El Coronel Jack O'Neill es sacado de su retiro para liderar una nueva expedición de regreso a Abydos, solo para encontrarse con un viejo amigo, un nuevo enemigo y un uso mucho más amplio del Stargate.

Con el programa Stargate en peligro de ser terminado, el equipo está bajo presión para encontrar tecnología. Visitando un planeta donde creen que hay una criatura que posee el secreto de la invisibilidad, se encuentran con Apophis y sus guardias. Ambos lados sufren heridas mortales, pero son ayudados por los habitantes del planeta, los Nox, un pueblo amable con un secreto muy grande.

SG1 travel to a planet where Teal'c is recognised as once having been head Jaffa to Apophis. He is arrested for the murder of a villager and put on trial for his life. Then other Jaffa attack the village. Will SG1 be able to save Teal'c and prove that he has changed allegiance?

The Stargate team must justify the project's continuation when a doubtful senator, Head of the Congressional Military Appropriations Committee, comes to review the project's performance.

El General Hammond ha intentado de todo para revertir la decisión del Senado de cerrar su programa Stargate, pero el Presidente se niega personalmente a "cometer suicidio político": el Stargate será enterrado. La insistencia de Daniel -de que el peligro para la Tierra en su conjunto es más importante- convence a sus colegas de ignorar el mandato de Hammond y marcar la dirección desde la cual comenzó la invasión de los Goa'uld en la realidad alternativa que él visitó. Llegan no a un planeta, sino a una nueva nave espacial de tipo superior, ya lanzada por hiperimpulsión. Un "video" prueba que pertenece a Apophis, quien le da el mando a su hijo Klorel, cuyo huésped no es otro que el joven amigo abydónico del equipo, Skaara. Dominar a Skaara parece ser su mejor movimiento, mientras Sam instala explosivos en la cubierta de los planeadores de la muerte con un temporizador de 24 horas por si acaso, pero los Jaffa logran liberar a Klorel. Jack descubre que la nave va mucho más rápido de lo esperado.

A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

Teal'c's son Rya'c is kidnapped by Apophis and SG1 tries to rescue him. When Rya'c is recovered he denounces his father and helps to capture the team. They escape, but will they be able to return to Earth and cure Rya'c?

Mientras O'Neill y Carter van a Washington para ser condecorados por el Presidente y encontrar una filtración de seguridad, Jackson y Teal'c van a Abydos (después de desenterrar su Stargate) para ver al padre de Sha're. Llegan para decirle que no han tenido éxito en encontrar a Sha're, solo para descubrir que ella ya está en Abydos. Pero descubren que está embarazada de Apophis y que el bebé guarda los secretos de los Goa'uld.

Siguiendo una pista de los Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran al odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de death-gliders. Lo llevan de vuelta con ellos, dándose cuenta de que fue torturado por un rival señor del sistema con daño duradero. Apophis exige refugio, siempre y cuando la Dra. Fraiser pueda salvar su vida, al menos por el bien del anfitrión humano, pero sin un sarcófago el pronóstico para su simbionte es malo; ofrece todo su conocimiento Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor del sistema supremo hasta que una alianza liderada por Ra y Apophis lo destituyó. El enfrentamiento con Daniel, debido a Amaunet/Sha're y su hijo Klorel, y con el antiguo primer ministro Teal'c, es amargo para los tres. Los Tok'ra envían a Martouf para advertir que los Tau'ri deben entregar a Apophis, pero su advertencia es ignorada, hasta que Sokar demuestra que puede bombardear el iris con partículas aceleradas y finalmente atravesarlo, por lo que la Casa Blanca ordena su extradición, pero antes de que puedan hacerlo, él muere, a diferencia de su anfitrión, un escriba de un antiguo templo egipcio de Amun.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

Versiones de realidad alternativa de Kawalsky y Carter son capturadas en el Área 51 después de haber llegado a través del espejo cuántico.

SG-1 come across another SG team being attacked by Jaffa. They offer to help but are shot by the SG team members. When they awake, they find out that the other SG team are Jaffa, loyal to Apophis, who are planning to infiltrate Earth. Can SG-1 convince them that Apophis is dead before the Jaffa fight to the death?

Martouf lidera una delegación de Tok'ra con una noticia aplastante para Carter: su padre Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar y encarcelado en Netu, un nombre egipcio para el infierno, en una luna del planeta Delmal, donde los prisioneros son enviados a sufrir tortura eterna, y de donde nadie regresa; solo Jolinar ha logrado escapar. SG-1 lleva a cabo una operación de rescate con Martouf, siendo la máxima prioridad cualquier información que Selmak pueda ofrecer sobre el plan de Sokar para someter a los demás señores del sistema, una amenaza sin precedentes para todos los humanoides de la galaxia. Teal'c debe pilotar una nave Goa'uld y mantenerla en órbita, ya que el aterrizaje es imposible excepto mediante una pequeña cápsula, pero primero Martouf accede a la memoria de Jolinar, que está parcialmente bloqueada por algún trauma más allá de la tortura física. Solo cuando están abajo y bajo la custodia del señor de Netu, Bynarr, Sam se da cuenta de que él es la clave, de una manera "personal", pero no voluntariamente, como ella había pensado. Sokar se entera de su presencia a través de Bynarr y ordena que el equipo y la nave sean destruidos, pero esto también significa que debe haber una salida. El primer oficial de Bynarr, Na'onak, tiene, y es él mismo, una gran sorpresa.

Ahora que Apophis se ha revelado, promete a los prisioneros derrocar a Sokar, lo cual requiere extraer un secreto de gran valor irresistible, para lo cual droga a Sam con el suero de la verdad "sangre de Sokar". Apophis también implanta un dispositivo de memoria en Jack y le administra la droga para torturarlo utilizando la personalidad de su hijo pequeño que murió, y a Daniel para obtener la ubicación de su hijo Harsesis. El amor de Martouf por Jolinar lo lleva a traicionar que los Tok'ra están en el planeta Entac, una mentira convincente, por lo que el plan de Apophis para ganarse la gratitud de Sokar y luego matarlo cuando sea recompensado con el señorío de Netu está en una base inestable. Teal'c debe ayudar al Tok'ra Aldwin a preparar una bomba nuclear para hacer explotar toda la luna cuando llegue su nave, como su última oportunidad para eliminar a Sokar, pero decide en cambio rescatar a SG-1 volando en el camino del dispositivo de anillos en la nave de Sokar cuando llegue.

Mientras prueban una nueva nave espacial hecha con piezas Goa'uld, el Coronel O'Neill y Teal'c quedan atrapados cuando una función de recuerdo automático oculta toma el control y la envía al espacio.

Teal'c está en su planeta natal, Chulak, donde hay una rebelión entre los guerreros Jaffa. Es traicionado como un shol'va sacrílego (traidor) por Rak'nor, hijo de un amigo Jaffa de su padre, y entregado a Terok, el torturador del señor del sistema Heru'ur. Ignorantes de su destino, los otros miembros de SG-1 se unen a Jacob en un intento arriesgado de apoderarse de una mina espacial utilizando una nave Tok'ra pilotada por Jacob. En ruta hacia la nave espacial de Apophis, la expedición descubre que Teal'c está siendo ofrecido como un regalo para generar confianza por parte de Heru'ur y así cementar una alianza con Apophis contra los otros señores del sistema, lo que haría que la amenaza de los Goa'uld sea más peligrosa que nunca. Deciden salvar a Teal'c, pero su intento falla. Sin embargo, la resistencia de Teal'c a la tortura y su clara convicción de que los Goa'uld no son dioses finalmente convencen a Rak'nor, quien ahora actúa valientemente.

Cuando un niño "elegido" encontrado en el planeta Abydos es llevado al SGC, envía un mensaje telepático, causando que la personalidad de Daniel Jackson experimente cambios perturbadores. ¿Podrá el resto de SG-1 resolver el misterio del origen del niño antes de que se convierta en un ambicioso belicista?

SG-1 entrega su recientemente confiscada nave nodriza Goa'uld para ayudar a los Tok'ra a evacuar su planeta y lidiar con su espía Goa'uld desinformado en medio de ellos.

Atrapados en otra galaxia mientras huyen del ataque a la flota de Apophis, resulta ser solo el comienzo de los problemas de SG-1, ya que aparecen múltiples enemigos.

Para ayudar a Teal'c a aclarar su mente nuevamente, el SG-1 pide ayuda a Bra'tac. Bra'tac elimina el Goa'uld de Teal'c y Teal'c se ve obligado a recordar ciertos recuerdos de su pasado para regresar a ser el verdadero Teal'c al final. El SG-1 está contento de tenerlo de vuelta.

Teal'c está teniendo extrañas pesadillas en las que Apophis aparece y él es humano, un bombero junto con su equipo.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

Un hombre irrumpe en la casa de Jack y lo amenaza con una pistola, afirmando que Jack arruinó su vida. Hace siete años, encontró un artefacto antiguo en una venta de garaje que le permite ver todas las misiones de SG-1.

SG-1 ha cambiado el curso de la historia y ha hecho que el SGC sea prácticamente inexistente. Los doctores Carter y Jackson han ayudado al Brigadier General Hammond a encontrar la Puerta Estelar en la Antártida, pero no se les permite ayudar más. Ayudan a Jack a activar la máquina del tiempo y convencen a Hammond de permitirles unirse a la misión a Chulak para encontrar a Teal'c.

Siguiendo una pista de los Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran al odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de death-gliders. Lo llevan de vuelta con ellos, dándose cuenta de que fue torturado por un rival señor del sistema con daño duradero. Apophis exige refugio, siempre y cuando la Dra. Fraiser pueda salvar su vida, al menos por el bien del anfitrión humano, pero sin un sarcófago el pronóstico para su simbionte es malo; ofrece todo su conocimiento Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor del sistema supremo hasta que una alianza liderada por Ra y Apophis lo destituyó. El enfrentamiento con Daniel, debido a Amaunet/Sha're y su hijo Klorel, y con el antiguo primer ministro Teal'c, es amargo para los tres. Los Tok'ra envían a Martouf para advertir que los Tau'ri deben entregar a Apophis, pero su advertencia es ignorada, hasta que Sokar demuestra que puede bombardear el iris con partículas aceleradas y finalmente atravesarlo, por lo que la Casa Blanca ordena su extradición, pero antes de que puedan hacerlo, él muere, a diferencia de su anfitrión, un escriba de un antiguo templo egipcio de Amun.

Martouf lidera una delegación de Tok'ra con una noticia aplastante para Carter: su padre Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar y encarcelado en Netu, un nombre egipcio para el infierno, en una luna del planeta Delmal, donde los prisioneros son enviados a sufrir tortura eterna, y de donde nadie regresa; solo Jolinar ha logrado escapar. SG-1 lleva a cabo una operación de rescate con Martouf, siendo la máxima prioridad cualquier información que Selmak pueda ofrecer sobre el plan de Sokar para someter a los demás señores del sistema, una amenaza sin precedentes para todos los humanoides de la galaxia. Teal'c debe pilotar una nave Goa'uld y mantenerla en órbita, ya que el aterrizaje es imposible excepto mediante una pequeña cápsula, pero primero Martouf accede a la memoria de Jolinar, que está parcialmente bloqueada por algún trauma más allá de la tortura física. Solo cuando están abajo y bajo la custodia del señor de Netu, Bynarr, Sam se da cuenta de que él es la clave, de una manera "personal", pero no voluntariamente, como ella había pensado. Sokar se entera de su presencia a través de Bynarr y ordena que el equipo y la nave sean destruidos, pero esto también significa que debe haber una salida. El primer oficial de Bynarr, Na'onak, tiene, y es él mismo, una gran sorpresa.

Ahora que Apophis se ha revelado, promete a los prisioneros derrocar a Sokar, lo cual requiere extraer un secreto de gran valor irresistible, para lo cual droga a Sam con el suero de la verdad "sangre de Sokar". Apophis también implanta un dispositivo de memoria en Jack y le administra la droga para torturarlo utilizando la personalidad de su hijo pequeño que murió, y a Daniel para obtener la ubicación de su hijo Harsesis. El amor de Martouf por Jolinar lo lleva a traicionar que los Tok'ra están en el planeta Entac, una mentira convincente, por lo que el plan de Apophis para ganarse la gratitud de Sokar y luego matarlo cuando sea recompensado con el señorío de Netu está en una base inestable. Teal'c debe ayudar al Tok'ra Aldwin a preparar una bomba nuclear para hacer explotar toda la luna cuando llegue su nave, como su última oportunidad para eliminar a Sokar, pero decide en cambio rescatar a SG-1 volando en el camino del dispositivo de anillos en la nave de Sokar cuando llegue.

Atrapados en otra galaxia mientras huyen del ataque a la flota de Apophis, resulta ser solo el comienzo de los problemas de SG-1, ya que aparecen múltiples enemigos.