierno. Ahora esas dos personas, Ptonomy Wallace y Kerry Loudermilk, irrumpen en las instalaciones del gobierno con Syd para rescatar a David y llevarlo a Melanie Bird.

En Summerland, la instalación de Melanie, David comienza a "trabajar con la memoria" con Ptonomy, quien lo recuerda todo y puede entrar en la memoria de los demás. Melanie explica que David había sido capturado por la División III, una división del gobierno centrada en capturar y estudiar mutantes. Ella en cambio quiere ayudar a David, mostrándole que el inicio de su "enfermedad" fue solo sus poderes manifestándose. En los recuerdos de la infancia de David, él es perseguido por un libro para niños que su padre le leyó, El niño más enfadado del mundo, en el que el personaje principal asesina a su madre. En sus recuerdos antes de su admisión en Clockworks, David tomó drogas con Lenny para tratar de bloquear las voces que escucha. Melanie coloca a David en un escáner de resonancia magnética para estudiar cómo funciona su cerebro, durante el cual accidentalmente proyecta su mente a Clockworks de hoy en día, donde su hermana Amy lo está buscando. Amy es secuestrada por la División III, provocando que David entre en pánico y teletransporte el escáner de resonancia magnética fuera de Summerland. David corre para salvar a Amy, pero Syd lo convence de que espere y domine sus poderes primero.

David continúa su trabajo de memoria con Ptonomy y Melanie, explorando el tiempo en que tomaba drogas antes de ser admitido en Clockworks. Mientras observan esto, David es perseguido por apariciones, su mente trabaja contra los poderes de Ptonomy, y accidentalmente teletransporta sus cuerpos físicos a una habitación diferente. Mientras se someten a más pruebas, David nuevamente pierde el control, proyectando su mente y la de Syd a la División III, donde encuentran a Amy siendo interrogada. Uno de sus interrogadores, un mutante llamado Eye, ve estas proyecciones antes de regresar a sus cuerpos. Melanie explica que el Ojo es Walter, uno de los fundadores de Summerland, junto con su marido desaparecido Oliver y el científico Cary Loudermilk. Desesperado por un gran avance con David, Melanie lo seda hasta el punto en que ella, Ptonomy y Syd pueden entrar en su mente y explorar libremente. Sin embargo, sus "memorias" trabajan en contra de ellos, con una encarnación del "El niño más enfadado del mundo" persiguiéndolos a través de una versión de la casa de la infancia de David, hasta que los tres se ven obligados a salir de la cabeza de David.

David David no se despierta del sedante y los demás no pueden confiar en los "recuerdos" que han visto. Melanie envía a Syd y Ptonomy a buscar a la ex novia de David, Philly, para averiguar qué pasó antes de que ingresara en Clockworks, junto con Kerry, una mujer guerrera que vive dentro de Cary, y solo sale a cuando hay "acción". Ptonomy entra en la memoria de Philly e investiga la oficina del antiguo psicólogo de David, Poole, y descubre que la amiga de David era un hombre llamado Benny (no una mujer llamada Lenny), y que David atacó a Poole, que ahora vive en un faro. En el faro, el trío comienza a hablar sobre David con Poole, hasta que se revela como el Ojo, con el faro rodeado por soldados de la División III. Mientras tanto, la mente de David está atrapada en un plano astral, donde se topa con Oliver que también está atrapado. David se niega a esperar el rescate con Oliver, y en su lugar se escapa con el aliento de una aparición de Lenny. David rescata a los otros del Ojo, pero este último dispara a Kerry mientras escapa.

Kerry es llevada de vuelta a Summerland, donde Cary la cura. David le cuenta a Melanie sobre Oliver y demuestra su dominio del plano astral al crear una habitación donde él y Syd pueden estar juntos sin que sus poderes físicos interfieran. David pronto escapa para rescatar a Amy, y el equipo de Melanie llega a la División III para encontrar a casi todos asesinados por David. Después de revisar los escaneos de este último, Cary deduce que la mente de David está infectada con un parásito que él conoce como el "demonio con ojos amarillos". David lleva a Amy a la casa de su infancia, donde ella revela que él fue adoptado; Lenny parece salir de la mente de David y explica que ella ha tenido el control de su cuerpo. El equipo de Melanie los sigue a la casa, seguido por el Ojo, y encuentra a Lenny atacando a David. El Ojo dispara a David, y Syd lo lleva a su habitación astral. Allí, David está indefenso ya que el "Demonio con ojos amarillos" ataca a Syd, hasta que desea que todo su grupo sea llevada a una fantasía astral; en donde son pacientes de Clockworks, y están bajo el cuidado de Lenny.

En la alucinación compartida, Lenny discute asuntos personales con cada uno de los miembros del equipo, como la negativa de Melanie a dejar ir a su marido desaparecido, y Ptonomy viendo a su madre morir cuando él era solo un niño. Aunque la mayoría del grupo desconoce la verdadera naturaleza de su entorno, Syd nota que su nueva realidad es diferente de algunos de sus recuerdos. Lenny se enfrenta a Syd y la pone en estado de coma. Cary recibe la visita de Oliver, quien lo lleva a su casa en el plano astral. Kerry busca a Cary, pero es atacada y perseguida por el Ojo. Oliver se le aparece a Melanie, y la lleva a la sala física donde están sus cuerpos. El tiempo parece haber disminuido, con sus cuerpos físicos congelados y las balas disparadas por el Ojo que aún no han alcanzado a Syd y David. Lenny, quien se muestra como otra forma del Demonio con ojos amarillos, revela que una vez conoció al padre biológico de David y apuntó específicamente a David. Luego muestra su control de la mente de David encerrándolo en un rincón de su propia mente.

En el plano astral, Oliver le explica a Cary que ha estado observando a David y cree que este parásito es Amahl Farouk, el Rey Sombra, un poderoso mutante del que ambos son conscientes. Cary explica que su cuerpo físico tiene un dispositivo que puede aislar temporalmente al parásito de la mente de David. Cary despierta a Syd y la envía a ayudar a los demás, mientras él, Oliver y Melanie intentan afectar el mundo físico llevando el dispositivo a David. Farouk como Lenny ataca a Syd, Kerry y el Ojo, matando a este último (su cuerpo físico muere también). David se da cuenta de que Farouk y su padre eran poderosos mutantes que habían luchado hace un tiempo, con Faruk perdiendo. Su padre puso a David en adopción para protegerlo de Farouk, pero este último pudo encontrar a David e infectar su mente desde que era joven. Con el dispositivo que bloquea a Faruk en la mente de David, regresa a su cuerpo físico y atrapa las balas. El grupo luego regresa a Summerland, pero son atacados allí por soldados de la División III, y Farouk comienza a liberarse.

Durante la separación inicial de David de la División III, Clark sufrió quemaduras graves y tuvo problemas para recuperarse. Cuando pudo caminar, Clark insistió en regresar al trabajo de inmediato. Ahora dirige a los soldados de la División III a Summerland, donde David usa sus poderes para someterlos fácilmente. Tomando a Clark como rehén, David intenta razonar con él mientras sus superiores observan a través de una cámara con un ojo protésico. Con Farouk ganando fuerza, Cary y Oliver intentan extraer al primero de David, mientras que Farouk usa la mente de David para hablar con Syd. Advirtiéndole que David no sobrevivirá a este proceso, Syd decide besar a David, transfiriendo a Farouk a su propio cuerpo. luego deja a Syd, entrando en el cuerpo de Kerry y usándola para luchar contra los demás hasta que es confrontado/a por David. David expulsa a Farouk de Kerry, pero sin saberlo entra en el cuerpo de Oliver, mientras que Clark acepta trabajar con los mutantes para detenerlo. Más tarde, David es miniaturizado y atrapado por un dispositivo similar a un dron.

Lo que pudo ser...