El Coronel Jack O'Neill es sacado de su retiro para liderar una nueva expedición de regreso a Abydos, solo para encontrarse con un viejo amigo, un nuevo enemigo y un uso mucho más amplio del Stargate.

The Stargate team must justify the project's continuation when a doubtful senator, Head of the Congressional Military Appropriations Committee, comes to review the project's performance.

A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

Con las amenazas tanto de los Replicadores como de los Goa'uld considerablemente disminuidas y la nave hermana de la Prometheus, la Daedalus, ahora en construcción, SG-1 está ansioso por viajar en la nueva nave. Sin embargo, el ánimo se ve algo oscurecido por una llamada telefónica que informa al Dr. Jackson sobre la muerte de Catherine Langford. Después del funeral, la sobrina de Catherine le entrega a Daniel "algunas cosas sueltas" que su tía quería que él tuviera. Al entregarlo, descubren que casi toda su colección fue enviada al laboratorio de Daniel. En uno de sus libros, él encuentra una posible ubicación de un ZPM, pero los escaneos del área muestran que ya no está allí. Daniel propone que utilicen la máquina del tiempo de los Antiguos para obtenerlo de Ra en Giza en el año 3000 a.C.