Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Comienza el ataque para rescatar a todos en New Caprica. La Galactica se encuentra con cuatro Basestars Cylon en lugar de los dos esperados. El final parece estar a la vista, pero reciben ayuda de una fuente bienvenida pero inesperada. En el planeta, Tyrol y Anders lideran el ataque para liberar a todos de la prisión. Anders encuentra a Starbuck, pero ella no se irá sin Kacey. Su exitoso regreso a la Galactica provoca emociones encontradas. El Coronel Tigh debe decidir qué hacer con su esposa Ellen después de que ella confiesa haber dado las coordenadas del encuentro a los Cylon. Hera no logra salir del planeta.

Ahora, de vuelta de manera segura en la flota, aquellos que lograron escapar de Nueva Caprica buscan venganza contra aquellos que creen que colaboraron con los Cylons. Seis de ellos, incluyendo al Jefe Tyrol y al Coronel Tigh, han formado el Círculo y actúan como juez, jurado y verdugo. Aquellos encontrados culpables son lanzados al espacio desde una escotilla de aire. Lee Adama ha notado que en los tres días desde que todos se reunieron, 13 personas han desaparecido sin dejar rastro. El ánimo a bordo de la Galactica no es bueno, con los colaboradores percibidos siendo rechazados por los demás. Entre aquellos en esa situación se encuentra Felix Gaeta, quien como Jefe de Personal de Gaius Baltar, está en lo alto de la lista del Círculo. En cuanto a Baltar, ahora está siendo retenido a bordo de una nave Basestar Cylon y sus captores también están decidiendo su destino.

Baltar se entera de Caprica Six de su capacidad de proyectarse e imaginar diferentes entornos, lo que lo lleva a preguntarse si él también es un Cylon. Ha dicho a los Cylons lo que sabe sobre la ubicación de la Tierra y envían una Basestar para investigar. Al final, la nave de reconocimiento es infectada con un virus que mata a todos a bordo. A bordo de la Galactica, el teniente Gaeta ha estado revisando el trabajo de Baltar en descifrar el mapa que recuperaron en Kobol. Él también cree que sabe lo que significa todo. Sin embargo, lo que preocupa más es la división entre aquellos que se quedaron con la flota y aquellos que estaban en tierra luchando contra los Cylons. Starbuck y el Coronel Tigh, en particular, se quejan enérgicamente de aquellos que se quedaron atrás y le corresponde al Almirante Adama imponer la ley.

Cuando un grupo de Cylons enfermos de la Basestar infectada es llevado a Galactica, Lee descubre una forma de resolver el problema de los Cylons para siempre: destruyendo toda la raza Cylon. Mientras tanto, los actos de D'anna para descubrir si Baltar es confiable forjarán una relación inusual.

A figure from Adama's past returns to haunt him. His return raises questions about why the Cylons launched their initial attack against the Twelve Colonies.

A look at the events that took place during the year-long gap from the storyline in the Season Two finale. The story reveals the reasons for the rift between Kara ("Starbuck") and Lee ("Apollo").

La flota colonial realiza un viaje angustiante. Kat desempeña un papel vital en el éxito o fracaso del paso.

La tripulación de Galactica hace una parada en el planeta Algae desierto.

Los Cylon descienden sobre la misión de reabastecimiento mientras el Jefe corre para descifrar las marcas en el templo que se cree que alberga el Ojo de Júpiter, un ícono sagrado que se cree que contiene un mapa hacia la Tierra.

Baltar juega un juego del gato y el ratón con Adama y el Presidente, pensando que lo matarán una vez que le hayan sacado lo que quieren saber. Lee lidia con sus sentimientos por Kara, mientras lucha por mantener su matrimonio.

When a group of refugees board Galactica with a curable illness, it becomes very mysterious when they begin to die after taking the injection they do not believe in.

The Chief and his wife get trapped in an airlock on a routine maintenance job, while the Admiral copes with his wedding anniversary and the memories of his ex-wife.

Cuando el jefe de la planta de producción de combustible mantiene a la flota como rehén al proporcionar combustible inseguro, es arrestado por traición, lo que resulta en que el Jefe sea enviado al barco y sea responsable de poner en marcha nuevamente la planta.

El Almirante se ve obligado a tomar la decisión de si debe poner a Kara Thrace en tierra cuando comienza a mostrar signos de un inminente colapso nervioso.

Además de tener que lidiar con la pérdida de Kara Thrace, la tripulación de la Galáctica también está a cargo de la seguridad en torno al juicio del Dr. Baltar y su abogado defensor, quien está reemplazando a un abogado que ya ha sido asesinado.

Baltar es sometido a juicio por su vida, y afecta a todos, desde Lee hasta el presidente.

Las coincidencias crean nuevas alianzas a bordo de Galactica.