La temporada 3 encuentra a Scott y a la misteriosa agente Rachel Dalton en el desierto de Kenia asegurando la transferencia de un funcionario libio que busca asilo. De vuelta en Gran Bretaña, Stonebridge está entrenando a reclutas de la Sección 20. Nada sale como planeado para ninguno de ellos.

Tomados como rehenes en Mogadishu por Waabri y su novia Asmara, Scott y Dalton logran escapar con la ayuda de Stonebridge y Richmond. Sinclair es reemplazado como líder de la Sección 20. Michael y Kerry reviven su relación.

Aún rastreando los desencadenantes en Argelia, Scott y Stonebridge se alían con Markunda, una líder exótica de una tribu nómada, para atrapar a Othmani, el hermano de un líder de Al Qaeda, El Soldat.

Las fuerzas de Soldat se están preparando para asaltar la granja donde Stonebridge, Scott, Markunda y Othmani están atrincherados. Sinclair continúa cuestionando el estilo de mando de Dalton. Karl Matlock sigue avanzando para adquirir los detonadores.

La Sección 20 corre para interceptar a un ex científico nuclear sudafricano, Peter Evans, en Matlock. En el aeropuerto, se encuentran con un equipo de agentes del Mossad que quieren matar a Evans. La Sección 20 descubre que Knox está detrás de la pérdida de los dispositivos de activación.

El error de Stonebridge permite a Matlock capturar a Evans. Él se redime al reclutar a Ava Knox para que vaya en contra de su padre. Sullivan intenta convencer a Rebecca de que abandone el Mossad.

El prisionero político y exlíder de Zimbabwe, Walter Lutulu, es rescatado de la prisión por Matlock. La Sección 20 es violada y sus miembros son encarcelados con consecuencias graves.

Lilian Lutulu descubre quién orquestó el asesinato de su padre. Scott le promete matar a Knox. Con una persona clave menos en el equipo, la Sección 20 asalta el campamento de Knox en un intento de recuperar los gatillos.

Stonebridge teme no poder controlar su obsesión con el hombre que mató a su esposa. Con una bomba nuclear en camino para ser entregada, el equipo se apresura a intervenir con consecuencias explosivas para todo un pueblo. Christian Lucas, un abogado local que organizó la entrega, es presionado para enmendar su error por la banda terrorista que le pagó para arreglar el trato. La Sección 20 corre para salvarlo a él y a su familia. Mientras tanto, Stonebridge tiene la oportunidad de vengar la muerte de su esposa, pero ¿podrá apretar el gatillo? Damien todavía espera colaborar con la agente de la CIA, Christy, pero él sabe por experiencia que nunca puede confiar realmente en ella.

Damien tiene que elegir entre venganza y deber hacia la Sección 20. Knox ve cómo su esfera de influencia disminuye drásticamente y hará casi cualquier cosa para dejar su huella. La Sección 20 se lanza al aire para atacar a la pandilla nigeriana que protege a Knox y se desata un gran tiroteo. Matlock alcanza el límite de su paciencia con el comportamiento amoral de Knox. El equipo corre para tratar de evitar que Knox lleve a cabo su malévolo plan de destruir toda una ciudad. Stonebridge se enfrenta cara a cara con el hombre que mató a su esposa, mientras que el Mayor Dalton escucha el secreto de Knox.

Una operación de la Sección 20 en el Valle de la Beqaa sale mal, resultando en la muerte de Baxter. Stonebridge y Scott están disfrutando de unas merecidas vacaciones. Llamados de nuevo al servicio, se unen a Kim Martinez para rastrear y capturar al asesino en Colombia.