En España, una ganadería propiedad de Moreno (Raúl Esparza) que entrena toros para las corridas de toros llamada Casa del Toro alberga a un becerro de toro llamado Ferdinand (Colin H. Murphy). Es ridiculizado por sus compañeros becerros Bones (Nile Diaz), Guapo (Jet Jurgensmeyer) y Valiente (Jack Gore) por ser poco confrontacional y por su tendencia a oler y proteger flores. Un entristecido Ferdinand huye de Casa del Toro después de que su padre Raf (Jeremy Sisto) no regresa de la corrida de toros para la que fue seleccionado y una flor que le gustaba fue aplastada por Valiente después de que su propio padre fue derrotado por Raf. Eventualmente, termina en una granja de floristería en Sevilla y es adoptado por el dueño Juan (Juanes), su perro Paco (Jerrod Carmichael) y su hija Nina (Julia Saldanha), con quienes comparte un vínculo, causando celos en Paco.

Blu, Perla y sus pequeños disfrutan de una vida cómoda, alegre y perfecta en la ciudad de Río de Janeiro, Brasil. Pero Perla tiene muy claro que sus hijos deben aprender a vivir como los pájaros libres y salvajes que son, y para ello está convencida de que lo mejor es trasladarse al Amazonas. Una vez allí, Blu tendrá que enfrentarse a sus nuevos vecinos y a la idea terrible de perder a Perla y a sus hijos porque decidan vivir en la naturaleza salvaje para siempre.