Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

Después de montar un buen negocio ayudando a sus compañeros de clase a desvelar trapos sucios de sus padres, Veronica desvela un enorme secreto acerca de su amiga Mac lo que hace que se cuestione si es mejor que cierta información sea desconocida. Mientras tanto, Keith debe formar equipo con el sheriff Lamb para seguir la pista a un asesino en serie.

Una alumna del instituto acusa a un profesor de abuso sexual. Los padres de la chica contratan a Keith para demostrarlo y mientras, Veronica, se propone ayudar al profesor a encontrar las pruebas que lo liberen de la acusación. Además, sigue ayudando a Logan en la búsqueda de su madre.

Sorprendentemente, una persona ha sobrevivido al accidente de autobús. Veronica tiene sentimientos encontrados, ya que se siente culpable de que Meg se encuentre en coma, pero alegría por seguir viva. El sheriff Lamb investiga el caso del accidente de autobús. Su principal vía de investigación es el conductor del autobús, Ed Doyle, un hombre casado y con 2 hijos. Resulta que Ed no tomaba la medicación que tenía recetada y podría ser un suicidio. Jessie, la hija de Doyle, va en busca de Veronica para que la ayude y demuestre que su padre no se suicidó, ya que, si es así, la aseguradora no les dará el dinero que deberían recibir. Por otra parte, una alumna nueva, Jackie, llega a la clase de Wallace, que queda totalmente prendado. Se presenta voluntario para acompañarla a secretaría y así poder acercarse a ella. Más tarde, alguien ha chocado con el Porsche del padre de Jackie y le ha dejado una nota en la que se mofa. Wallace se ocupa de buscar a la persona culpable. Además, Woody Goodman, el candidato a alcalde de Neptune, le pide a Keith que se presente a las elecciones para sheriff.